明治元年（1868年）的戊辰戰爭和明治二年的箱館戰爭，肅清了作為維新對立面的德川幕府的軍事力量，宣告其徹底退出歷史舞臺，同時也實施以「王政復古」為具體形式的「御一新」保證了最基本的政治基礎。
儘管成立了以天皇為最高權力中心的政府，但是日本尚未完成中央集權體制的建立，從舊時代延續下來的274個藩國仍然保持著獨立的藩國軍隊和各式各樣的武士團，不僅如此，藩國勢力在領地內，財政和外交擁有絕對的統治權。明治政府不過是宮廷與各藩聯盟的「朝藩體制」的政府而已，其對國內的實際控制力十分虛弱。對於明治政府來說，作為地方實力派的各藩「以小權侵犯朝廷大權，紊亂政體。「是潛在的危險力量，不妥善處理，「則朝廷之大難，皇國之危急，必忽焉而至。」當時，維新的潛在危機集中表現在以下幾個方面：
明治政府本身並無直轄武裝，所依靠的是九州薩摩島津氏，長州毛利氏為首的倒幕各藩藩兵。也就是說，維繫政府存在的基礎是朝廷與諸藩尤其是薩長等西南強藩的聯合，而薩長的武力又是一切事務的基礎。然而，誰都不能保證這種政治聯盟會長久維持，一旦薩長與朝廷利益不合，撤除武力支援，則政府將無兵力可以調動，勢必導致其垮臺。伊藤博文在明治元年年底上書警告：「兵力皆出於諸侯，朝廷無一名親兵，何以威震諸侯，何以對付海外各國？」他要求「必須把北伐之兵改為朝廷之常備軍」，使政府擁有中央直屬軍隊。在財政上，明治政府僅能徵收，調配全國資源的百分之30到40，但卻要承擔作為中央政府的全部額外支出，因而支付能力實在有限。當時，明治政府能夠直接統治，加以賦稅的地區，僅有皇族領地，新近剝奪來的德川幕府直轄地和在維新中站在幕府一方的各藩，且多數位於關東和貧困的東北地區。此外的財源還有關稅，但也不足以填補所需，無奈之下，政府只能向大商人尋求捐款和臨時稅，甚至進而降低金銀幣的成色，濫發紙幣，從國民身上剝削獲利。這些措施雖然可以短期內緩和政府的支出費用，但無異於飲鴆止渴，不能長久。而且，日本當時仍在歐美列強的幹涉下以及不平等條約的壓迫。明治政府繼承了幕府的對外債務和各項賠款，無疑進一步加重了財政負擔。維新之後諸藩並未出現應有的新氣象，大多因循守舊，整體的政治氣氛仍然停留在幕府時代，只不過效忠的對象由幕府換作天皇政府而已。而且各藩以維新功臣自居，在新政府中爭權奪利，目無法紀。木戶孝允概括時局為「不知何為大政一新，唯以打倒德川為一大快事，」「得一寸之功，增一尺之傲，諸侯大抵如此，天下但以求榮為務，殊不知全國之危急，」「即便是勤王諸藩，真正體察皇國前途並能為之分憂者實在不多」。這對新生的明治政府構成嚴重威脅。木戶警告：「若大政一新未見其實，皇國不能維持，大政一新與幕府相比，亦五十步與百步耳。」
政府中以木戶孝允為首的開明派認識到：欲在內消除割據分裂的隱患，對外擺脫列強控制，就必須構建與幕府時代截然不同的能「與萬國相對峙」的新日本。對於這個新的日本政治框架，伊藤博文明確指出：「欲與五洲各國並立，就不能以世祿之制建立國政，此乃人人皆知者。」也就是說，必須建立絕對主義的中央集權制度，「一切政令法度皆出自朝廷，」而其關鍵在於廢藩，清除構成「小權」的基本。在具體實施上，採取了先改革藩政，再「奉還版籍」（即各藩將土地和人民獻給朝廷，不再為自己所私有），最終廢除各藩的漸進政策。
1868年12月11日，朝廷下達了「藩治職制」令。此後，木戶孝允又與大久保利通一起推進「奉還版籍」。木戶來自長州藩，而大久保來自薩摩藩，都是在政府中掌握大權者。他們兩人的合謀也就說明了作為維新主力的薩摩和長州意見一致。之後，兩人又去說服土佐藩和肥前藩，這兩藩是當時地位實力僅次於長州和薩摩的強藩。在他們的協調下，1869年3月2日，薩長土肥四藩藩主向朝廷提交了「奉還版籍」的建議書：「今謹收版籍而奉之於上，願朝廷善為處理，當予者予之，當奪者奪之，凡列藩之封地更宜下詔命而重定之」，「自製度，典刑，軍旅之政以至戎服，器械之制，悉應出自朝廷，天下之事無論大小，應皆歸於朝廷，如是名實相符，始可與海外各國並立。」
這個建議書並未立刻被採用，而是提交公議，宣布將在天皇前往東京後召開會議而定。而所謂的「提交公議」，只是藉口而已。政府內部以木戶孝允，大久保利通為首，已經下定決心，「周密準備，決心確立基礎，誓達目的，不因一二輿論而發生動搖。」他們準備以薩長土肥的實力壓制所謂「公議」，不達目的不罷休，並且做好了在形勢不利的情況下發動武力的準備。
1869年5月23日，朝廷命令薩長土肥四藩派兵前往東京。6月30日，在東京召開上局會議，召集了各藩藩主。會議開始前，就內定奉還版籍為不可置疑的既定方針，並以巖倉具視的意見為奉還版籍的基本原則：「目前仍使其守護原有領地，寓郡縣之意於封建形式中，」將原藩主任命為「藩知事」，明確「土地，人民非其之私有。」會議議程的第二項即是在奉還版籍後，「擬改任藩知事」，要求各人「陳述所見，直言不諱。」
雖然這個「直言不諱」不過是表面而已，但就此問題依然爆發了激烈爭論。《明治天皇紀》記載：
當此之時，參與東久世通禧，參與大久保一藏（大久保利通），參與木戶準一郎（木戶孝允），意見不一，或主緩，或主急，廟議未決。一藏，準一郎頻頻勸說具視，促其奮起，痛切要求以一大英斷處理此事。於是，具視決意促實美（三條實美），通禧果斷行之。
大久保利通在7月12日給同藩的桂右衛門的信中透露，公議中有更為激進的意見，要求一舉實現「廢藩置縣」：「藩政先暫交該藩。關於此事，眾議紛紜，乘機而出。然如斷然實行郡縣，徒改其名，毫無寸益。此類空論頻頻發生。」不過，當時政府仍覺得不可過於操切，因而對這類意見置之不理，「已大致內定休會。」
7月21日，薩長土肥的部隊在東京進行炮擊訓練，展示了朝廷軍事力量的存在。4天後，朝廷「接受」奉還版籍的建議，並對尚未上表奉還的30多個藩國（薩長土肥四藩上交建議書後，大多數藩都陸續上表，擁護奉還版籍）下達了奉還版籍的強制性命令。8月2日任命各藩主為該藩知事，土地，人民收回朝廷。在這之後，藩雖然存在，但藩主變成了朝廷任命的藩知事，作為分國制度的藩已經不存在了。朝廷對藩的關係已經過渡為中央政府對地方政府的關係。把天皇作為名義上的「主上」，由宮廷勢力與「列藩同盟」形成的王政復古的朝藩體制國家，已經向天皇為主權者的中央集權國家轉化。
奉還版籍給明治政府帶來了中央集權的初步勝利，但政府首腦們並沒有沉醉在現有成果中，而是認識到奉還版籍的不徹底和局限，準備充分利用奉還版籍帶來的成效，進一步推進中央集權化進程，徹底廢除藩國。明治政府首先著力於建設廢藩的武力後盾——御親兵。
在東京的上局會議後，從7月29日開始，緊接著召開了兵制會議。兵部大輔大村益次郎主張招募農兵為親兵，建立國家常備軍。經過數天的激烈爭論，大村的方案擱淺，獲得通過的是大久保利通的方案——由薩長土（後增加肥前藩）向朝廷貢獻兵力，作為御親兵。為了建立御親兵，政府不斷催促長州藩知事之父毛利敬親，薩摩藩知事之父島津久光和實際主持薩摩藩政的西鄉隆盛三人前往東京，目的在於使三人表現出參與，支持政府的態度，依靠他們的聲望來壓制反對派意見。經大久保，木戶，山縣有朋等人反覆勸說，最終說服了西鄉隆盛前來東京組織御親兵。不過對於維新後一直和政府保持距離的西鄉隆盛，政府方面極其不放心。山縣有朋特別向西鄉隆盛強調：「既稱御親兵，則不能如以往聽任藩主來左右進退。一旦成為親兵，即不再是藩主之家臣。萬一薩摩藩主閣下或長州藩主閣下和土佐藩主有謀反之類情節，亦必須秉大義，不辭挽弓而對之。」西鄉很快答應了。1871年4月10日，朝廷宣布正式由三藩獻兵，組建了御親兵。
擁有了武力後盾，政府認為萬事俱備，決定斷然實行廢藩。大久保，木戶，山縣等首先去說服西鄉。西鄉表示同意。木戶在8月22日的日記中'喜不自禁：「西鄉斷然同意。聞此問答，大為國家慶，且前途之進步於此又進一層，殊堪快慰。」之後，西鄉隆盛，其弟弟西鄉從道，大久保利通，木戶孝允，井上馨，大山巖，山縣有朋等薩長要人在木戶家中宴席，席間秘密商議廢藩和改革政府之事。當天的會議持續到夜裡12時，確定了未來政府的組織和廢藩大計，決心若有藩不服從，即派御親兵徵討。3天後，他們分別向三條實美和巖倉具視提出實行廢藩，獲得了政府內宮廷勢力的支持。2天後早朝，在東京的各藩知事應召上朝，在早朝上宣讀了廢藩詔敕。雖然事前有不穩定情況，但終究無藩反對。廢藩順利達成，日本全國改設3府302縣。之後，明治政府忙於制訂府縣官制度任命縣知事，後又改稱「縣令」，合併各縣。到11月份，全國合併為3府72縣。
在山縣有朋手下工作的陸軍少將鳥尾小彌太曾回憶這前後的局勢變化，史料記載：
諸侯懷疑朝政，各自增強兵力，已然呈現割據之勢，其狀至廢藩置縣之歲已達其極。各藩視政府如一賈市，皆信其終不能確立統一規模製裁天下。彼等竊以為，三藩鼎立，遲早勢必瓦解，天下必生大亂，今日形勢唯翹首以待此時機之到來。加之，世間破產流浪之輩，日漸嘯聚部下，出沒謀反，其勢危如累卵，天下難期一日之安。當此之時，突頒廢藩令，全出他人意外，恰如陰霾密布將雨之前，驟然雷霆下擊，人人相顧無言，面面相覷，共同遵令而行。
儘管事後的人事變動有明顯藩閥色彩，但是它廢除了封建割據的政治和經濟基礎，使日本真正從中世紀的封建制度走向了近代的絕對主義國家，日本的近代化進程才有了政治上的保障'意義極為重大。正如木戶孝允所說：「至此，七百年來之舊弊政漸改其形，始可謂稍許確立與世界萬國對峙之基礎。」構建起能「與世界萬國對峙」的近代化絕對主義國家，一方面使日本具備了從列強壓迫下獲得獨立的可能，另一方面也為日本的對外擴張侵略奠定了政治經濟基礎。
奉還版籍——設計御親兵——廢藩置縣，明治政府以漸進的步伐克服了行政權，財政權和軍權的不統一，逐漸擺脫了困難局面。
縱觀從1868年以後的日本歷史，這是日本近現代史的關鍵時期，明治維新以剛柔並濟的方式改變了日本的面貌，從此之後，東亞版圖上雄起了一個全新的，現代化的日本，從內政到民生，從軍事改革到外交決策，明治維新帶來的巨大變化讓人瞠目結舌。很快，這股東亞新生力量將開始展現出它罪惡的一面，而日本，也將在歷史上成為亞洲唯一一個與西方列強並起的「帝國」。
文|南書房|外國史篇
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