撒哈拉沙漠，傳統上都是通過駱駝隊，緩慢、艱苦，也很危險。需冒迷路、過熱、窒息人的沙暴以及餓死、渴死等危險，再加上還可能遭到打劫。儘管有這麼多危險、困難，沿著連接綠洲的商隊路線的泛撒哈拉沙漠貿易從很早時候起就一直延續了下來。
撒哈拉沙漠氣候由信風帶的南北轉換所控制，常出現許多極端。它有世界上最高的蒸發率，並且有一連好幾年沒降雨的最大面積紀錄。氣溫在海拔高的地方可達到霜凍和冰凍地步，而在海拔低處可有世界上最熱的天氣。
面積較大的稱為「沙海」,沙海由複雜而有規則的大小沙丘排列而成,形態複雜多樣,有高大的固定沙丘,有較低的流動沙丘,還有大面積的固定、半固定沙丘。固定沙丘主要分布在偏南靠近草原地帶和大西洋沿岸地帶。從利比亞往西直到阿爾及利亞的西部是流沙區。流動沙丘順風向不斷移動。
沙漠人民從採礦中幾乎一無所得，也許還適得其反。遊牧生活的衰落始於安撫政策，隨著經濟狀況的改變和正式的定居政策的實行，更加快這種衰落。普遍的環境情況不佳進一步鼓勵遊牧民流入綠洲和城鎮，從而產生過分擁擠和貧窮。
撒哈拉沙漠主要的地形特色，淺而季節性泛濫的盆地和大綠洲窪地，高地多石，山脈陡峭，以及遍布沙灘、沙丘和沙海。尤其引人注目的是與提貝提斯山脈相關的幹河床、湖泊、池塘組成的綜合網絡，撒哈拉沙漠的沙丘儲有相當數量的雨水，沙漠中的各處陡崖有滲水和泉水出現。
撒哈拉沙漠的土壤有機物含量低，且常常無生物活動，儘管在某些地區有固氮菌。窪地的土壤常含鹽。沙漠邊緣上的土壤則含有較集中的有機物質。