根據臺灣當局「憲法」規定,「行政院」是臺灣當局最高行政機關,院長由「總統」提名,經「立法院」同意後任命;「總統」公布法律、發布命令,須經「行政院」院長和有關部會首長的副署;「行政院」副院長、各部會首長和不管部會之政務委員,由「行政院」院長提請「總統」任命;「行政院」向「立法院」提出法律案、預算案、戒嚴案、大赦案、宣戰案、媾和案及條約案及其他重要事項或涉及各部會共同關係事項;「行政院」對「立法院」所決議的法律案、預算案、條約案及重要政策有異議時,須經「總統」的核可,才能移送「立法院」複議,若出席「立法院」的三分之二「立法委員」表決維持原決議,「行政院」長應接受該決議或辭職。
1997年第三屆「國民大會」通過的「憲法增修條文」改為「行政院長」由「總統」任命,不須經「立法院」同意;同時取消了「副署權」;「行政院」對「立法院」通過的法案不滿,可以要求限期複議等。
「行政院」於1948年5月在南京成立。根據1948年7月通過的「行政院」組織法,「行政院」設有「內政部」、「外交部」、「國防部」、「財政部」、「司法行政部」、「農林部」、「工商部」、「交通部」、「社會部」、「水利部」、「教育部」、「糧食部」、「地政部」、「衛生部」等14個部以及「僑務委員會」、「資源委員會」、「蒙藏委員會」等三個委員會。以後又多次進行了調整、變更。經過多次調整,「行政院」現有「內政部」、「外交部」、「國防部」、「財政部」、「經濟部」、「教育部」、「法務部」、「交通部」等八個部,「僑務委員會」、「蒙藏委員會」,「主計處」、「新聞局」、「衛生署」、「中央銀行」、「人事行政局」、「經濟建設委員會」、「農業委員會」、「研究發展考核委員會」、「國家科學委員會」、「原子能委員會」、「國軍退除役官兵輔導委員會」、「青年輔導委員會」、「文化建設委員會」、「大陸委員會」、「勞工委員會」、「中央選舉委員會」、「原住民委員會」、「體育委員會」、「海岸巡防署」、「環境保護署」、「國立」故宮博物院等機構。另有一些任務編組機構。
「行政院」組織即「行政院」會議,是「行政院」的決策機關,由「行政院」正副院長、8部2會、及不管部會之7名政務委員組成,院長主持會議,並邀請有關人員列席備詢。其主要職權是提出法案,決定重要政策人事的任免及其他重要事項。「行政院」會議必須經部長和出席過半數以上政務委員的同意才能形成決議。
「行政院」內部,依「行政院」組織法設秘書長、副秘書長,均列席「行政院」會議。秘書長承院長之命處理「行政院」事務,並指揮監督所屬職員。副秘書長協助秘書長工作。「行政院」內設秘書處、參事單位、訴願審議委員會、法規委員會、會計室、人事室等處理幕僚業務。