中法戰爭後，清政府對越南的法軍停止抵抗，局勢變成，越南政府同意他自家的地盤被法國」吃掉」，清政府也不趟這渾水，黑旗軍這個「仙人掌」，在越南是沒有「一滴水」再給他，是就地解散，還是令圖發展，擺在每一個黑旗軍將士面前。
前面的路看不清，還好有人帶。1885年後，清政府主要有2點考慮，1.法國政府的壓力，「把黑旗軍帶走，不要在我們的地盤上，搞的我們提心弔膽」，.2.多事之秋，劉永福的抗法名氣很大，拉回國，對抗其他列強，以後會很有用處，事實證明，清政府的考慮是有遠見。
同年4月到6月，連頒九道上諭，以「賞給依博德恩巴圖魯名號，並賞給三代一品封典」為誘餌，誘逼劉永福回國，10月劉永福的黑旗軍入關回國，9年後，1894年7月，甲午戰爭爆發。因臺灣地理位置重要，清政府命劉永福赴臺，幫同臺灣巡撫邵友濂辦理防務。8月，劉永福率兩營黑旗軍赴臺北，後又奉令移駐臺南，將所部增至八營，仍稱黑旗軍。
甲午戰爭打的，哎呀呀，我情願不知道這段歷史，窩窩囊囊，現代國家對抗封建國家，如果說鴉片戰爭是中國近代史轉折點，甲午戰爭應該是中國走向現代國家的起點，1895年，清政府失敗求和，臺灣被割讓給日本。
日本畫的甲午戰爭
臺灣人民肯定不想被日本人統治，時任臺灣巡撫唐景崧，向清廷求救無果，成立了「臺灣民主國」，要跟日本搞「國家層面」的對抗。
想不到5月29日，剛剛當了4天「總統」的唐景崧，接到日軍在澳底登陸
，6月3日，基隆失守的消息，6月4號，跑路了。
侵臺日軍佔領臺北後，便急不可待地要拿下新竹，以便打開南侵的通路。
6月11日，北白川能久率領的近衛師團在臺北集結完畢，隨即派出一個中隊作為前鋒，直奔新竹而來。半途中，這個中隊被四面趕來的義軍殺得人仰馬翻，狼狽逃回了臺北。
這時的新竹，已經成了義軍聚集之地，時人記載：「不期而會上萬人，漫山遍野。」但是，義軍畢竟多是沒有任何軍事訓練的鄉民，缺乏統一指揮，武器大多還是刀槍弓箭這樣的冷兵器。22日，日軍大部隊在重炮支援下，攻取了新竹。
自從登陸以來，日軍長驅直入，一路沒有碰到有效的抵抗，這讓他們氣焰更加囂張。據日軍所著《臺灣徵討史》記載，在他們眼裡，清軍不堪一擊，義軍蜂起，卻是「烏合之眾」，「以為臺灣不過手掌大小之地，以一旅之眾即可一舉殲滅。」
佔領新竹之後，北白川能久下令「南徵」。但是，樺山和北白川都沒有料到，日軍不僅難以進兵新竹以南，而且連新竹以北的局面也很難控制。「南徵」的命令下達了，卻遲遲不能抽出兵力往南進攻。
日軍佔領了新竹城，城外仍在義軍的掌握之中。事實上，新竹日軍已處在包圍之中。義軍以劣勢兵力、劣勢裝備，不斷地襲擾、打擊著日軍，甚至還三次攻打新竹縣城。
焦頭爛額的日軍暫緩「南徵」，轉而以殘暴的掃蕩，打擊佔領地區的抗日力量。抗日義軍的領導人丘逢甲成了日軍的眼中釘，必欲除之而後快。丘逢甲部隊很快被打散，他躲入深山，後輾轉內渡。
臺灣抗日義軍的領導人發生了變化，樺山資紀碰上了真正的對手——黑旗將軍劉永福