清入關後統一中原後，在行政體制上基本沿襲了明代，實行行省制。同時，清政府為了更好地管理邊疆少數民族，在雲貴等地推行土司制，在蒙古地區實行盟旗、扎薩克制，自乾隆二十三年（1758）年統一新疆後，在新疆地區又形成了一套特有的行政管理體制——軍府制度。
一、軍府制度的建立
為了維護國家的安定統一，在掃清內部矛盾後，自康熙中葉開始大力經營西北。康熙二十九年（1690），清廷拉開了同準噶爾部統一戰爭的序幕。此後，歷經三朝，耗時六十餘年，終於在乾隆二十三年（1758）取得了決定性勝利。次年，清軍乘勝進軍南疆，平定了大小和卓之亂，安定西陲的大業宣告完成。
新疆的重新統一，對清代西北邊疆乃至中國疆域的歷史進程產生了深遠的影響，這是清代統一多民族國家發展史上的重要成就之一，不但結束了新疆地區自元末以來綿延數百年的割據狀態，也使得新疆這一廣袤地區成為中央政府的管轄之下。
統一新疆後，乾隆皇帝對善後經營表現出了極大的關注。他一再要求有關官員要站在「西北塞防乃國家根本」的高度，立足久遠，妥善策劃，即所謂「伊犁既歸版章，久安善後之圖要焉，已定者詎豈宜復失。」
乾隆帝經過慎重的考慮，經過反覆的商討，最終確定了治理新疆的大政方針：政治上設官分職；軍事上駐紮大軍；經濟上屯墾開發、以邊養邊。而上述方針在政治上、軍事上的具體實施，即建立軍府制度。
乾隆二十七年（1762）十月，清政府正式宣布在新疆設立總統伊犁等處將軍，簡稱「伊犁將軍」，為新疆最高軍事、行政長官，駐節伊犁惠遠城，代表清政府總攬南北疆各項軍政事務。
作為軍政合一的全疆行政管理體制，軍府制度的職能包括軍務與民政兩大方面。從施政內容來看，涉及政治、軍事、經濟、財政、人事、司法、外交各個方面；從施政方式來看，軍事事務多有各級軍政大臣直接掌管，民政事務則在軍政大臣主持或監督下，交由各地民政官員具體辦理。
軍府制度從主要職能上具體可分為七個方面：
1、統率駐軍、保持武備；
2、考察官吏，定其升遷；
3、屯田置牧、組織生產；
4、核徵賦稅、奏調經費；
5、管理臺卡、巡邊守土；
6、辦理王公入覲事務及藩屬事務；
7、處理對外事務。
二、軍府制度的組織管理系統
乾隆二十七年十月，明瑞被授予首任伊犁將軍。伊犁將軍之下，設參贊大臣、領隊大臣、都統等職，分駐天山南北各地，管理本地軍政事務。根據形勢和治理需要，各級軍政長官的分設在不同時期又有不同的變化。到了乾隆末年，新疆軍政大臣建制基本定型。新疆各級軍政大臣的建置大體上遵循以下原則：
其一、官員北重南輕，軍政重心在北疆；
其二、將全疆分為三大地理單元，北路伊塔地區歸伊犁將軍直轄，南路八城和東路烏魯木齊地區分別由喀什噶爾參贊大臣和烏魯木齊都統分別綜理，聽伊犁將軍節制；
其三、視地方之衝要繁難程度，分別派駐不同級別的軍政官員，戰略要區委以都統、參贊大臣，其餘各城，大者派駐辦事大臣，以協辦大臣輔佐，小者派駐領隊大臣。
清廷對新疆的地方、民族特點，實行因俗施治，因地制宜，分別建立起三種不同的民政管理系統，即：
1、州縣制度，主要施行於北疆各地及東疆內地移居人口較多地區；
2、伯克制度，「伯克」本意為首領。伯克制為新疆固有的政治制度，清政府統一天山南北後，對南疆各城和北疆伊犁維吾爾聚居區因俗而治，在沿用其制的同時加以改造，使伯克制度成為清廷在當時的一種地方官制；
3、扎薩克制，施行於新疆的衛拉特蒙古諸部落，是清廷在漠南、漠北蒙古各部廣泛實行的一種行政管理體制。蒙古部眾編旗設佐，每旗設扎薩克一人總管，一旗或數旗合為一盟，設立盟長。扎薩克可以世襲，對所轄本部事務有充分的自主權，但必須經清廷任命，並服從理藩院的各項政令。
在軍事駐防方面，清廷從鎮邊守土的目的出發，從全國各地抽調滿洲、蒙古八旗及綠營進疆駐守。駐軍配置於天山南北，由各處軍政大臣統率而總轄於伊犁將軍，形成廣大有序的全疆軍事駐防系統。
三、軍府制度的功績與局限
清廷採用軍府制度管理新疆，這在歷史上也並非是首創。漢代的西域都護府，唐代的安西、北庭都護府都屬於這一類型。清廷在新疆建立的軍府制度，結合當時的實際條件，吸取並發展前代的有效經驗，取得了很大的成功。
首先，清代新疆軍府制度在組織結構上以伊犁將軍和各級軍政大臣直接統轄全疆民政、軍事管理系統，一改以往地方行政建制中的相互掣肘，在更高程度上達到了政令的統一，有利於中央政府對這一地區的統籌管理。
其次，在管理職能上，軍府制度比前代都護府承擔了更為廣泛全面的行政職責，大大提高了地方民政事務在職能中所佔的比重，將經營治理的注意力從軍事方面更多地轉向政治治理和經濟開發。
再次，設置大員與派駐大軍相結合，提高了地方捍衛國家領土、防範外敵侵擾、穩定鞏固統一局面的能力。這對於地處邊疆、多民族聚居又值統一之初、百廢待興的新疆，是至關重要的。
但是，這種軍政合一的管理方式畢竟不是完全意義上的地方行政管理制度，與行省州縣體制相比，尚處在較低的層次，其歷史局限性也較為突出。
其一，管理體制層次重疊和事權多樣化。清廷一方面規定，伊犁將軍為全疆最高軍政長官，總攬各項事務，同時又命陝甘總督節制烏魯木齊以東地區，分其權責，相互牽制。
軍府體制內部隸屬關係也十分複雜，喀什噶爾參贊大臣於烏魯木齊都統都受伊犁將軍節制，分理南路、東路，主政行事有很大的獨立性；各城大臣統理地方而不直接理民，民政事務交州縣、伯克、扎薩克三種民政系統分別辦理，但奏請上報之權握於大臣之手；將軍、都統與參贊大臣、辦事大臣品秩不相上下。凡此種種，造成管理上頭緒紛繁，職權分工不清，遇事推諉，彼此掣肘。
其二、官員結構偏重武職，職掌重心偏於軍事，治民之官少。將軍、都統、參贊大臣、辦事大臣等重要官員都是以武職管轄地方、過問民事。這些大員大多來自軍旅，很難適應地方施政和開發建設的需要。嘉、道以後，承平日久，選官多用宗室、侍衛及滿員，素質日趨低下，地方政事日益敗壞。
其三、地方民政因俗施治，導致各地治理程度參差不齊。南疆各地沿用伯克制，雖然廢除了世襲規定，但因駐紮大臣不直接理民，王公伯克實際上擁有很大的統治權力，他們借官府之勢，巧取豪奪，破壞了南疆的社會生產力，激化了清政府與維吾爾人之間的矛盾。道光、鹹豐以降，伯克制度已成為南疆社會發展的主要障礙。
清廷治理新疆前期推行的軍府制度，保證了乾隆中葉以後新疆地區長達百年的安定。但隨著清王朝國力的下降、外患內亂迭起，軍府制度自身弱點明顯。在經過半個多世紀的討論與政治、軍事實踐，終於在光緒十年（1884）廢除軍府制度，走出了建立行省的決定性一步。