對於很多80、90後棋迷來說，日本動漫《棋魂》是引領大家一窺圍棋門徑和樂趣的經典作品。
這部動漫作品不僅格調高，在細節上也相當精益求精，每一集出現的棋譜都選用了日本古今棋手的名局，著名的女棋手梅澤由香裡還擔當了此片的圍棋顧問，正是有了專業性的保證，一經播出，本片便席捲亞洲，多年以後，很多成名棋手在暢談自己幼年刻苦練棋的回憶時，都提到《棋魂》對自己產生過非常大的影響。
除了棋局，一些場景也還原的很逼真，比如日本棋院內著名的「幽玄之間」。日本棋院也作為主場景很頻繁地出現在動漫中，可以說此片的成功，離不開日本棋院的大力支持，日本圍棋能夠統治棋壇半個多世紀，也在一定程度上也要歸功於日本棋院的「專心致志」。
日本棋院著名的「幽玄之間」
日本圍棋的前世故事
日本很早就接受了來自中國的圍棋薰陶，在平安時代（約相當於我國兩宋時期）盛行於宮廷，成為皇室公家們平時消遣的玩意兒。但真正被重視起來，並成為一門重要事業則是在軍閥混戰的戰國時代（約我國明朝中晚期）。
當時間輪轉到戰國中期的時候，一個名叫織田信長的「第六天魔王」崛起了，他打出「天下布武」的口號，要以武力結束紛爭，他成為那個時代日本最強者，也正是在他的手裡，日本圍棋正式走入大力發展的快車道。
織田信長為人孤傲不群，卻對大棋士日海非常尊重，雖然自身棋力也很高超，卻總是敗在日海手下，他欽佩地稱呼對方為「名人」，他不會想到，幾百年後，「名人」居然成為了圍棋界舉足輕重的實力榮譽稱號。
織田信長死後，日海又先後侍奉豐臣秀吉和德川家康，尤其當德川家康建立德川幕府後，日本圍棋迎來了崛起的曙光。
德川家康對圍棋情有獨鍾，他邀請日海去江戶主持全國圍棋事務，並專門為他設立了「名人棋所」稱號，德川將軍「挾天子以令諸侯」，將軍的命令就是朝廷的法令，日海及其弟子實際上壟斷了整個日本的圍棋事務，成為圍棋界的「天下人」。
後來，日海將名字改為「算砂」，將自己修行的寂光寺堂號改為「本因坊」，他成了日本圍棋第一世家本因坊鼻祖。可以說本因坊世家的出現是日本圍棋逐步形成自己風格，並崛起的標誌性事件，同時也說明官方的支持是日本圍棋發展壯大的關鍵。
派系林立不如歸於一統
明治維新後，天皇政府收回了世俗特權。此前幾年，一代棋聖本因坊秀策去世，這似乎預示著傳統的古代日本圍棋已壽終正寢，嶄新的近代日本圍棋走來了。
1879年，在本因坊十八世村瀨秀甫的張羅下，近代日本第一家圍棋團體方圓社成立，此後類似的棋社雨後春筍般的出現，日本圍棋風氣一時領先東亞，名震歐美。
此時的日本圍棋以中央棋院、裨聖會、方圓社三家最具實力，可以說完全壟斷了日本圍棋事務，但這三家卻各不相讓，哪一家的棋士稍露出點名頭，另兩家必定想方設法打壓，這對於日本圍棋的長久發展並不利。轉機出現在了1923年。
1923年，關東大地震。中央棋院被大火所毀，裨聖會更是片瓦皆無，只有方圓社還算僥倖，這對於日本棋界來說，不啻是一個嚴重打擊，團結日本棋界各派系統合起來，迫在眉睫。經過多方磋商、遊說，1924年在大財閥大倉喜七郎的十萬日元資助下，統合了各派力量的日本棋院正式在東京成立。
在日本棋院的創立大會上，大倉喜七郎雖是出資者，但略覺自己身份不夠顯貴，便聯合其他圍棋名家公推明治三傑之一大久保利通的次子、擔任宮內大臣的牧野伸顯為首任總裁，而大倉自己則是副總裁。
就比賽制度、時間限制、段級的授予、普及教授、創辦比賽、棋書雜誌出版、棋士之培養、在婦女中推廣、棋院增設諸設備、於各地設置支部等十大問題，創立大會上都作了詳細規定。
日本棋院成立的目的之一就是要推廣圍棋的普及，剛成立便組織了多場比賽，並發動媒體進行爆炸式的報導，以引起全國注意，本因坊二十一世當主秀哉甚至親自出賽，此舉激發了日本各地年輕棋手的激情，他們紛紛湧進東京，參加日本棋院舉辦的比賽，其中最著名的便是日本現代圍棋史上培養出眾多圍棋大師的木谷實九段。
全盛時代的來臨
1928年，是一個值得銘記的年份，後來被稱為「昭和棋聖」的吳清源東渡日本。
到日本幾年後，他就向日本圍棋第一權威本因坊秀哉發出挑戰，讓秀哉深感後生可畏，幾年後秀哉決定隱退，將本因坊稱號贈送給《每日新聞》社，《每》社又轉捐給日本棋院，從此時起，由日本棋院舉辦的「本因坊戰」成了日本現代著名的新聞棋戰之一，爭奪本因坊名號也成了日本棋手最為看重的比賽。
不過吳清源本人儘管打遍日本無敵手，卻並未參加本因坊戰的比賽，他後來大敗本因坊戰得主坂田榮男，參不參加本因坊戰實際上也無關緊要了。
吳清源與木谷實的「鎌倉十番棋」是圍棋史上不可忽略的重要一筆，二人打破常規，採用新布局法，以全新的思路挑戰傳統的布局，奠定了現代圍棋的基礎。
隨著日本軍部侵略野心的膨脹，1941年12月7日他們偷襲美國珍珠港，太平洋戰爭爆發，出來混遲早還的，到了戰爭後期美軍逼近日本本土，美軍戰機對東京進行了極其慘烈的大轟炸，日本棋院也被摧毀，棋士們無立身之所，度過了一段苦難的歲月。
戰後隨著冷戰格局的確立，日本經濟獲得了美國的扶植，開始迅速回暖並實現騰飛，日本棋院也重新恢復，此前活躍的棋士們也重新投入了激烈的角逐中，尤其是吳清源一次次將日本一流棋手挑落馬下，為此1950年，日本棋院正式將「九段」贈與他。他也成為了超越所有日本棋手的超一流棋士。
此後一大批日本年輕棋手紛紛成名，藤澤秀行、大竹英雄、小林光一、武宮正樹、石田芳夫、加藤正夫，旅日臺灣棋手林海峰、旅日韓國棋手趙治勳等響亮的名字活躍在日本棋壇數十年。
1963年日本圍棋代表團訪華合影
不相為謀的分裂
金庸武俠小說《笑傲江湖》中華山派因為修習法門不同，分為劍宗和氣宗，互不相讓，各稱自己為正統。日本圍棋也出現了類似情況，1950年9月，對日本棋院長期被關東棋手感到不滿，以至於話語權被嚴重打壓的部分關西棋手，在橋本宇太郎的帶領下，出走大阪，成立了關西棋院，與日本棋院東西對峙，一爭短長。
儘管橋本宇太郎帶走了大批人馬，關西棋院擁有棋手比例在全日本也有近三分之一，但與大東京的號召力相比，還是稍有實力不濟，儘管也出現了結城聰九段這樣的高手，但與日本棋院比還是遜色不少。
可以說，日本圍棋、日本棋院，在前世今生中都有著不少斬不斷的聯繫，甚至日本圍棋的發展與日本棋院的興衰有著強烈的因果關係。從日海創立本因坊，到日本棋院成立，再到關西棋院的分立，日本圍棋走過了一條相當複雜而又異彩紛呈的圍棋之路，儘管如今日本圍棋衰落不少，但他們曾經在圍棋史中所扮演的角色卻不曾有分毫減色。