清代，臺灣是漢族和少數民族高山族等居住地區。高山族，清朝文獻中稱「生番」和「熟番」。「生番」是指居住山區、受漢族文化影響較小的高山族人；「熟番」則是指在清政府直接管轄下、受漢族文化影響較大的高山族人。清政府在臺灣設立行政機構，管理漢族、高山族等各族人民，始於康熙二十三年（1684年）。此前，鄭成功及其後代曾在臺灣設置行政機構，有效地管理臺灣地區。
一、鄭成功及其後代治理臺灣的行政機構
順治元年（1644年）清朝建立後，臺灣尚被荷蘭殖民者強佔。順治十八年（1661年）三月，鄭成功為把臺灣開拓為新的抗清基地，領兵25000名，戰船200餘艘，從金門出發，進逼臺灣，在臺灣各族人民的支持下，打敗了荷蘭侵略軍。康熙元年（1662年）二月，荷蘭殖民者被迫籤訂投降條約，退出臺灣。從此，被荷蘭侵略者佔領長達38年之久的臺灣終於回到了祖國的懷抱。
鄭成功收復臺灣後，既開始設府、縣，建立行政管理機構。他以赤嵌為東都明京，設1府2縣，府為承天府，縣為天興縣、萬年縣；天興縣管轄新港溪以北地區，萬年縣管轄新港溪以南地區；同時改臺灣城為安平鎮。
康熙元年五月，鄭成功病逝，子鄭經繼位，以諮議參軍陳永華處理政務。鄭經時期，臺灣的行政建置日漸完善。康熙三年，鄭經等改東都為東寧，在中央設立吏、戶、禮、兵、刑、工六官。吏官掌各級官吏的選拔、考核和任用，戶官管理賦稅徵收，禮官掌各種禮儀的制定和執行，兵官負責軍隊訓練，刑官掌刑律，工官管理各種工程的營造。六官之下設都事、行人、給事中等辦理具體事務。又升天興縣為天興州，萬年縣為萬年州，州設知州1人，掌一州之政令。還增設北路安撫司、南路安撫司、澎湖安撫司。此外，又把承天府治劃為東安、西定、寧南、鎮北四坊，各坊置籤首理民事。在漢族移民居住地區置「裡」管理，每裡置總理1人。裡中每10戶為1牌，設牌長；每10牌為1甲，設甲長；每10甲為1保，設保長，管理戶籍事務，凡百姓遷徙、職業、婚嫁、生死，均報總理。每年三月，總理再報官。1這實際上就是大陸實行的保甲制度。在高山族人民居住地區設土官管理，稱為「社」。
鄭經時期比較完備的行政管理機構，保證了臺灣地區社會秩序的安定，大陸閩、粵人民紛紛移往臺灣，「輻輳而至，歲率數萬人」，臺灣人口迅速增加，「地無遊民，番地漸拓，田疇日啟」2 ，社會經濟有了一定程度的發展。在漢族人民的影響和幫助下，高山族人民的生產也獲得了較大進步。新港、目加溜灣、南壟、麻豆四社的高山族人民，「勤稼穡，務蓄積，比戶殷富」，「饒裕者，中為室，四旁列種果木，廩囷圈圍，次第井井，環植竹，廣至數十畝」3 ，呈現出興旺的景象。
臺灣道、巡臺御史和臺灣府
康熙二十年（1681年），鄭經病故，子鄭克塽繼位，鄭氏集團內部互相爭權，文武解體，出現危機。清政府決定乘機統一臺灣。康熙二十二年六月，清政府派福建水師提督施琅率精兵20000人，戰船300艘進攻澎湖，鄭軍敗退。七月，鄭克塽遣使到澎湖，向施琅乞降。八月，施琅統軍抵臺灣，鄭克塽率文武官員投降。從此，臺灣和大陸獲得了統一。
清政府統一臺灣後，對臺灣棄留問題有過討論。一些人以臺灣「孤懸海外，易藪賊，欲棄之」4。與此相對，施琅上《恭陳臺灣棄留利害疏》，透徹詳明地闡述了保有臺灣的重要性。他指出：臺灣「乃江浙閩粵四省之左護」，「東南之保障」，如果棄而不守，「乃種禍後來，沿海諸省斷難晏然無虞」。他還指出：臺灣物產豐富，土地肥沃，可減內地防兵分防臺灣，如此可不必增兵加餉。他最後強調：即使臺灣是「不毛荒壤，必藉內地挽運，亦斷斷乎不可棄」5。康熙帝經過群臣討論，最後也認識到臺灣「棄而不守，尤為不可」6 。這樣，在臺灣設立行政管理機構便提到了清政府的議事日程。
康熙二十三年（1684年），清政府設臺廈道，管理臺灣及廈門地區，有道臺1人，按司獄1員，典吏數人。雍正五年（1727年），「加福建興泉道巡海道銜，移駐廈門，改臺廈道為臺灣道，添設臺灣府通判一員駐澎湖，裁澎湖巡檢一員」7。乾隆五十一年（1786年），臺灣道加按察使銜。
康熙六十年（1721年），清政府鎮壓朱一貴起義後，為了加強對臺灣的控制，決定「每年自京派出御史一員，前往臺灣巡查」8 。從此，正式設立巡視臺灣監察御史滿漢各一員，以「表正風俗，稽查彈壓，除剔弊端」9 。乾隆四十六年（1781年），因巡臺御史塞岱、雷倫在巡視臺灣應行查辦各事務中敷衍了事，所奏不實，引起乾隆帝惱怒，認為巡臺御史有名無實，遂決定撤銷。
清政府除了往臺灣派遣御史外，還在臺灣設立府、縣，直接管理。康熙二十三年四月，清政府決定在臺灣設1府3縣，即改承天府為臺灣府，以府治附郭為臺灣縣，天興州改為諸羅縣，萬年州改為鳳山縣。府設知府1員，海防糧捕同知1員，經歷司經歷1員。知府在福建巡撫直接管理下，總領臺灣各府縣，宣布國家政令，治理百姓，審決訟案，稽查奸宄,考核屬吏，徵收賦稅。海防糧捕同知後改名為臺防同知，隸屬於知府，管轄南到新港、北至鹿子港海岸以及三縣沿海地域，具體事務有考察進出口船舶，兼理臺灣、鳳山、諸羅三縣司法事務，發給商船、漁船執照10 。雍正元年，添設淡水同知一員，稽查北路兼督彰化捕務。雍正五年，改設澎湖通判1員，稽查船隻，管理錢穀，遇刑名事件仍歸臺府審結。
對臺灣地區縣及縣以下的行政建置，清政府也非常重視。康熙二十三年四月，以臺灣府治附郭為臺灣縣，縣設知縣、縣丞、典史各1員，新港巡檢司巡檢、澎湖巡檢司巡檢各1員。改天興州為諸羅縣，縣設知縣、典史各1員，佳裡興巡檢司巡檢1員。改萬年州為鳳山縣，縣設知縣、典史各1員，下淡水巡檢1員。
雍正元年，劃虎尾溪以北，增設彰化縣及淡防廳。縣設知縣、典史各1員。雍正九年，設臺灣縣縣丞1員，分駐羅漢內門；鳳山縣縣丞1員，分駐萬丹；諸羅縣縣丞1員，分駐笨港；彰化縣鹿子港巡檢1員，彰化縣貓霧 束巡檢1員，淡水竹塹巡檢1員，淡水八裡岔巡檢1員，均稽查地方，有的兼查本港船隻，或兼司獄務。
在縣以下，設坊、裡、保、莊等基層建置。臺灣縣有4坊10裡1保2莊。鳳山縣有7裡8莊。諸羅縣有4裡7保17莊。彰化縣有10保110莊。淡水廳有2保35莊。在高山族人民居住的地方設社。臺灣縣有3社。鳳山縣有123社。諸羅縣有35社。彰化縣有56社。淡水廳有80社。11
乾隆五十一年（1786年），臺灣林爽文率眾起義，一度攻陷諸羅縣城。乾隆五十二年，清軍收復諸羅縣。乾隆帝以「城內義民幫同官兵奮力守御，保護無虞，該處民人急公向義，眾志成城，應錫嘉名，以旌斯邑」12 ，將諸羅縣改為嘉義縣。
嘉慶十六年（1811年），鑑於「噶瑪蘭田土膏腴，米價較賤，民番流寓日多，若不官為經理，必致滋生事端」13 ，清政府決定設立噶瑪蘭廳，設通判、縣丞各1員。從此，加強了清政府對臺灣東北的行政管理。
此外，清政府還在臺灣設臺灣府學教授、訓導各1員，臺灣縣學教諭、訓導各1員，鳳山縣學教諭、訓導各1員，諸羅縣學教諭、訓導各1員，彰化縣學教諭、訓導各1員14 ，掌學校生徒訓迪等事。
三、建立臺灣省
同治十年（1871年），琉球民船漂泊到臺灣，被臺灣高山族人劫殺。日本侵略者乘機啟釁，圖謀霸佔臺灣。同治十三年，日軍在琅喬登陸，對當地高山族人民瘋狂地燒殺擄掠。面對日本侵略臺灣的形勢，清政府派沈葆楨為「欽差辦理臺灣等處海防兼理各國事務大臣」，帶領輪船兵弁，以巡閱為名，前往臺灣察看。鑑於臺灣「向稱饒沃，久為他族所垂涎」，「關係非輕」，沈葆楨認為必須加強對臺灣的管理，而「欲固地險，在得民心，欲得民心，先修吏治、營政，而整頓吏治、營政之權，操於督撫」15 ，因此，他提出把福建巡撫移駐臺灣。清政府經過考慮，同意了他的建議，決定福建巡撫行署遷到臺北，福建巡撫冬春二季駐臺辦公，夏秋二季駐福州理事。這樣，清政府對臺灣的行政管理較以前更為有效。
光緒元年（1875年），沈葆楨進一步提出，在臺北設立一府三縣，加強對這一地區的行政管理。他從臺灣行政建置的歷史，臺北的開發和經濟的發展，以及提高行政效率，健全科舉制度幾個方面進行了闡述。最後，他強調指出：「就今日之臺北形勢策之，非區三縣而分治之，則無以專其責成，非設知府以統轄之，則無以挈其綱領」[16]。不僅如此，沈葆楨還提出了建立府縣的詳細計劃。這些得到了清政府的批准。因此，光緒元年，臺灣的行政建置發生了較大變化。由於艋舟甲地理位置優越，在雞籠、龜侖兩大山之間，沃壤平原，兩溪環抱，村落衢市，蔚成大觀，西至海口三十裡，直達八裡岔、滬尾兩口，並有觀音山、大屯山以為屏障，且與福州省城五虎門遙對，實為全臺北門之管鑰，清政府決定在這裡創建府治，名為臺北府，添設知府一缺，仍隸臺灣兵備道。附府一縣，南劃中櫪以上至頭重溪為界，北劃遠望坑為界，方圍百裡有餘，名為淡水縣，添設知縣一缺。自頭重溪以南至彰化界之大甲溪止，其間竹塹地方，原設的淡水廳同知即行裁撤，改設新竹縣，添設知縣一缺，從遠望坑迤北而東原噶瑪蘭廳舊治境內，設宜蘭縣，添設知縣一缺。雞籠地區，建縣治其地不足，而通商以後竟成都會，且煤務方興，四方之民雲集，海防既重，訟事尤繁，但該處向未設官，亦非佐雜微員所能鎮壓，若事事受成於艋舟甲，則又官與民交困，於是，清政府決定改噶瑪蘭廳通判為臺北分防通判，移扎雞籠地方。
光緒年間，臺灣建省問題開始在清政府官員中醞釀。光緒二年，刑部左侍郎袁葆恆提出「改福建巡撫為臺灣巡撫，常川駐守，經理全臺」[17]。福建巡撫丁日昌也提出，在臺灣「簡駐重臣，督辦數年，而後建省」。[18]但是，這些提議均被清政府否決。直至中法戰爭以後，清政府才決定在臺灣建省。
光緒九年（1883年），由於法國的侵略導致了中法戰爭的爆發。戰火很快燒到東南沿海，清政府派前直隸提督劉銘傳前往臺灣，督辦防務。光緒十年六月，法軍進犯基隆；八月，法軍攻佔基隆，並炮轟淡水炮臺。九月，法國海軍封鎖臺灣。由於法軍上的優勢，清政府多次援臺行動均未成功。中法戰爭結束後，清政府考慮到海軍力量過於薄弱，臺灣防禦力量嚴重不足，決心加強臺灣海防力量。
光緒十一年（1885年）五月，清政府頒發上諭，就中法戰爭之後籌辦善後事宜，要求大臣「各抒所見，確實籌議，迅速具奏」[19]。七八月間，各大臣紛紛上奏，有關臺灣善後者達十數起之多。欽差大臣左宗棠認為：「今日之事勢，以海防為要圖，而閩省之籌防，以臺灣為重地。」臺灣「孤峙大洋，以七省門戶，關係全局，甚非淺鮮，其中如講求軍備，整頓吏治，培養風氣，疏浚利源，在在均關緊要，非有重臣以專駐之，則辦理必有棘手」。他指出：惟有「將福建巡撫改為臺灣巡撫，所有臺澎一切應辦事宜，概歸該撫經理，庶事有專責，於臺防善後，大有裨益」[20]。貴州按察使司李元度也提出以福建巡撫專駐臺灣，「久任而責成之，闢土地，課農桑，徵賦稅，修武備，則七省之藩籬永固，而臺灣可無害矣」[21]。
同年九月，軍機大臣等綜合各種意見，上《海防善後事宜奏摺》，提出「臺灣為南洋扼要，延袤千餘裡，民物繁富，通商以後，今昔情形，迥然不同，宜有大員駐紮控制，若以福建巡撫改為臺灣巡撫，以專責成，似屬相宜」。對此，光緒帝諭示：「臺灣為南洋門戶，關係緊要，自應因時變通，以資控制。著將福建巡撫改為臺灣巡撫，常川駐紮，福建巡撫事，即著閩浙總督兼管，所有一切改設事宜，該督詳細籌議，奏明辦理」[22]。十月，光緒帝再次諭示：「前有旨將福建巡撫改為臺灣巡撫，一切改設事宜令該督撫詳籌議奏。臺南北地輿袤延甚遠，以形勢而論，臺北各海尤為緊要，原設臺灣道一員遠駐臺南，深慮難以兼顧。且巡撫常川駐紮，一切錢穀、刑名事宜必須分員管理，各專責成。應否於臺灣道之外添設臺北道一員，著楊昌浚、劉銘傳悉心會商，妥議具奏。澎湖由閩赴臺要隘，扼扎勁旅，認真操練，方足以資緩急。該處地方若由臺灣巡撫管轄控制，自更得宜。並著詳細議奏，其餘未盡事宜，該督撫如有所見，務當明晰敷陳，以備採擇」[23]。就在這時，劉銘傳上奏了《臺灣暫難改省折》，提出了臺灣從緩改省的意見。他提出應「漸撫生番，清除內患，擴疆招墾，廣布耕民」，在「土地既廣，財賦自充」的基礎上，使臺灣自成一省[24]。劉銘傳的這一建議建立在對臺灣情況調查研究的基礎上，並非不符合實際情況。但是，清政府操之過急，否決了他的建議。十二月，光緒帝再次諭示，臺灣建省事宜，著楊昌浚、劉銘傳詳細會商，奏明辦理，並且指出：「臺灣雖設行省，必須與福建聯成一氣，如甘肅、新疆之制」[25]。
光緒十二年（1886年）三月，清政府再次諭示：「閩臺防務關係緊要，該督等商辦一切，務當和衷共濟，不分畛域，力顧大局。上年諭令該督等會議臺灣改設各事宜，並著一併妥速議奏，毋稍遲延」[26]。此後，劉銘傳、楊昌浚兩度會商臺灣建省事宜，取得了一致意見。六月，劉銘傳上奏《遵議臺灣建省事宜折》，對臺灣建省規劃提出了較為完整的方案，經過清政府批准後，便成了臺灣建省的主要依據。
光緒十三年（1887年），臺灣巡撫衙門在臺北設立。九月，臺灣布政使上任。十月，旗後、滬尾兩海關正式由臺灣接管，奉調、委署、代理臺灣各官吏的人事權也在此前後移交臺灣巡撫辦理。光緒十四年（1888年）正月，劉銘傳接受了「福建臺灣巡撫關防」[27]。錢糧兵餉也從這一年起開始由臺灣藩司自行徵收支給，臺灣省的人權、財權陸續確立。這一切表明，從光緒十一年開始醞釀臺灣建省，經過近四年時間，到光緒十四年止，臺灣建省工作終於完成。
臺灣建省後，巡撫稱福建臺灣巡撫。司道以下各官，考核大計，閩省由總督主政，臺灣由巡撫主政，照舊會銜。巡撫一切賞罰權，由巡撫自主。原臺灣鎮總兵銷去「掛印」字樣，與新調澎湖鎮總兵一起，統歸巡撫節制。舊有一標左右兩營，移歸臺灣。添設藩司1員，綜核錢糧兵馬，整頓廳縣各官。設布庫大使1員，兼經歷事。巡撫衙門內，設經制書吏6人，其下有清書、幫書若干名，辦理具體事務。旗後、滬尾兩海關，改歸臺灣巡撫監督。
臺灣建省後，郡縣建置也作了相應的調整。山前方面，彰化橋孜圖地方，是全臺適中之地，且山環水復，中開平原，氣象宏開，便作為省城所在地。彰化東北境，設首府曰臺灣府，附郭首縣曰臺灣縣。原臺灣府改為臺南府。在安平縣、嘉義縣以東，彰化縣以南，自濁水溪開始到矽溪為止，添設雲林縣。新竹，苗慄一帶扼內山之衝，東連大湖，沿山多新墾荒地，故而在新竹西南境，添設苗慄縣。這樣，苗慄縣、彰化縣、臺灣縣、雲林縣，以及埔裏社通判，總計四縣一廳，隸屬臺灣府，裁撤鹿港同知。因基隆為臺北第一門戶，通商建埠，交涉紛繁，又開採煤礦，修建鐵路，商民匯集，更需撫綏，故設立基隆廳，管轄由淡水東北撥來的四保地方，把原設通判改為撫民理事同知，以重事權。山後方面，北以蘇澳為總隘，南以埤南為要區，控扼中權，厥惟水尾，實為臺東之鎖鑰，故添設直隸州知州1員，名為臺東直隸州。埤南廳舊治，改設直隸州同知1員；水尾以北花蓮港地方，改設直隸州通判1員，常川駐紮，稽查商船，彈壓民番，均隸臺東直隸州。[28]
到光緒二十一年（1895年）前，臺灣省府縣設置情況是：臺灣府，轄臺灣縣、彰化縣、雲林縣、苗慄縣，埔裏社廳；臺北府，轄淡水縣、新竹縣、宜蘭縣、基隆廳、南雅廳；臺南廳，轄安平縣、鳳山縣、嘉義縣、恆春縣，澎湖廳；臺東直隸州，知州屬官為埤南州同知，花蓮港州判。
臺灣建省是在清政府直接管轄下進行的，它反映了臺灣與大陸政治上的密切關係。臺灣建省後，行政建置更加完備，有效管轄的範圍也更加擴大，原本有益於臺灣各族人民、尤其是高山族人民的經濟發展。但是，由於清政府臺灣建省的目的主要是加強防務，而建省以後，清政府對臺灣的態度逐漸轉為冷淡，進而變成消極，更由於其腐朽本質決定，寧可動用海軍巨款修頤和園也不再給臺灣以支持，終於導致臺灣建省有名無實[29]。光緒二十一年，中日甲午戰爭之後，臺灣終於被迫割讓給日本。
清代臺灣行政建置和臺灣開發
清政府在臺灣設立行政管理機構，對臺灣的開發和建設有重要意義。由於臺灣與大陸統一，行政建置一致，大陸東南沿海的人民不斷移居臺灣，臺灣人口迅速增長。移居臺灣的漢族人民，帶去了先進的生產技術。在漢族人民的幫助和影響下，高山族人民居住地區傳播漢族先進的生產工具和技藝，使他們的農業、手工業、狩獵等生產活動都得到了發展，衣食住行等物質生活也得到了改善。原先，高山族耕種僅用小鋤和短刀，「鋤闊三寸，柄長一尺」，「刀長止尺許，或齊頭，或尖葉」[30]，掘土伏地而鋤，相當落後。狩獵在生活中佔著主要地位。手工業產品只有竹器、木器和藤器。後來，開始使用鐵製農具，用鋤耕地。家庭畜養業逐漸發展，養牛日益普遍。日用手工業產品中鐵製器具越來越多，鐵鍋普遍使用。在衣飾上，布匹逐漸代替了鹿皮和粗厚的麻布。在飲食上，稻米、黍麥慢慢取代了芋薯和野獸肉。在居住上，高敞的草房日益增多。此外，清政府在臺灣創立府州縣學，在民間辦有社學，高山族人民的文化教育日益發展。許多高山族兒童能夠熟讀漢文古籍和書寫漢字，「東螺、貓兒幹間，有讀書識字之番，有能背誦毛詩者，口齒頗真，往素牌票，亦能句讀」[31]。這些，逐漸改變了高山族人民文化低落的現象。
注釋：