常言道：啞巴吃黃連，有苦說不出。黃連之苦，略遜於龍膽草。黃連最早記載於《神農本草經》，被列為上品，實在是深在人心。黃連，別名味連，川連，雞爪連，雲連等；性寒，味苦。歸心經、脾經、胃經、肝經、膽經、大腸六經。為毛茛科植物，有三個植物來源，分別是黃連、三角葉黃連或雲連，以上三種分別習稱「味連」、「雅連」、「雲連」。2015版中國藥典明確指出黃連是除去了鬚根的根莖。
黃連的功能：清熱燥溼，瀉火解毒。用於溼熱痞滿，嘔吐，瀉痢，黃疸，高熱神昏，心火亢盛，心煩不寐，血熱吐衄，目赤吞酸，牙痛，消渴，癰腫疔瘡；外治溼疹，溼瘡，耳道流膿。
黃連含多種生物，主要為小檗鹼（黃連素），含量為5%-8%。另含黃連鹼、甲基黃連鹼、巴馬汀等，由於它們有相似結構，統稱為黃連生物鹼。尚含木蘭花鹼及酚性成分，如阿魏酸、綠原酸等。還含有黃柏酮，黃柏內酯。
《神農本草經》載黃連主「腸澼腹痛下利」，腸澼是痢疾（腸炎）的最早提法。鑑於痢疾的臨床表現，以溼熱痢疾最為常見。黃連苦寒，能夠清熱燥溼止利，最為對證，被歷代醫家稱為瀉痢要藥。痢疾可表現為過度腹瀉，因過度腹瀉丟失了大量的鹼性腸液，所以容易引起代謝性酸中毒。
從藥理的角度講，一方面，黃連主含小檗鹼等生物鹼，進入機體後能夠中和多餘的酸，從而糾正代謝性酸中毒；另一方面，小檗鹼等生物鹼對革蘭氏陰性菌及革蘭氏陽性菌均具有殺滅作用。此外，小檗鹼能夠抑胃腸黏液分泌，減輕滲出，從而起到止瀉作用。
黃連與利巴韋林、嗎啉胍、阿昔洛韋、幹擾素、聚肌胞、丙種球蛋白、免疫核糖核酸、白細胞介素等抗病毒西藥聯用，有協同作用，使抗病毒效能增強；黃連與青黴素、頭孢菌素類、喹諸酮類、氨基糖苷類、四環素類、土黴素、氯黴素、大環內酯類、林可黴素、克林黴素、桿菌肽、多黏菌素B、多黏菌素E等抗生素及磺胺類藥物聯用，抗菌作用明顯增強；黃連與利膽素、去氫膽酸、牛膽酸鈉、硫酸鎂等具有利膽作用的西藥聯用，作用協同，促進膽汁分泌及舒緩膽總管作用增強；黃連與安乃近、阿司匹林及對乙醯氨基酚等解熱西藥並用，解熱作用協同，療效增強；黃連與甲氧苄啶（TMP）並用，可增強抗菌活性25倍以上。
黃連用於水產動物，作用包括：①抗病原微生物，黃連有廣譜抗菌作用，對嗜水氣單胞菌、螢光假單胞菌、柱狀嗜纖維菌、水型點狀假單胞菌、溫和氣單胞菌、遲緩愛德華氏菌、殺魚巴斯德菌、鏈球菌、金黃色葡萄球菌等均有明顯抑制作用。同時均有抗真菌、抗病毒和抗原蟲作用；②抗毒素，黃連對多種細菌毒素有明顯拮抗作用；③抗炎；④鎮痛；⑤抗氧化；⑥解熱；⑦鎮靜；⑧調節腸道菌群失調；⑨增強免疫，黃連能提高動物巨噬細胞的吞噬率及吞噬率指數，促進抗體生成，增強血清溶菌酶含量。
黃連常用於治療魚類細菌性腸炎。魚類細菌性腸炎主要危害草魚、青魚、鯽魚、羅非魚、鯉、鱅等魚類，水溫在20℃以上流行，水溫25~30℃為流行高峰，病原體主要是嗜水氣單胞菌。其症狀表現為病魚離群獨遊，遊動緩慢，體色發黑，食慾減退。病情較重的，腹部膨大，兩側上有紅斑，肛門常紅腫外突，呈紫紅色，輕壓腹部，有黃色液體或血膿從肛門處流出。腸壁充血發紅、腫脹發炎，早期腸腔內沒有食物或只在腸的後段有少量食物，腸內有較多黃色或黃紅色黏液。後期可見全腸充血發炎，腸壁呈紅色或紫紅色，尤其以後腸段明顯，腸黏膜往往潰爛脫落，並與血液混合而成血膿，充塞於腸管中。
黃連治療魚類細菌性腸炎，建議口服黃連煎劑或黃連粉劑，劑量200-300g/噸體重，每日1次，連用5-7天。