在整個明朝，東南沿海的倭寇之患，在明朝中央眼裡遠不如北方邊患重要。所以隆慶元年，讓戚繼光訓練北方薊門一帶的士兵，本身就是對戚繼光的重視與嘉獎。隨後戚繼光被任命為神機營副將，負責訓練從遼、薊一帶募集來的三萬步兵以及從浙江招募來的三千南方士兵。東南平倭結束後，戚繼光調任薊鎮防禦北虜。當時長城一線的駐軍紀律松馳，作風很差。戚繼光見難以馴服，就奏請調原「戚家軍」的一支浙江兵北上。
戚繼光在北方做的事，也不僅僅是練兵而後升官這麼簡單，他還修了長城，而且是明朝中後期最大規模的修築，戚繼光在修長城過程中，依據「因地制宜，用險制塞」的建築思想，山勢低矮處，加高城牆；山勢高峻處，修建敵樓，個別地方加修障牆、支牆、擋馬牆，全部為磚石結構或磚石木結構，使這段長城設施完備、構築牢固、布局嚴謹、可攻可守。而今，障牆、文字磚、擋馬牆，被譽為金山嶺長城的「三絕」。
明軍在北方也不是一味防守，而是有攻有守，守的差事交給戚繼光，攻的活兒則交給了李成梁，因此李成梁的戰功比戚繼光要多。這不是戚繼光不如李成梁，而是戚繼光所管防區薊門的特殊位置造成的。薊門離北京太近，不能犯險，所以張居正給薊門規定的戰略任務是：「在他鎮能以殺賊為功，此地以賊不入為功。沒有上峰指示，戚繼光不能越過長城進攻，如果敵人不主動來犯，他根本撈不著仗打，哪裡去搞戰績呢。
戚繼光的貢獻不僅在於他的戰績和他取得的成功，更重要的是他其實還是一個勇於改革，重視創新的軍事改革家。為了對付東南的倭寇，他改變了以前的方陣，結合東南地區倭寇作戰的特點，創立了鴛鴦陣。即使他死後，鴛鴦陣照樣可以在萬曆朝鮮之戰中發揮作用。