根據《晉書卷五十一束皙傳》記載，西晉太康二年汲郡人不準盜挖了一座戰國時期魏王墓（關於是哪位魏王存在爭論，有的人認為是魏襄王有的人認為是魏安安釐王），這件事驚動了官府甚至是晉武帝司馬炎，人們從這座王墓中出土了幾十車竹簡。晉武帝司馬炎立即指示當時的國家學術權威機構秘書監進行整理研究，首先接觸這一批竹簡的是秘書監的荀勖、束皙等人，經過這些人對這批竹簡上六國文字的辨析和考證，這是一部以編年體形式編寫而成的魏國史書，荀勖、束皙等人決定將竹簡上的內容以當下西晉文字整理出來，其時間跨度自夏朝至東周戰國時期，共13篇，稱為《紀年》，這是對《竹書紀年》的初步整理。
後來，中書令和嶠在原有《紀年》的基礎上，參考其他古文獻和汲冢竹簡，對其進行增補整理。將其時間推及到了黃帝時期，整理後的《紀年》改稱為《汲郡紀年》，而原來的版本則改稱為《汲郡古文》，由於和嶠版本的《汲郡紀年》囊括了原《紀年》的內容，並將時間上推至皇帝，因此《汲郡紀年》逐漸在西晉學術圈裡流行開來。
汲冢竹書一經出土便引發了眾多學者的廣泛關注，其中最重要的原因是汲冢竹書其中記載的內容十分珍貴且獨特，史載「其中經傳大異」，汲冢竹書所記載的上古史系統與儒家經典中所記載的理想化的上古史系統完全不同，因為汲冢竹書編寫於戰國時期，其史料價值和可信度極高，可以與《史記》、《尚書》等傳世典籍相互補充考訂。
尚書最重要的是，汲冢竹書關於先秦上古史的記載自成一套系統，與《史記》、《尚書》有別，例如關於儒家理想的堯舜禪讓，汲冢竹書卻記載「堯之末年，德衰，為舜所囚…舜囚堯復偃塞丹朱，使不與父相見」，儒家經典中極少交待益與啟的關係，汲冢竹書卻記載「益幹啟位，啟殺之」，儒家把商朝時的伊尹稱之為賢相，而汲冢竹書卻記載「太甲殺伊尹」，關於周代歷史汲冢竹書則記載「自周受命，至穆王百年，非穆王壽百歲也」，關於西周共和時期的歷史記載也與儒家經典不同「幽王既亡，有共伯和者攝行天子事，非二相共和也」。此外，汲冢竹書還記載了先秦上古時期許多為其他文獻所沒有的記載。《汲郡紀年》一經推出，廣大學者極為重視，興起了一股考訂古籍文獻熱潮。徐慶、裴駰的《史記集解》，酈道元的《水經注》，郭璞的《山海經》和《穆天子傳》注本，葛洪的《抱樸子》等一大批文獻都或多或少參考了《汲郡紀年》的記載。
在兩晉南北朝至隋唐時期，汲冢竹書的名字也有諸多變化《汲郡竹書》、《汲冢紀年》、《竹書紀年》、《汲冢竹書紀年》、《系年》等都曾被各類學者使用過。但是《竹書紀年》的命運是十分坎坷的，在其出土不久，八王之亂、永嘉之亂、五胡亂華、南北朝分裂、隋末戰亂長達幾百年的混亂局面使得《竹書紀年》逐漸式微散佚，儘管《隋書經籍志》和《唐書藝文志》都有收錄，但經歷了安史之亂和五代十國，其書最終還是在宋代的時候亡佚了。兩宋時期，朱喜二程的理學大行其道，孔子和儒家經典被提升到了不容懷疑的地位，任何挑戰儒家經典所建立起的上古史系統的書籍都被排斥，而《竹書紀年》的記載完全是逆儒家經典而行，《竹書紀年》這一本應與《史記》比肩的文獻就此消隕。
明朝時期，一種兩卷本的《竹書紀年》開始流行，學者稱之為《今本竹書紀年》；清代學者朱右曾輯錄散落在各種古籍中的紀年內容，編為《汲冢紀年存真》兩卷，亦稱之為《古本竹書紀年》。關於兩個版本的《竹書紀年》哪種更可靠，自清末至今一直是比較有爭議的話題。而如果《竹書紀年》沒有亡佚一直流傳至今，它的地位將超過《春秋左傳》、《資治通鑑》等一概編年體史書而與紀傳體之祖《史記》比肩。