其實，《史記》沒有記載三皇，前人也有過疑問。東漢時候的張衡（就是發明地動儀那位）就認為司馬遷在《史記》裡頭獨載五帝，不紀三皇是不合適的，應該要把三皇補上去。後來，唐代的小司馬（司馬貞，作《史記索隱》）還真就把《三皇本紀》補進了《史記》裡頭。現代出版的本子大都沒有收錄，但是如果尋得一些舊的影印本（如百衲本），《三皇本紀》就明明白白擺在開卷第一篇。
小司馬在開頭介紹補《三皇本紀》的原因
太史公作《史記》……今闕三皇而以五帝為首者，正以《大戴禮》有《五帝德》篇，又《帝世》皆敘自皇帝已下，故因以《五帝本紀》為首。其實，三皇以還，載籍罕備，然君臣之始，教化之先，既論古史，不合全闕。近代皇甫謐作《帝王代紀》，徐整作《三五歷》，皆論三皇以來事，斯亦近古之一證。今並採而集之，作《三皇本紀》。雖復淺顯，聊補闕雲。
引文較長，但是很重要。因為小司馬解釋的很清楚。司馬遷不記載三皇，是因為關於三皇的記載太少，幾乎都是隻言片語，沒法寫成一篇本紀。而對三皇故事進行收集整理，形成一些片段的書籍，如《帝王世紀》、《三五歷》等，都是漢晉之間的作品，司馬遷當然看不到這些。實際上，司馬遷是相當嚴謹的史家，按照他的想法，一開始連《五帝本紀》都覺得很難寫出的。他自己說過
學者多稱五帝，尚矣。然《尚書》獨載堯以來，而百家言黃帝，其文不雅馴，薦紳之士難言之。
什麼意思？就是說目前能看到的最古老史書《尚書》只追溯到堯帝，而對黃帝只有一些口頭傳說，而其中許多又不「雅馴」，於是就很難說的清楚。打個比方，假如我們現在存在的最古老的史書是《明史》，其他的材料都是清以後的了，我們對於歷史就只能追溯到明朝開國。但是有一些涉及唐朝的歷史故事，比如像《西遊記》那樣的，至於唐朝以前，那隻留下一些隻言片語。那麼，現在的你要修一部通史，是從明朝修起，還是從唐朝修起，還是唐以前呢？
司馬遷為了解決這個問題，到處去遊歷，去考證。西到崆峒，北過涿鹿，東至海邊，南浮江淮，聽各地的老人說口口相傳的歷史記憶，最後決定把其中一些言語「尤雅」者記錄下來，寫成了《五帝本紀》。這就好比把西遊記故事裡那些太離譜的說法捨去，只記錄唐太宗讓玄奘去取印度取經以及大致經歷的國家。
所以，《史記》沒有記載三皇是由於太史公的嚴謹態度，而後代收集整理三皇故事，也是為了存疑補闕。今天的我們，大可以把三皇時代當作中華文明的曙光。
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