「物種」不等於「品種」
以最傳統生物學上的定義，物種是指一群可相互交配生殖，或具此潛力之天然族群所組成的群體，且與其他群體間具有生殖上的隔離，或是大家記得界、門、綱、目、科、屬、種的分類層級。而我們喝的咖啡其實不是同一物種，而是屬於茜草科Rubiaceae、咖啡屬Coffea下的幾十（有人說是上百種）的不同物種。
因為咖啡的原生地在衣索比亞一帶，那邊散落了上百種的咖啡野生品種，只是大多數都不具商業價值，所以我們現在消費的大多數咖啡，是商業種植而來的，而且主要來自三個種：阿拉比卡（Coffea arabica）、羅布斯塔（Coffea canephora）、利比利卡（Coffea liberica）。
阿拉比卡是目前量最大的咖啡，也被宣傳為品質最佳的咖啡，所以現在是市場的主流，價格也最高，產量佔了所有咖啡的65%以上。
羅布斯塔據信是源流自阿拉比卡的變種，但是具有強壯、抗病、容易栽種、產量大的優點，但是口感較為苦、重、香氣比較弱、咖啡因較高，所以價格便宜，市場上沒那麼受歡迎，目前產量約佔全世界的30%。
利比利卡現在很少有人種了，市場上量其實很小，它的豆身大顆、但是滋味平淡，所以不受市場重視，但是據說馬來西亞白咖啡的源流就是用了賴比瑞亞咖啡，才有那特殊的風味。
以上講的是咖啡的物種，但是因為中文的不精確，或是被人亂用，品種這個名詞常被跟物種弄混。
品種應該指的是人類在栽種作物時，刻意選拔出來具有特殊性狀的種類。就像貓有分美國短毛、日本貓、暹羅貓、波斯貓等等，他們具有不同的外表特徵（毛長、體格、個性）等等，但都屬於家貓這個物種，而且可以互相交配產出下一代，只是特徵性狀會因為混種而亂掉了（可能就叫米克斯了）。
而咖啡也是一樣，因為阿拉比卡全世界大量種植，所以各地人為選育出了很多具有特殊風味、特色的品種，如鐵比卡、波旁、卡度拉、卡度艾、藝妓（geisha）等等，但不管他們有怎樣的特徵、口味差別，都是屬於阿拉比卡的這個物種。
混種：但是以上的物種之間，也會天然或人為出現一些例外的混種，這些混種比如說有帝汶混種（Timor Hybrid）、阿拉布斯塔（Arabusta）等等。
在學術界的嚴謹說法下，學名的表示方法會是帝汶混種Timor hybrid（Coffea arabica x C. canephora）。不會叫阿拉比卡，也不會叫羅布斯塔。但是Timor hybrid 又陸續與阿拉比卡育種出下一代如卡第摩catimor 薩第摩sarchimor等等，
接枝：許多園藝學家為了解決抗葉銹病或其他理由，也開發出接枝的技術，這就像臺灣比較常見的高接梨技術一樣，比如說將阿拉比卡的枝條接在羅布斯塔的樹身上。
羅布斯塔不一定不好，100%阿拉比卡也不一定是最好的咖啡
的確阿拉比卡的香氣普遍認為比較高雅，所以價格較高，但是羅布斯塔除了價格較低是一個優點之外，其實也有它風味上的特點，比如說羅布斯塔風味渾厚、濃重且強烈、而且有很強的crema。所以尤其是好的意式豆在拚配中，常常會加入少量的羅布斯塔，讓這強烈的苦味與crema把意式濃縮咖啡提升到另一個層次。
所以100%阿拉比卡未必最好，事實上，但是某些品質好的羅布斯塔，味道甚至比品質差的阿拉比卡豆要好。
如何判定是阿拉比卡還是羅布斯塔？
依據檢驗方法，以咖啡中「16-O-甲基咖啡醇」含量的高低來判斷是阿拉比卡或是羅布斯塔，因為阿拉比卡含16-O-甲基咖啡醇很低或甚至沒有，但是羅布斯塔含16-O-甲基咖啡醇很高。（這檢驗方法其實來自學者根寧（Gunning）發表於文獻 Gunning et al. 2018. 16-O-methylcafestol is present in ground roast Arabica coffees: Implications for authenticity testing。Food Chemistry Volume 248, Pages 52-60裡面的研究。）
如果我們仔細看其研究成果，確實在代表16-O-甲基咖啡醇（16-OMC）/16-O-甲基卡酚（16-OMK）處的波峰處（3.16ppm）確實有明顯的分野， 16-O-甲基咖啡醇在實驗所採26件的阿拉比卡豆中含量都僅約有數10ppm，而在實驗所採6件的羅布斯塔豆的含量就有1～2千ppm。
一般來說，大家對於阿拉比卡豆的風味接受度比較高，是因為阿拉比卡的香氣比較豐富，而也因為容易受不同的海拔、土壤、氣候條件等因素而影響豆子的生長及產出風味，因此雖然都叫阿拉比卡，不同出產地的可是會有截然不同的味道。
相較之下，羅布斯塔比較有個性，不容易受外在因素而改變自己的風味，因此不同產區的羅布斯塔，風味差異並不大。另外，有些咖啡迷喜歡酸味明顯的咖啡，有些則喜歡偏苦的咖啡，在這部分來說，阿拉比卡豆通常具有高度的酸味，而羅布斯塔則有著比較強烈的苦味。
但咖啡口味的偏好因人而異，只有喝起來真正喜歡才最重要，才是你想要的咖啡風味。