臺灣自古以來就是中國的領土。早在一千七百多年前的三國吳人寫的《臨海水土志》，就已對臺灣作過明確記述，三國孫吳政權曾派人去臺灣考察居住。到明中期，大陸赴臺開拓者已達十餘萬人。但是，明朝中期後，日本、西班牙、葡萄牙、荷蘭殖民者相繼侵擾臺灣。明末，荷蘭人打敗西班牙、葡萄牙和日本倭寇，佔據臺灣全島，臺灣淪為荷蘭的殖民地。
割據臺灣的是鄭成功、鄭經家族，又稱明鄭。明末清初興起的鄭氏海商集團，表現出了東南海商商業文化的鮮明特徵。當年鄭氏海商集團在商業上採取了「海陸十大商」分工合作的經營方式。「海五商」是設在廈門及附近各地的「仁、義、禮、智、信」海商機構；「陸五商」是指設在浙南地區的「金、木、水、火、土」陸上採購團隊，對外貿易的範圍遍布東南亞各地。這些構成了鄭氏集團的雄厚經濟基礎，使得鄭成功、鄭經父子能夠打破遷界令的限制獲得養軍的軍費來源。
第一，清朝的賦稅主要來自於江南地區，臺灣的鄭氏時常派水軍騷擾清朝的東南各省，對清朝的賦稅產生嚴重威脅，康熙要想繼續對外用兵，就必須要保證東南各省的海疆穩定，進而要先解決臺灣問題。第二，臺灣的鄭氏一直打著反清復明的旗號，對滿洲人的統治始終是個隱患，如果不能及時解決臺灣問題，隨時都有可能爆發漢人的起事，而吳三桂起兵時就是打著反清復明的旗號，使得清廷幾乎喪失半壁江山，此時清廷不能再次陷入被動局面，必須要主動出擊。第三，沙俄和準噶爾部的問題在當時還不是特別嚴重，而臺灣雖然孤懸海外，遠離大陸，但是臺灣自古就是中國的領土，當時的清朝還處於對外擴展、開疆擴土的階段，雄才大略的康熙帝絕對不會放棄對臺灣的統一，並且臺灣問題既涉及的清朝的財政收入，又關係到滿人對漢人的統治能否穩固，這對滿洲貴族能否坐穩江山至關重要。
內部紛爭
在三藩剛剛平定不久，割據臺灣的鄭氏家族發生內亂。起因是1662年鄭成功病逝後，其子鄭經立。1681年，鄭經死後，其部將馮錫範等殺死了鄭氏的繼承人，改立鄭經次子克塽繼承延平王位。鄭克塽年幼，成為馮錫範的傀儡。康熙在此情況下，決心為了國家統一收復臺灣。1681年七月，康熙下詔「以施琅為福建水師提督，與將軍總督等統舟師進取澎湖、臺灣」。
公元1683年(康熙二十二年)六月十四日，施琅率領清軍水師2萬餘人、各種戰艦二百多艘，直逼澎湖。各戰艦的風帆上均書寫主將姓名，有便於指揮聯絡。鄭守軍有了二百多艘戰艦和近兩萬人的軍隊，數量上與清軍旗鼓相當。六月二十二日，清軍強攻澎湖本島，施琅將水師兵分三路，以總兵陳蟒和董義為左右翼，各率戰艦五十艘，分別進攻雞籠嶼和牛心灣，以作牽制;施琅自率戰艦百餘艘為中路直攻娘媽宮(今澎湖本島西北角)。清軍奮勇大戰，擊毀鄭軍戰艦一百九十艘，殲滅鄭軍主力一萬二千餘人，迫使鄭軍四千二百餘人投降。
鄭軍主帥劉國軒見大勢已去，狼狽的只帶剩下戰船二三十艘，殘軍數百人，狼狽逃回臺灣本島。臺灣內部震動，劉國軒力主投降，康熙大帝乘勝降旨招降。七月十五日，臺灣地方當局派人獻上地圖名冊和投降書。八月十三日，施琅率清軍登陸臺灣島。後清廷納用施琅建策，在臺灣設縣、府、巡道，派軍駐守，加強統治。從此結束了由鄭成功起歷經鄭氏家族三代為期二十餘年的偏安局面。康熙大帝終於實現了臺灣與祖國大陸統一的盛世。
劉國軒的能攻善守也得到了施琅的認可，後來施琅在其戰後捷報中曾概述如下：
今年四五月知臣乘南風決計進剿。就臺灣賊夥選拔精壯敢死者，及抽調草地佃丁民兵，將洋船改為戰船。凡各偽文武等官所有私船盡行修整調集來澎湖。大小炮船、鳥船、趕繒船、洋船、雙桅船合計兩百餘號。賊夥二萬餘眾。仍將偽鎮營等官兵各眷口，監羈臺灣紅毛、赤嵌二城，堅其死戰。
劉國軒親統傾巢之眾，復來澎湖，將娘媽宮嶼頭上下添築炮城二座，風櫃尾炮城一座，四角山炮城一座，雞籠山炮城一座，東西峙內一列炮臺四座，西面內外塹，西嶼頭一列炮臺四座，中心灣山頭頂炮臺一座。凡沿海之處，小船可以登岸者，盡行築造短牆安置腰銃，環繞二十餘裡，分遣賊眾死守。星羅棋布，堅如鐵桶。
金湯一般的防禦，施琅如何能夠突破是個大問題，且看雙方決戰。
澎湖海戰
康熙二十二年六月十四日（1683年7月8日），施琅從銅山島出發，姚啟聖也撥3000人同施琅出徵（清軍24000人，大鳥船70艘、趕繒船103艘、雙帆居船65艘）。十五日（9日）鄭軍哨船發現清軍已到花嶼、貓嶼一帶， 趕緊回報劉國軒，當晚清軍在八罩島過夜。
在劉國軒陣營這邊卻形成了兩種截然不同的反應。邱輝與黃良驥建議，乘清軍立足未定，夜晚落潮時，派精兵衝殺敵陣，必能取勝。劉國軒則不以為然，認為施琅徒有虛名，只須嚴防使敵船不能靠岸登陸，則將自敗。或許正是劉國軒的大意輕敵讓他沒有在將軍澳、南大嶼等島設防，給了施琅可乘之機。
劉國軒認為將兵力集中在娘媽宮前平靜水域中，阻止施琅登陸，即可穩操勝算，時間愈久則對施琅愈不利。沙場宿將劉國軒的主要戰略意圖是要以逸待勞，阻止清軍舟師登陸就可打消耗戰，但這個作戰思想的核心是澎湖一帶的「風信」變幻莫測，清軍水師極容易觸角沉沒。（原文為，劉國軒對諸將說：風信無常，旦夕發臺，虜將無所述命。此以逸待勞之勢，不必戰而可竟全功。）
劉手下的副將邱輝則反問萬一沒有颱風則又將如何，劉國軒舉俗語回答：「六月三十日，有暴三十六，焉有無風之理？」作為一個臺灣人劉國軒大概是經歷了無數次颱風了，對臺灣海峽內部颱風的脾氣了如指掌，他壓根不相信在六月間會沒有颱風。反過來說作為鄭軍主帥的劉國軒把戰役的關鍵寄托在自然力量，也就是颱風的到來上。
施琅命令全軍反攻，順著風勢發射各種火器，並且以數船圍攻鄭軍一船，鄭軍全面崩潰，江勝戰死、邱輝自焚，共斃傷鄭軍12000人。劉國軒眼見大勢已去，率領殘餘部隊從北面吼門退往臺灣，澎湖各島鄭軍都向施琅投降。清軍陣亡329人，傷1800餘人，船隻無一損失。
施琅隨後統兵登陸臺灣，接受了鄭克爽的納降，臺灣正式收復。後來清廷為了是否把臺灣併入版圖產生爭論，不少大臣認為臺灣孤懸海上，治理以及防守花費不小，主張棄守。施琅以臺灣戰略地位重要，為七省藩籬不可不守，說服清廷將臺灣併入版圖。
臺灣是中國不可分割的一部分，古往今來的歷史經驗告訴我們颱風不足懼，海峽不足畏，為了兩岸人民的福祉計，還是需要高度的政治智慧來協商解決這一歷史遺留問題