上海市域鐵路金山線是上海一條比較特殊的軌道交通，由於是採用了市域鐵路的制式。
從目前的情況來看，上海軌道交通往往可以照顧到沿途的各個站點，但是上海市域鐵路金山線卻不能將運能分配給沿途各站，反而讓終點站金山衛站的車次特別多。
上海市域鐵路金山線需要向上海軌道交通學習，改變鐵路固有的思維，讓金山線的每一站都能充分享受到線路的服務，也能充分發揮金山線的運力。
上海市域鐵路金山線使用動車組列車，這就是與上海軌道交通的一大不同點。
除了列車的不同，上海市域鐵路金山線引入了一個直達車的概念，直達車也就是在兩個終點站直達，中間各站都不停。
對於上海市域鐵路金山線而言，直達車就是從金山衛站直接到上海南站，或者與之相反。
上海市域鐵路金山線的直達車和站站停的關係如下所示。
注意上海市域鐵路金山線的時刻表是會調整的，因此圖中的時刻表也只代表了一個時期的，但是可以明顯看出，金山線被分成了兩種走向，一種是站站停，一種是直達車。金山線直達車的班次佔比比較大。
上海市域鐵路金山線的金山衛站附近如下所示。
直達車這個概念，是上海軌道交通從未有過的概念，直達車就意味著：金山鐵路的列出從金山衛站開出後，一站不停直達終點站。
眾所周知，上海市域鐵路金山線使用動車組列車，車型比較大，運力也比較高。正是因為直達車的存在，可以在金山衛站沒有上滿人，列車就開走了，中途不停站也不會上人。
因此金山線的直達車，非常有可能造成運力的浪費。這也是上海軌道交通的各個線路裡面，從來沒有過直達車這種東西。
無論是上海軌道交通，還是市域鐵路，其基本的運行的原則都是效率最大化，同樣的建設成本，儘量服務於更多的地區。
對於上海市域鐵路金山線來說，最大的問題在於沿途各站的車次比較稀疏，與上海軌道交通幾分鐘一輛的車次相差較大。而金山線的金山衛站的車次則過多，常常出現車廂沒有上滿人的情況，這在高峰時期是一種運力的浪費。
從上面的地圖中可見，上海市域鐵路金山線沿途的地方其實也都是上海市正在發展的區域，包括松江城區、松江東北片區、金山區北部，如果金山線能夠增加沿途各站的班次，這對於沿線地區的發展將是很有好處的。