何紹基的各體書法中，以行書所取得的成就為最高，也被後人最為稱讚。如《清稗類鈔》中稱其「行體尤於恣肆中見逸氣，往往一行之中忽而似壯士門力，筋骨湧現；忽又如銜杯勒馬，意態超然。非精究四體熟諳八法，無以領其妙也。」又如，楊守敬言：「子貞以顏平原為宗，其行書如天花亂墜，不可捉摹。」我們從以上的評論可以得知，紹基的行書境界之高，其將筆墨運用之精熟，變化莫測，奇趣橫生。
何氏早年從顏真卿書法入手，以《爭座位帖》為根基。通過大量反覆的臨摹，將此帖書法精熟於心，可謂得神的髓。關於這一點，我們從現藏於南京大學圖書館的《為陳頌南臨顏真卿<爭座位帖>冊》便可知曉。此冊書於道光十七年（1837），時紹基三十九歲。陳慶鏞（1795-1858），字乾翔，號頌南。道光十二年（1832）進士，官至監察御史，與朱琦、蘇廷魁並稱為「天下三大耿直御史」。何紹基與陳氏相識時間較早，甚為欽佩陳氏的為人，兩人同在京城時多有交往。這幅作品是紹基為「頌南前輩」所作，乃其精心之筆。何氏在《題舊臨座位帖後》中稱：「憶餘少壯時，喜臨《座位帖》，廷對策亦以顏法書之。」此作正是在其「喜臨《座位帖》」之際所書，反映出何氏於顏書的深厚功底。
紹基此幅臨摹之作是極為努力模仿原作，通篇書法下筆堅實遒厚，點畫圓渾，力重勢沉，可謂得顏書之神髓。從這幅作品我們可以了解紹基於早、中年對《爭座位帖》用功極深，必經過大量反覆的臨習，才可以做到將原帖某些較為特殊的寫法也同樣摹寫出來。何氏深諳此帖，但此幅臨摹作品與原作相比較字勢仍顯拘謹，缺少顏真卿書法在怒氣中所見之精神，線條點畫也時有拖沓之痕。這與紹基此時僅年三十九歲有關，書法功力無法達到爐火純青的境界，但從此幅作品仍可以看出紹基學顏行書之功力，可謂「入顏魯公之室」。
紹基對《爭座位帖》的臨摹，在形、神兩方面皆求最大限度地接近，這與其當時的臨帖觀是相一致的，他自言：「餘少年……彼時習平原書，所勾勒者即盡與平原近」。所謂「近」則指在臨摹取法時，紹基力求做到最大可能地與顏書相似。因此此時期紹基的行書主要以《爭座位帖》筆意為主，雖「後漸於書律有進，乃知其誤也」，但正是這樣的經歷使其書法一生都帶有顏書氣韻，也為其日後的變法打下了堅實的基礎。
道光二十二年（1842）所書《贈篴舟行書四屏》，時年四十四歲。這幅作品與前一幅《為陳頌南臨爭座位帖》相比較，很多字仍保持顏書痕跡，例如第一屏的「遂」、「使」，第二屏的「故」、「莫」、「雖」、「落」等字皆為顏體行書的體貌，字勢雄逸，體勢開張。那些用細線條書寫的字，如第一屏的「領」，第二屏的「江」，第三屏的「功」、「紙」，第四屏的「顧」等字，線條細卻柔韌不靡弱，用筆又不失隨意天真之趣。
與前期行書相比，此幅作品已存在著諸多變化，例如第一屏的「園」，第三屏的「翼」等字，其轉折處已經不再是顏書圓轉而出現折筆，使整篇作品圓渾中有奇崛之氣，而第三屏的「凝」、「承」、「眼」等字的寫法與紹基晚年書法面貌相近似，具有蒼拙氣韻，與帶有顏體韻味的字融合在一幅作品中，輝映成趣。此時的作品不再僅僅是模仿顏體行書之筆意，而能時出新意，正如楊守敬評其行書：「如天花亂墜，不可捉摸」，所評確得此時期紹基行書之精神。
《為敘齋書涪老詩卷》作於道光二十三年（1843），紹基時四十五歲。敘齋姓陳，從紹基的署名為「館晚道州何紹基」，可知陳氏曾為其師。從這幅作品中，我們可以看到何氏此時的行書已經少了許多韶秀俊逸之氣，增加了拙樸渾穆之意。「橫」、「來」、「從」等字用筆凝重，結字古樸。馬宗霍在《霎嶽樓筆談》中評價何氏行書：「駿發雄強，微少涵停」，可謂的評。同一年所作《行書五言春來詩軸》，同樣也呈現如此書風，字形趨於桀倔多變化，用筆凝重兼有鋒芒銛銳之勢。
何紹基此時期行書產生的變化是與其審美標準和數學思想的轉變相契合，他在這一時期接觸和收藏了大量的金石碑版拓本，這其中有漢代碑石，亦有北碑。例如《張黑女墓誌拓本》，紹基於此碑稱自己「自得此帖後，……往返二萬餘裡，是本無日不在篋中也。船窗行店，寂坐欣賞，所獲多矣。」何氏此時期行書的變化正是多得力於此，故馬宗霍稱其：「中年極意北碑，尤得力於《黑女志》，遂臻沉著之境。」但其得力者不僅為北碑，更有秦漢金石碑版之厚重的金石氣。
紹基此時亦大量臨習歐陽通的《道因碑》，何氏所臨習者更加強調歐書中鋒芒尖銳，險勁橫軼。紹基將此筆法融於行書，例如書於道光二十八年(1848)的《為子香書蘇軾<和文與可洋州園池詩>四屏》，此作品融入歐體楷書筆法，筆鋒多銛銳，筆勢開張，筋骨縱肆。又參蘇軾筆意，字勢傾斜，使整幅作品「端莊雜流麗，剛健含婀娜」，與前期模仿顏體行書者大為不同。
書於鹹豐五年（1855）冬的《為鯤南書馬臻題畫詩軸》將此書法面貌表現得更為突出，字勢縱橫，體態自然疏放，結字正欹開闔互用，酣暢淋漓的展現出自己的才性，為晚年變法之前奏。此時紹基行書書法特點正如《清稗類鈔》中所描述：「行體尤於恣肆中見逸氣，往往一行之中，忽而似壯士門力，筋骨湧現；忽又如銜杯勒馬，意態超然，非精究四體熟諳八法，無以領其妙也。」
何紹基於晚年專攻篆隸，「習之日久，篆隸精神不知不覺奔赴於行草之內」。例如《行書詩屏》為典型的晚年書法，字形桀倔，筆畫堅實遒勁，字勢正欹相參。並且撇捺多向左右舒展，使其行書富有濃重的隸書意味。字與字之間不再有過多的映帶連繞，其章法多採用隸書和楹聯的書寫方式，使整篇作品章法疏朗蕭散，增加作品的清穆溫厚氣韻。
又如，《為子重書行書四屏》作於同治三年（1864），此書為紹基晚年變法之後的作品，雖然我們仍能從中感受到顏體行書氣韻，但是與早、中年書法已經面目迥異。用筆裹鋒多參篆意，線條如萬歲枯藤一般。轉折處多為折筆，更增險絕桀倔之感。字形結構亦多奇變，但長橫畫的書寫多為平直，中和了欹斜奇變的字勢，使整幅作品正欹相安，變化莫測。故何紹基的行書於晚年「多參篆意，純以神行，人見其縱橫欹斜出乎繩墨之外，實則腕平鋒正，蹈乎規矩之中。」
加之，何氏作書善用長鋒羊毫，這樣與古人不同的書寫工具卻成就了紹基行書書法。長鋒羊毫不如狼毫等硬毫筆勁健，但紹基作書十分強調中鋒用筆與「篆隸遺意」，其通身力道的筆力要求也使羊毫軟筆所書線條達到遒勁堅實。長鋒羊毫筆蓄墨較多，蘸墨一次可書數字，這樣濃墨漲墨與枯墨飛白形成強烈對比，潤燥相間，墨氣淋漓，出神入化。紹基作書喜用宿墨，他從不洗滌硯臺。
宿墨因墨汁存放較久，留在硯臺裡的墨汁因水分蒸發而濃縮，墨色極黑，下次使用時加水再次研磨。用宿墨作書畫，可使「筆痕猶存，自有一種煙雨絪縕之氣」。我們看紹基作品時，例如《行書詩屏》就會發現其濃墨處四周有水痕暈染，配合生宣紙張的使用，從而產生雄渾圓潤的金石氣和篆籀氣。 紹基晚年將篆、隸、楷筆意皆融入行書，行筆裹鋒，強調澀勢。字形多桀倔奇變，正欹相合。章法上也採用篆隸書體和楹聯的書寫方式，蕭散古穆。加之「純以神行」的性情抒發，遂成為「有清二百餘年一人」。
何紹基流傳至今的很多作品為對聯，其「先後為人書楹聯以數千計，句無雷同。於臨池時觸興口佔，無不新雋工切，語妙天下。」楹聯這種書寫形式在清代大盛，每位書家都有大量楹聯作品存世，其中如王文治、梁同書等可謂楹聯大家。並且在清代出現了匯集、研究楹聯的專門書籍，以梁章鉅的《楹聯叢話》最為著名。楹聯以極其特殊的角色成為社會文化交流的重要媒介，饋贈友人，應酬求書者，裝飾居室亭榭等。紹基書名甚重，索書者絡繹不絕，何氏多選擇以楹聯形式以償「筆墨債」，因為楹聯字數相對較少，多為五言、七言，並且多用書寫速度較快的行書進行創作，從而來應付大量的索書需求。楹聯書法首先要重視每個字的書寫，同時將字形放大，相應的筆法也就發生了變化。
每個字既要書寫的莊重端嚴，但又要顧及整幅作品能有變化而不呆板。楹聯的每個字皆有固定的位置，並且距離相對較遠也無法用牽絲相連，但每個字之間的筆勢仍有呼應。這些書寫特點皆影響到紹基行書書法面貌的形成，例如《贈益軒行書四屏》每個字似乎都橫直相安，但整幅作品中又有正欹變化，大小參差的美感。字與字之間很少牽絲連帶，但筆意不斷，相互呼應。可以說楹聯成就了何紹基書法，使其不僅展示了自己的文學才能，同時擴大了何氏書法的傳播範圍。紹基用行書大量進行楹聯創作，這種特殊的書寫形式對其行書書法面貌的改變產生了影響作用。