探普基因組測序技術對於病毒研究的意義何在?

2020-12-12 探普生物

一直以來，病毒基因組測序都是疾病診斷、流行病學調查和宿主-病原關係研究的重要手段。病毒的全基因組測序以及對應的生物信息學分析方法是研究病毒進化、毒力因子變異、疫病爆發之間的關係、疫病傳播途徑、不同遺傳變異的分布模式、疫病發生地理區域的基礎。

與傳統Sanger測序相比，NGS技術的發展使得一個小的研究小組可以擁有大量病毒株的全基因組序列，測序成本也在逐步降低。由於NGS產生的數據量非常龐大，其序列拼接難度也隨之增加。而且對於低濃度高複雜度的樣本，研究者除了PCR外別無他法。而PCR方法往往具有偏好性，丟失的片段將為序列組裝帶來非常高的失敗率。對於完全未知的樣本，無法通過PCR進行富集，要鑑定其種類需要調用各種方法，逐個嘗試，工作量之大，其效率之低，使得一個新的研究方法的出現及其必要。

探普基於長期的NGS樣本處理經驗，在大量樣本實驗基礎上研發了一整套針對病毒基因組的樣本處理和生信算法。處理微量/複雜樣本，拼接出全基因組序列在探普都不在難以實現。對於未知病原，我們也多了一個快捷可靠的技術選擇。

常見病毒/病原微生物基因組測序組裝技術參數對比表

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