這是柯南劇場版評分最高的一集，14萬觀眾打出了9.0，有人說它是16年前的《頭號玩家》，也有人說一部動漫敢於直面社會現實問題值得點讚，它就是《貝克街的亡靈》，故事要從兩年前開始說起，有個10歲的天才少年澤田弘樹，研發出了一個強人工智慧名叫諾亞方舟，一天晚上他把方舟釋放到了外網隨後墜樓身亡，而獲得了自由的諾亞方舟也從此人間蒸發。兩年之後米花市政大廳這裡正在舉行一場盛大的遊戲發布會，一款沉浸式虛擬實境遊戲，剛剛問世名叫「繭」，發布會吸引了眾多社會名流，而有幸能最先體驗到遊戲的50個玩家，也都是他們的後代，像少年偵探團這樣的普通孩子自然是沒份的，新一的老爸工藤優作由於參與的遊戲劇情編寫也來到了現場，上面的酒會正熱鬧著，地下室卻發生了一樁命案。
死者正是遊戲的設計師堅村，他是被捅死的但現場沒有發現兇器，警方秘密包圍了會場發現他死前在鍵盤的JTR三個字母上留下了血跡，遊戲的場景之一就是19世紀的倫敦，柯南一下就猜到了，JTR是開膛手傑克的縮寫，他是19世紀末在倫敦真實存在過的殺人狂，至今是個未解之謎。這條死亡訊息暗示線索就在遊戲當中，於是柯南決定加入遊戲，可是50名體驗者剛剛進入繭，系統就顯示發生異常，一個少年的聲音在會場上響起我就是諾亞方舟，這個遊戲已經被我佔據了，在遊戲的登錄界面五個通道依次打開，諾亞方舟接著說我已經重新設置了遊戲規則，仔細聽好了在遊戲中被淘汰的話，你們的本體將暫時進入休眠，如果到最後你們50個人都團滅了，我就會放出電磁波摧毀你們的大腦，不過只要你們中間有一個人能成功通關，這場遊戲就算你們贏，所有的玩家也都能全部甦醒。
現場恐慌了，人們紛紛質問你為什麼要這樣做，諾亞方舟回答這個國家已經固化了，醫生的兒子成為醫生，銀行家的孩子成為銀行家一切都不會再變化，只有把這種聯繫一次性地清除掉社會才有未來。工藤優作告訴警方諾亞方舟的開發者弘樹，就是死者堅村的兒子，弘樹生前不被日本主流教育觀接受，而被送到美國之後大公司名義上保護他，實際上卻強迫他不停工作，少年最後不堪重負解放了諾亞方舟自己卻選擇了死亡，而這個大公司的董事長正是遊戲繭的共同開發商，繭裡面存放著大量能量想去阻止的父母都被電擊倒，一場用50個孩子的生命為賭注的遊戲開始了。
這裡果然是19世紀的倫敦，柯南他們一進去就看到了開膛手傑克的案發現場，一個手風琴流浪漢一邊走一邊唱著，想要躲過傑克就要渾身浴血，遊戲主線倒是挺清晰的，就是要抓到傑克，好消息是在每個任務裡都有一個助攻玩家的NPC，19世紀的倫敦當然是福爾摩。不過壞消息是一個同行的公子哥發現大本鐘很詭異，分針是從50倒著走的，原來這代表還剩下的玩家人數，每出局一個就減少一分，隨著繭一個接一個的掉落下去，現場大人的情緒已經接近崩潰了。眾人好不容易來到了貝克街221號，可是關鍵NPC福爾摩斯竟然不在家中，那下一步劇情怎麼觸發？遊戲外工藤優作也很驚訝，這個遊戲劇本就是他寫的，原本設計是讓福爾摩斯帶飛玩家揭開傑克的真實身份，現在主輸出位給AI改沒了還怎麼打？諾亞方舟說我幫你們重新設計了一個更燃的結局。
在福爾摩斯的公寓柯南找到了傑克的資料，他發現這個傑克謀殺的女性都是同一類型的，其中第2個死者有一對大小不同的戒指，可以肯定傑克一定與福爾摩斯的死對頭有關，那就是倫敦黑道的大boss莫裡亞提教授。一行人來到了教授常出沒的俱樂部，看到一幫人正在玩牌，公子哥都感嘆這大叔厲害把把都贏了，柯南小聲告訴他，他是用猴子作弊的，沒想到一不留神公子哥跳出來逞強，掏出一把偷來的手槍，然後說快告訴我莫裡亞提在哪裡，幾個小孩子那是黑社會的對手，一個同伴為救柯南犧牲了，少年偵探團也相繼黑屏。眼看要全軍覆沒，柯南突然反應過來，那瓶紅酒那個位置不是給老大留的嗎？他以酒要挾劍拔弩張時，一個待者走進來，說教授請你們外面說話，教授表示很佩服你們的膽識，沒錯傑克確實是我撿到的，不過他現在已經完全失控了，我倒是可以下達一個殺人的命令，讓你們能找到他我也只能幫到這兒了。
第2天的報紙上登出了教授給傑克的暗號，今晚去清掃歌劇院的舞臺，意思是要他去殺掉歌唱家艾琳，據說那是福爾摩斯唯一在乎的女人，到了傍晚時針指在0點6分還剩6個玩家，歌劇院裡炸彈爆炸這一次出局的是小哀，救下艾琳追到車站趕上最後一班列車，這時整個遊戲的倖存者，只有小蘭、柯南、公子哥了。不過柯南已經猜到了兇手是誰，他對乘客說請你們把手舉起來，第2個謀殺現場留下了一對大小不同的戒指這是親子戒。受害者那天去白教堂，也是去參加一個親子物品的義賣會，其實她的真實身份就是傑克的母親，傑克對他愛恨交織，所以他攻擊的人都與自己的母親相似，而長期帶著這麼小的戒指，兇手一定有一根手指很細，這位女士兇手就是你。
傑克撕下偽裝拋出一枚煙霧彈，所有乘客都消失了連司機也不見了畫面切回現實，工藤優作也找到了兇手，這裡有嚴格的安檢，所以兇器從一開始就被藏在會場裡面，雕像手裡不是拿著短刀嘛，最明顯的地方就是最安全的地方，你說對嗎董事長先生，至於你為什麼要殺他，因為他從弘樹那裡知道了足以摧毀你的秘密。此時在遊戲裡火車頂部，傑克用繩索把自己和小蘭連到了一起，他喊道我要活下去，我要把我的基因保存下去，原來董事長就是傑克的後人，弘樹無意間猜到又用基因系統證實了，IT界的巨頭大佬竟是百年前連環殺人魔的子孫，火車馬上就要到站了剎車已被破壞，遊戲時間還剩下10分鐘，50個孩子命懸一線，小蘭突然想起了新一還有福爾摩斯的名言，隨後就從火車上跳了下去。
柯南一時崩潰準備認輸，突然那個手風琴流浪漢再次出現，你們不是還沒有渾身浴血嗎？柯南恍然大悟車廂裡裝滿了紅酒，兩人將酒桶全部砸碎，火車衝進車站酒大大減緩了撞擊，一陣暈厥後他們在登錄界面醒了過來，公子哥不敢相信自己居然躺贏了。柯南笑笑說我應該叫你弘樹，公子哥一愣變回了那個死去的天才少年，原來從一開始就是他借了公子哥的身份，他並不像自己所說的那麼冷酷，他希望孩子們贏，所以才在結尾變出了那個最強助攻，這個不被接受的孤單少年，終於在遊戲裡贏得了一份友誼。