伊斯蘭教不是新疆這些民族天生信仰的，也不是唯一信仰的宗教，伊斯蘭教傳入新疆地區與阿拉伯帝國興起，伊斯蘭教由西向東擴張有關新疆的一些少數民族，維吾爾族哈薩克族的民族，這些民族接受了伊斯蘭教，不是當時歷史中民眾主動的改性和轉型，而是宗教戰爭和統治階級的強制推行的結果。
中國自古以來就是多宗教的國家，除了組織性質毒性較強的幾大宗教外還存在大量的民間信仰，除了道教和民間信仰是中國土生土長之外，其他都由國外傳入新疆地區，歷來也是多種宗教信仰並存，一種或兩種宗教為主，多種宗教並存是新疆宗教格局的歷史特點。
在長期歷史進程中，中國的疆土既有割據時期，又有統一時期，統一與割據交替循環，國家統一發展始終是主流方向，中原地區歷史上的不同時期曾存在過諸侯國火鍋割據政權。
新疆地區也多次出現地方政權割據情況，出現過諸如王國，封國，行國，韓國王朝等地方，政權形態都有著濃厚的中國一體意識，都最終走向統一。
新疆區域文化是中原文化與西域文化長期交融的結果，中華文化的組成部分。新疆處於亞歐腹地，處於古絲綢之路的中心要道，歷史上一直是東西方經濟文化往來交流的重要樞紐，因而成為多種宗教文化匯集之地，歷來也是多種宗教信仰並存。
一教或兩教為主、多教並存，是新疆宗教的特點，交融共存是新疆宗教關係的主流。到今天，新疆還有伊斯蘭教，佛教，道教，基督教，天主教，東正教等宗教，現在還有佛教寺院59座。道教宮觀一座。
在外來宗教文化傳入新疆之前，新疆曾普遍流行原始宗教文化和薩滿教文化。最早融入新疆的外來宗教文化是襖教文化。
襖教是古代波斯宗教的改革者。瑣羅亞斯德創立，所以也稱瑣羅亞斯德教，在中國史稱襖教，也稱「火教」「拜火教」。奉《波斯古經》，其創建地在今阿富汗的巴爾赫。
襖教認為火是光明、善的代表，禮拜「聖火」，要求人們從善避惡，棄暗投明。而在遠古時期，新疆古代居民相信萬物有靈，盛行動植物崇拜，日月星辰崇拜，圖騰崇拜，生殖崇拜，祖先崇拜等。
薩滿教是原始宗教的一種較高形態。直到今天，部分錫伯族，達斡爾族，克爾克孜族等民族，還較完整地保留著薩滿教文化傳統。
維吾爾族穆斯林進行麻扎朝拜時依然會集體跳薩滿舞，哈薩克族保留薩滿教遺俗，則尤為典型。襖教在今天的新疆已不存在，但在漫長歷史演變中融入了一些民族的傳統文化中。
如，諾魯孜節就是襖教的一種宗教節日，現在人是信仰襖教的維吾爾、哈薩克、塔吉克等民族的重要傳統節日，其原有的宗教意義被消解。
從公元前2世紀開始，佛教傳入西域，至晚在公元前一世紀，就已經傳播到新疆塔裡木盆地。
在逐漸興盛中，佛教在新疆形成了于闐、疏勒、龜茲、鄯善、高昌等幾個著名佛教文化中心，佛教是上至王公貴族下至底層普羅大眾主動接受的，形成了當時新疆以佛教文化為主、多種多種宗教文化共存的格局，包括了佛教之後傳入的道教、景教、摩尼教。
景教指基督教的，聶斯脫裡派，摩尼教是在襖教基礎上，吸取基督教、佛教等宗教思想材料的基礎上，由摩尼創立的，併到東方傳教後被取締。新疆佛教在魏晉南北朝時期進入鼎盛。佛教文化在建築、雕塑、舞蹈、戲劇、音樂、文學等諸方面達到令世界注目的水平。
英國著名的歷史學家湯因比，曾有人問他：假如時光倒流，您希望出生在哪個國家？他回答說，「我希望出生在佛教已傳入時的中國新疆」，因為是新疆是世界唯一一個華夏文化、印度文化、伊斯蘭文化、希臘文化四種類型文化交融的地方，有著無可比擬的文化魅力。
大約在公元9世紀末至10世紀初，伊斯蘭教傳入新疆，也是從這個時期伊斯蘭文化開始傳入中華文明體系，並對新疆一些民族產生影響。
伊斯蘭教在新疆地區是以統治王朝強制推行的方式和以宗教戰爭的鐵血方式，將佛教最終排擠出去，到明末清初，新疆維吾爾、哈薩克、柯爾克孜、塔吉克等民族基本上接受了伊斯蘭教信仰。
伊斯蘭教廣泛傳播到了整個塔裡木盆地和北疆、東疆部分地區，在喀什噶爾、葉爾羌、于闐、庫車、吐魯番、哈密等地，興建清真寺和教經堂。伊斯蘭文化也在新疆形成中華文化包孕下的區域特點。一教為主，多教並存，多元交融、和而不同，依然是新疆宗教文化的基本格局。