1939年，師值二十六歲，父母先後棄養，悲痛欲絕，而感人生無常，遂生出世之想。於是赴南華禪寺，禮靈妙法師為師，剃度出家，祖廟為福建南平西芹開平寺。次年，在虛雲老和尚座下受具足戒後，入住禪堂，參究第一大義。實學苦參，根基敏銳，道業日隆，深得虛公器重，晉為侍者。
1942年，師隨侍虛公，經湘桂黔而入川，遠赴重慶，於當時陪都啟建「護國息災法會」。其間，虛公每有開示法語，師即一一筆錄，後輯成《虛雲老和尚法匯》，得流通於世。回粵後，受請出任南華禪寺知客，廣結善緣，禮待十方。
1944年，虛公移錫雲門山大覺禪寺後不久，日寇入侵廣東，韶關淪陷，寺僧散去。惟因和尚一身兼知客、當家數職，任勞任怨，苦心守護，直至次年日寇投降。而後，隨侍虛公赴廣州六榕寺啟建水陸大法會，繼至港、澳、汕頭等地弘法。1949年春，南華傳戒，惟因和尚職司陪堂。是年秋，韶關解放前夕，初惟因和尚隨眾欲奔海外，行至馬壩，念及南華祖庭，六祖道場，禪燈千年，守護之責，義不容辭，毅然折回，堅守南華。
新中國成立後，惟因和尚為維護祖庭，鞠躬盡瘁。1950年代起，與眾同事農禪，開展生產，糧道雙豐，獲譽甚高，貢獻非凡，有「佛門榜樣」之贊。
1953年南華傳戒，師當羯磨和尚。後往江西雲居山拜見虛老和尚，獲賜以洞雲宗法券，是為洞雲宗五十世傳人。下至九江能仁寺，溯長江至武漢歸元寺等處參學。
1956年選入中國佛學院就讀，時為「文化大革命」之前，在北京中國佛學院讀書期間，精研教理，為日後宗教兼通打下基礎。回南華寺後，作種花行者。師性愛菊，與晉陶淵明之「採菊東蘺下，悠然見南山」，有同好焉。「文化大革命」期間，面對「左」的迫害，初衷不改。勤奮勞作，獨承蔬菜栽種之任，忍難忍之苦，行難行之艱，忠於職守。雖身困於腰傷背痛，胃病嚴重，猶獨負種菜之職，供應寺中二十多人食啖，菜蔬四時不缺，足見師之辛勞矣。「文化大革命」結束後，惟因和尚即司首座之職，率眾修持，修復祖庭。師心情舒暢，梵行益加精進。
1980年冬，師赴北京出席全國佛教徒代表會議，當選為理事。中國佛學院學僧受戒，時應請為尊證阿闍維。
1982年政府重申落實宗教信仰自由政策，恢復過去叢林方丈制度，師受請為南華禪寺住持。在省佛教協會成立會上，榮膺副會長兼秘書長之職。師榮任南華禪寺方丈後，負病忍痛，銳意復興。先是「文革」期間寺內僧徒星散，寺宇亦遭破壞。
此時以六祖威靈及師德望，十方衲子及護法檀信漸次雲集而來。南華禪寺為全國重點開放寺廟，海內外遊客亦日漸增廣。
中共十一屆三中全會後，全國逐步落實宗教信仰自由政策，各地寺院漸交僧人管理。南華禪寺僧眾推行惟因禪師為方丈，旋即大力從事恢復寺宇建設之工作。
繼席之後，師首先開辦僧伽培訓班和開壇傳戒，招收有志禪學之佛學院畢業學僧，自任講師主講《朝暮課誦》、《六祖壇經》，造就僧材，續佛慧命。師帶病教學，並聘請社會人士教授古文。每年向各個中級佛學院輸送僧才，故蘇州靈巖山、南京棲霞山，廈門南普陀、莆田廣化寺等佛學院皆有南華禪寺學僧考上學習，結業後並有考入北京中國佛學院深造多人。又認真選擇真實發心出家青年，吸收培養成為南華禪寺接班人。
1984、1988、1989年三年啟壇傳授三壇大戒，弘揚戒法，續佛慧命，並於因緣俱足之時啟建水陸道場勝會，冥陽普利。每年冬月，舉行禪七，主講開示，以利後學。師在廣作佛事，普利有情之同時，不遺餘力率眾重興祖庭。
1980年，師適得香港意超法師及鍾燕萍女士等居士發宏大誓願，捐資重修六祖殿，緇素效力，來往粵港，數數奔湊曹溪祖庭。師亦奮力操持，其間完成重修禪堂、新建海會塔、無盡庵、虛雲老和尚舍利塔等建設。諸殿堂、僧寮及時修繕，重建六祖殿、禪堂、方丈寮及伏虎亭、中山亭等殿堂及名勝；師又資助重建古無盡庵，以安尼眾；浚疏放生池以樂魚鱉，倡導佛法慈悲戒殺放生之義。
為紀念虛老和尚十年辛苦中興南華之功績，專程前往江西雲居山請回虛公舍利子三粒，新建虛老舍利塔於寺側，以供眾瞻仰，廣種福田。又率眾植樹種花，美化環境，令遊人樂而忘歸。參與廣東省及韶關市佛協組建工作，擔任領導之責。接受委託，主持開辦全省僧伽培訓班，親自登臺執教。啟壇傳授「三壇大戒」，續佛慧命。慈悲廣度有情，善待來訪眾生，隨緣而應，視機施教。