沈葆楨接到船政大臣任命後，因為船政工薪較高，許多人想擠進船政拿高薪，以致沈家箱子堆滿了介紹信，「戶為之穿」，忙得沈葆楨「舌蔽唇焦」。進不了船政的人對他怨恨仇視，不斷寫匿名信、小字報（揭貼），謾罵攻擊。他置之不理。
沈葆楨秉公辦案，文武官員犯了錯誤，不論職務高低，概不寬容。有一胥吏是沈家姻親，因觸犯廠規被捕審訊。說情的親友很多，他都不買帳。在審判時忽然接到父親的信，他心裡明白，當場宣稱，家信講私事，先辦公事，喝令斬了。船廠需要大量鐵皮，布政司主管售鐵的官員故意為難，索取好處費。沈葆楨抓個屬吏，以「阻撓國事，侮慢大臣」的罪名，斬首示眾。
輕罪重判，小題大做，但殺一儆百，壓下了船政中正抬頭的歪風邪氣。
沈葆楨教導人僅做清官不夠，還要替民眾辦好事，否則，各地都有城隍廟，城隍老爺不貪汙、不擾民，有這樣的老爺足夠了，何必再設什麼官？
常見大官腰纏萬貫，揮金如土，可是作為封疆大吏的沈葆楨卻窮到以賣字補貼生活。歐陽昱《見聞瑣錄》記：「沈文肅性剛而廉，撫吾省（江西），丁憂歸，不名一錢，開一笑軒（應是『一笑來』）紙鋪，寫字度日。」何剛德《客座偶談》：「沈文肅自江西巡撫丁憂歸，鬻字為生，每書一聯，僅取四百文。」他的書法遒勁俊健，求字的人多，卻沒有索取高額潤筆之資，其人品於此可窺一斑。
沈葆楨經常接濟親友，而對子女開支卻有限制，不準隨意揮霍，成年子孫則要自謀生計。他寫信勸導子侄努力學習，不要爭權奪利，求田問舍。他作為一品大臣，宮巷舊居並不比人家特別高大。死後也未留一畝田地。
沈葆楨勤儉一生，穿的貂褂黴爛，不敢另做，認為「省一件衣服，即可救無數人生命」。他「薪俸到手輒盡，未嘗有餘」，離開船政時，欠下船政4000兩銀子，在兩江總督任上才還清。他有七個女兒，辦不起嫁妝，新娘的首飾，有些還是借的，婚後要還給人家。
光緒二年，福州遭遇特大洪水。他挪用自家墓祭和聘請家庭教師用以生息的錢3000兩，送請福建巡撫丁日昌代辦救災，然後借錢補上這一項。如此善舉，他卻要丁日昌保密，不要上奏朝廷。
沈葆楨不擺架子，對下屬有事多親自寫信，稱兄道弟，措辭謙遜。接下屬稟札，也寫「捧讀賜書，辱承垂注拳拳，感難言喻」。連寫給秀才的信也說：「讀手教……」。