先秦時期，巴蜀地區在地理上與中原脫節，由於秦嶺、大巴山、米倉山系的阻隔，使它自成一個單元。在政治上，巴蜀也基本是自成單位的。雖然在夏、商時代，巴蜀與中原有這樣那樣的和戰關係，西周時代巴蜀也是周王室冊封的諸侯，但「有周之世，限以秦、巴，（蜀）雖奉王職，不得與春秋盟會，君長莫同書軌」，巴則因「楚主夏盟，秦擅西土，巴國分遠，故於盟會希」，均與中原缺乏經常的政治聯繫，不能在政治上與中原同步演進。戰國前期，當中原列國紛紛掀起轟轟烈烈的變法運動之時，西方的秦國起而響應，雖加入較晚，卻後來居上，變法更加徹底，又積極參與中國諸侯之政，文化上則採取開放政策，吸納、延請三晉縱橫家和法家知名人物入秦主持變法，「移風易俗」，以與中原諸夏所奉行的儒家學說相抗衡，結果是政治上與中原充分融為一體，文化上更加強了同中原的交流和融會。南方的楚國、東方的吳國和越國，也在政治上積極參與諸侯爭霸，文化上以老、莊為代表的道家則應運而生，與齊魯儒家、秦晉法家和縱橫家等分庭抗禮，遂成百家爭鳴之局，並在這一動態局面中與中原融為一體。唯有巴蜀，僻在西南，為「戎狄之長」，不與中原之政，不參與中原列國轟轟烈烈的變法潮流，又不與中原學術，不參與百家爭鳴。這兩大特點，說明了巴蜀與中原相隔絕的事實。
巴蜀自古有其國家組織，控制資源，掌握軍隊，維護王權，其政治勢力主要是向西南大力伸張；又有自己的知識體系和知識分子，創造了獨具特色的文字系統，物質文明也取得極大進步。但由於政治上與中原之政脫節，不在中原政治經濟大變革的連鎖反應圈以內，所以墨守陳規，不能在文化上取得突破，更不能對傳統習俗提出質疑，又遑論超越。
秦滅巴蜀，設置郡縣，是巴蜀與中原密切聯繫的轉機。但是，秦滅巴蜀的時代，正是秦的法家在理論上和實踐上走向野蠻化的時代。如果說，商鞅時代秦還允許一點學術和思想自由，允許儒法之爭存在的話，那麼，到秦惠王、秦昭王尤其秦始皇時代，這一點點自由的學術和思想空間已被完全窒息。秦任刑罰，民以吏為師，不允許自由的學術環境存在。在這種殘酷的政治和文化條件下，巴蜀不但沒有產生出思想家，反而發揚了神聖的宗教傳統，政治經濟上雖然被納入秦的勢力範圍之內，然而文化上卻仍然在中原之外，兩者出現了明顯的脫節。
巴蜀真正融入中華是在漢代。漢興，實行輕徭薄賦緩刑的政策，文化上允許百家共存，惠帝時「除挾書之律」，自此才有思想家、文學家的出現。
漢代巴蜀學者著書立說，均為私家著述，這是巴蜀文化漢化的重要標誌。這一現象說明，漢代巴蜀文化的轉型，不但已經超越了文化認同的階段，還進一步發展到了文化自覺的階段，從意識深處已認為自身是漢文化圈中當然的一員。其政治與文化背景有四：首先是巴蜀在政治上為漢高祖「帝業所興」之地。高祖五年，漢軍中的大批巴蜀士卒罷兵回家，成為巴蜀各地的大姓望族，加深了巴蜀對漢王朝的政治向心力；第二是漢王朝放寬思想禁錮，允許百家存在，武帝時雖獨尊儒術，但百家之術仍在天下郡國有不同程度地發展，巴蜀則突出發展了道家學術和易學；第三是漢王朝吸收天下精英入朝為官，既加強了漢王朝的中央集權，提高了漢王朝認識處理天下郡國各類事物的能力和水平，又加強了中央王朝同全國各地的文化和感情聯繫，巴蜀地區的精英人物如司馬相如、落下閎、王褒、揚雄等均在京師任為朝官，在文化上、思想上、感情上保持並維持著巴蜀與京師的各種聯繫；最後，也是最重要的，漢景、武之間，蜀郡守經文翁在成都興辦學堂，改造了巴蜀的「蠻夷之風」，使巴蜀逐步從對中原的文化認同轉變為文化自覺，最終超越了神聖傳統，在思想上、文化上與中原文化融為一體。
作為獨立王國的先秦巴蜀，與作為大一統帝國郡縣的秦漢巴蜀，在思想上、文化上的調控機制和原動力是不同的。借用梁任公《中國史敘論》關於「中國之中國」和「世界之中國」這一概念，可以說，先秦的巴蜀是巴蜀的巴蜀，而秦漢的巴蜀則是中國的巴蜀。這種歷史性的演變，給以人們的啟示是深刻的。