由於成吉思汗建立的蒙古帝國過於偉大，以至於蒙古人之間的地域差異絲毫不亞於漢人的南北方差異。這在一定程度上為蒙古後來曠日持久的內訌提供可能。
從生產方式上來看，蒙古分為以遊牧為主的「蒙古本部」和以漁獵為主的「林中百姓」。蒙古本部基本上是北元殘部建立的部族，如察哈爾部、土默特部以及今天的外蒙古喀爾喀部。
林中百姓其實是被蒙古徵服的部落，以漠西的衛拉特蒙古為主，還包括貝加爾湖附近的布裡亞特和巴爾虎蒙古。衛拉特明朝時叫「瓦剌」，清朝時叫「厄魯特」。它是蒙古太師建立的國家，長期與黃金家族分庭抗禮。
瓦剌的大汗也先是第一位非黃金家族血脈稱汗的蒙古人，但他稱汗沒多長時間，就被部下殺害。不過他所在的準噶爾部後來又崛起了一個神人——噶爾丹。
噶爾丹是康熙一生中最大的敵人，他志在統一蒙古，控制的土地一度曾高達700多萬平方公裡，但卻把意外將喀爾喀蒙古拱手讓給了清朝。
噶爾丹的父親是準噶爾部首領巴圖爾琿臺吉，但他從小在藏區研習佛法。父親去世後兄長僧格接過父親的衣缽，不料卻被異母兄弟所殺。
噶爾丹因此返回準噶爾，藉助兄長舊部和自己的活佛身份，很快奪權成功，並帶領準噶爾部不斷兼併其他部族。隨著實力的增長，噶爾丹也萌發統一蒙古的想法，他的第一個目標就是始終在內訌的喀爾喀。
17世紀，沙俄正大舉入侵西伯利亞，喀爾喀在貝加爾湖地區的利益遭受了嚴重的損害，於是雙方爆發了激烈的戰爭。
噶爾丹就趁喀爾喀與沙俄殊死搏鬥時，勾結中亞的沙俄部隊，從背後偷襲喀爾喀。腹背受敵的喀爾喀立刻轉而全力對付噶爾丹。
由於喀爾喀的土謝圖汗和扎薩克圖汗之間長期敵對，他們很難集中兵力，而且噶爾丹還有俄國資助的洋槍洋炮，所以喀爾喀三部很快被準噶爾蕩平。
汗國即將被滅，喀爾喀很多王公建議流亡沙俄，但卻被宗教領袖哲布尊丹巴阻止了，他主張南下歸順清朝。
準、喀之間的戰爭也讓康熙時刻緊繃著心弦。噶爾丹如果統一蒙古，必定威脅清朝的統治。如果揮兵南下，難保內蒙諸王不會反水。當以聽說喀爾喀來降，康熙是大喜過望。
皇太極打敗察哈爾部的林丹汗後，喀爾喀迫於壓力才與清軍修好，並不誠心歸降，順治初年還出現過叛亂。清軍入關之初統治並不穩固，又加之漠北路途遙遠，清朝始終拿喀爾喀沒辦法。
康熙怎麼也沒想到，噶爾丹會讓他們誠心內附。為了拉攏喀爾喀王公，康熙沒有將他們編入八旗或是內蒙四十九札薩克，而是保留了他們的完整性。
正是因為如此，喀爾喀王公從此對滿洲大皇帝忠心耿耿，辛亥革命時還要率兵勤王。