南宗一系自張伯端起，內丹與禪雙修，修煉次第先命後性即先內丹後禪。至陳楠而一變，分丹法為三品，所主在上品天仙之道，此法稍近禪，為禪化的內丹。白玉蟾繼承師傳，進一步發揚南派道禪雙修傳統，而在理論、方法上，融內丹、禪於一爐，形成一種別具特色的丹法。
在內煉原理方面，白玉蟾以一種「以心契道」說，把佛、道兩家的哲學觀焊接在一起，作為內煉成丹的理論依據。其《玄關顯秘論》云：「古者虛無生自然，自然生大道，大道生一氣，一氣分陰陽，陰陽為天地，天地生萬物，則是造化之根也。此乃真一之氣，萬象之先，太虛太無，太空太玄。」這裡按道教傳統思維方式，從宇宙論角度，逆遡萬物始源，以「虛無」為大道本始。虛無，系從超時空、超形質的原始混沌性質中所抽象出來的理性。緊接著，白玉蟾又說：「聖人以心契之，不得已而名為道，以是知心即是道也。故無心則與道合，有心則與道違。惟此無之一字，包諸有而無餘，生萬物而不竭。」
以「無」字一訣調心，令契合於萬物本始的虛無理性而達「無心」，從而與道合真，使生命進化由逕直的反向逆歸中獲得超越，越時空生滅而具永恆性、絕對性，是白玉蟾所認內煉成丹、超出生死的訣要。「無心」之說，既見於老莊，又為禪宗所盛倡的調心見性法要。白玉蟾順應當時三教合一的思潮，謂契合於道的無心之心，為三教共同之源，自分「以此理質之儒書則一也，以此理質之佛典則一也，所以天下無二道也，天下既無二理，聖人之心豈兩用耶?」（《修真十書》卷六《謝張紫陽書》）這較張伯端《青華秘文》細分儒釋道心性說之異同，似嫌籠統了些。
從以心契道說出發，白玉蟾把內煉的實質歸結於煉心，以內丹為心中之性，與北派王重陽之說同調。《海瓊白真人語錄》卷一云：「丹者心也，心者神也。」神，指元神，真心。《鶴林問道篇》云：「夫金丹者，金為性之義，丹者心之義，其體謂之大道，其用謂之金丹。」《海瓊傳道集丹法參同七鑑》把內丹的幾個主要術語，皆釋為心、性：「心源性海，謂之華池」，「性猶水也，謂之神水」，「心地開花，謂之黃芽」，「虛室生白，謂之白雪」。所謂心源性海，指人「父母未生前本來面目」，即未被概念、妄情所迷染時的心體，為心的本始，亦即前所謂「無心」之心，乃內煉靜定中所顯現，白玉蟾認為此心「本自圓通，本自靈寶，本自正一，本自混元，以人之一心而流出無窮無盡之法，蓋如天之一氣生育萬物也。」（《鶴林問道篇》）這與禪宗心性本淨本覺之說甚為相近。
按白玉蟾之說，則氣功、內丹的功能態，終歸為人超意識的心性所具性能。但白玉蟾並不象禪宗人那樣論性不論命，而仍承內丹傳統，性命雙談，以元精、元氣、元神為藥物，認為性命、神氣不可分離，根於一源。神是性屬離，為坤中之陰;氣是命屬坎，為乾中之陽。《必竟憑麼歌》云：「豈知此精此神氣，根於父母未生前。三者未嘗相反離，結為一塊大無邊。」《穀神不死論》說：「神者一身之元氣也」，意謂元氣是元神的體或物質基礎。性、命既為一，故調心、鍊氣、調息，實際上也是一碼事，心調則氣息亦調，心靜則元精元氣必動。
在內煉法程方面，白玉蟾不分先性先命的次第，而始終以調心為主導，性命雙融。他把丹功分為初關鍊形、中關鍊氣、上關煉神三階段，三關皆以調心為要，以「忘」字為訣。《海瓊問集道》云：「初關鍊形，忘形養氣;中關鍊氣，忘氣養神;上關煉神，忘神養虛。」所謂忘，亦即前所云：「無心」，指不執不著，似用意而非用意，用道家術語來說即「無為」，《鶴林問道篇》說：「非惟忘形，亦乃忘心，心境俱忘，湛然常寂。」達到心境俱忘、空寂無念的寂定境界，方是真忘。此忘字訣早見於《莊子》，五代道士譚峭《化書》特發揮之，有忘形忘氣忘神之說。
但白玉蟾所說三忘，並非純粹無為，溺於枯坐，而強調以神馭氣，靈活觀照，不失無為中的有為之用。《鶴林問道篇》謂調心養氣要「若有作用，實無作用；似乎靜定，即非靜定；如龍養珠，如雞抱卵，可以無心會，不可以用心作；可以用心守，不可以勞心為。」依此，則守竅凝神，宜似守非守，照察精氣運化當順乎自然、堅持真心不動。
《海瓊傳道集》還用圖表示內煉調心之要。如《真土之圖》示土（意）在中央，起調和金木水火（精神魂魄）的作用。此土稱真土，表示無念無為的真心中所生有為的「真意」。煉化精氣須以真意為宰，是《青華秘文》所強調的內煉訣要。又如《和合四象圖》表示以「無念」一決，調色聲息語，即眼不觀色，耳不聽聲，口不言語，息唯綿綿，此入手收心攝念之要。
白玉蟾的「忘」字訣，要在老莊學說的基礎上融攝了禪宗曹洞宗默照禪的調心原則。《鶴林問道篇》說：「真妄本空，逆順俱寂，則三際圓通，一靈獨耀，此乃把捉調心之要也。」其語頗近禪。然其《玄關顯秘論》謂「忘」之一訣即是禪宗六祖慧能「本來無一物，何處有塵埃」之意，從禪宗觀點看，猶未徹會「本來無一物」。
白玉蟾的內丹說，在當時頗有影響，為南派丹法的正宗、主流。其再傳弟子永嘉周無所住撰《金丹直指》，進一步從無為方面發揮白玉蟾之說。另一再傳弟子李道純，發揮白玉蟾之說，而更參以北派丹法與易理，自成一家，後人稱為內丹學的「中派」之祖。（陳兵）
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