臺灣當局設立「五院」，分別行使「五權」。五權都屬於「治權」,互相獨立,同處於平等地位。行政為五權之一。臺灣的「中央政府」設立「行政院」。「憲法」規定，「行政院」為「國家最高行政機關」。
根據「憲法」規定，「行政院」享有： （1）決策權。有權制訂施政方針與重要政策，並具體予以推行； （2）副署權。即「總統」公布之法令，及有關成員的任免令，須經過「行政院」 有關首長副署； （3）提案權。 有向「立法院」提出「法律、預算、戒嚴、大赦、宣戰、媾和、籤約」等權； （4）複議權。即對「立法院」提出的法律案，預算案及要求「行政院」改變重要政策的決議，在徵得「總統」的認可後可移請 「立法院」複議； （5）緊急處分權。 即「總統」要求採取緊急處分，需先經「行政院」會議決議。（6）解散議會權。 1997年「修憲」後，「行政院」對「立法院」負責，但在「立法院」對「行政院長」提出不信任案10天不辭職時，可呈請「總統」解散「立法院」。在「行政院」上述六種職權中，決策權和副署權為專有，提案權絕絕大部分享有，複議權和緊急處分權、「立法院」解散權，與「總統」分享。可見，「憲法」賦予「行政院」有較大的決策權和對總統的相對制約權。
但是，與「憲法」差不多同時實施之時，「動員戡亂時期臨時條款」的頒行，使「總統」的權力急劇膨脹，這主要體現在兩方面：一是「總統」緊急處分權的擴張；二是「總統」行政控制權的增加。因此，在「戡亂時期」體制下，在蔣氏父子統治時期的臺灣當局「總統」與「行政院」的關係是「總統府」統「行政院」，即「府」統「院」。但是隨著1980年下半年「戒嚴令」的廢止，「臨時條款」的終止，以及「國安會」的作用的削弱，「行政院」的職權也有恢復，特別是郝柏村任職以來，利用他軍事強人的地位，使「行政院」的地位提高不少。總之，隨著「動員戡亂時期臨時條款」的終止，「總統」與「行政院長」之關係是以「府統院」還是「院前府後」，不僅是政權派系之間的鬥爭，而且也關係著黨的權力之爭。「主流派」和「非主流派」之間的矛盾從側面反映了「府院」之間的鬥爭。