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輪迴轉世——活佛產生的思想前提
佛教認為，人的形體隨時可能消亡，但靈魂永存，並在六道中不斷輪迴轉世，活佛的轉世是以此思想為前提的，但與普通人的輪迴有著本質區別，活佛是超越了輪迴，自願下凡救渡眾生的菩薩。
佛教三身說活佛轉世的理論依據
佛有三身：法身、報身、化身（應身）
法身：代表著佛法絕對真理，也指存在於每個人心中的佛性，法身不現。
報身：經過艱苦修行，證得真理而成佛，他是佛的一種客觀存在相，行態圓滿福態，極為高大，常為諸菩薩說法，報身時隱時現。
化身：是佛的變化身，佛為了教化眾生，可現為六道眾生，以各種生命形式顯現，活佛就是佛以人體的形式顯現來教化眾生。
菩薩觀活佛轉世的永恆主題
大慈大悲是大乘佛教的核心思想，其具體體現者和實踐者則是大乘菩薩，尤以觀世音菩薩為代表。菩薩本有能力、資格成為佛，但由於對眾生的悲憫，在佛前發宏誓，救渡所有眾生，眾生未得解脫，自己永不成佛，所以藏傳佛教中，活佛不斷地在人間轉世。獨特的轉世瑜珈活佛轉世前的必修之法西藏密宗神密玄奧，在藏密眾多的修持中，有一種修持叫轉世瑜珈。密宗認為，人皆有死，但普通人卻不知何日死，為何而死，死後去哪。修煉轉世秘咒，卻可以自由掌握命運，大道自然，任其縱橫，修成轉世密咒，生可以將靈魂遷入死物之軀，使之復活，亡時可將靈魂注入婦女之身，以新的生命形式出現，更可成佛永離輪迴。
活佛轉世制度
關於活佛的轉世制度，發端於十二世紀初。公元1193年，藏傳佛教噶瑪噶舉派的創始人都松欽巴（意指聖識三時，三時即過去、現在和將來）大師，臨終時口囑他將轉世，後人遵循大師遺言尋找並認定轉世靈童，從而開了藏傳佛教活佛轉世之先河，並相續被藏傳佛教各宗派所普遍採納，在長期的發展過程中，逐步形成了對於活佛轉世靈童的尋找、認定、教育等一整套嚴格而系統的制度。
在藏傳佛教各宗派中分別產生了不同的各類活佛系統，而且每個活佛系統的稱謂各有自己特殊的因緣和象徵意義。這裡就其中具有代表性的幾個活佛系統的稱謂作簡要剖析。
達賴喇嘛、班禪額爾德尼等格魯派活佛系統的稱謂，是歷代中央王朝授封的。例如，公元1578年，第三世達賴索南嘉措在青海湖畔的印華寺與蒙古土默特部俺答汗會面，互贈尊號。俺答汗贈索南嘉措以「聖識一切瓦齊爾達喇達賴喇嘛」。其中「瓦齊爾達喇」是梵文Vajra－dhra的音譯，意為執金剛；「達賴」是蒙文音譯，意為「大海」；喇嘛是藏文音譯，意為「上師」。這就是達賴喇嘛活佛系統稱謂的最初由來。公元1653年，清朝順治帝又授封第五世達賴喇嘛為「西天大善自在佛所領天下釋教普通瓦赤喇怛喇達賴喇嘛」。從此達賴喇嘛這一活佛系統的稱謂才被確定下來，成為藏傳佛教格魯派二大活佛系統之一的尊號。
班禪額爾德尼（Pan－chen－Aer－Te－ni），是藏傳佛教格魯派二大活佛系統之一，被認為是無量光佛的化身。公元1645年，蒙古和碩特部固始汗向第四世班禪·羅桑確吉堅贊贈以「班禪博克多」尊號。尊號中的「班」字是梵文「班知達」的縮寫，意為通曉「五明學」的學者；「禪」字是藏文「禪波」的縮寫，意為「大」或「大師」；「博克多」是蒙語，意為「睿知英武的人物」。從此班禪成為這一活佛系統的稱謂。公元1713年，清朝康熙帝又授封第五世班禪·羅桑益西為「班禪額爾德尼」。「額爾德尼」是滿文，意為「寶」。之後，班禪額爾德尼這一稱謂被確定下來，當然，有時仍簡稱「班禪」。現班禪額爾德尼活佛系統已轉世至第11世。其駐錫地為西藏札什倫布寺。
活佛轉世系統的建立，合理地解決了宗教首領繼承權問題，在此之前，西藏各派宗教勢力與地方封建主勢力緊密結合，其宗教繼承權掌握在很有勢力的家族手中，在大家族中世襲，各派爭權奪利，社會動蕩不安。活佛轉世制度的產生，使佛教在雪域得以正常發揚光大，後來格魯派繼承完善了這一制度，並形成了現在活佛轉世系統。
轉世靈童尋訪
遺囑
一些大活佛臨死前，留有遺囑，特別是噶瑪噶舉派活佛。
十六世噶瑪巴就留下了這樣的遺囑：「自知者永樂，法界無邊無際，自此至雪域東部，有一天雷自然作響之地方（指拉託），那裡如意（指耗牛）裝扮著美麗牧場，善巧--父親是頓珠、智慧--母親是洛嘎，於濟樂工地之年出生，遠揚的白螺聲奇妙無比，皆以噶瑪巴相稱，由尊者頓雍巴護持（指司徒活佛）無偏無私悲心遍及四方，不分遠近成為眾生的依佑者，利益眾生之佛法如同陽光將永遠照耀。」十七世噶瑪巴鄔金欽列多傑就是按此遺囑被尋訪到的。
2.神諭
神諭又叫降神，是指當神靈依附在人身上時來傳達神的旨意。是格魯派在尋訪轉世靈童過程中慣用的一種方法。降神能夠指出靈童的出生方向，甚至靈童父母的名字 。
3.佔卜
通過高僧佔卜，能知道靈童出生的方向，佔卜結果往往與降神所示情況相互印證。
4.觀湖
一般降神的結果或高僧的佔卜會顯示靈童出生的大致方向和屬相等，在這種情況下，同一方位會出現許多同一種屬性的靈童，這時，最有效的決策辦法是觀湖。在西藏山南地區加查縣有一湖名拉莫拉錯被認為是神湖，通過虔誠的祈禱，湖中會顯現一些景象，這些景象會顯示出靈童出生的具體地方。
十三世達賴圓寂後，為尋訪其轉世靈童，熱振活佛在此湖的顯影中看見一家農戶位於路的盡頭，門前有株巨樹，門旁拴一匹白馬，一位婦女抱一小孩立於樹下，後按此顯影尋訪，結果在離青海20公裡處的祁家川尋找到了十四世達賴。
通過以上幾項措施，基本上肯定了靈童出生的大致方向、時間、家庭情況。以後就是具體的尋訪確認過程，該程序是複雜而嚴格的：觀察靈童的體相，舉止言談等
通過觀察找出與前世活佛有聯繫的線索或與眾不同的特性。七世達賴喇嘛出身在理塘，據說他出生三個月就開始向人做摩頂姿勢，並開始說話。問他是誰，回答說「我是佛的化身」，問他去哪兒，他回答說去寺院，問他寺院在何處，回答說：「在西方（指拉薩）」。 又如十一世達賴，幼年時說「準備行裝到我的寺院去」，又向眾人說「我見觀音菩薩像，就是我的化身。」藏族人認為，活佛是菩薩的化身，其行為、言談與普通人不同，往往表現出一種超凡脫俗的才能和特徵。這些才能和特徵從幼兒時期就有所表現，因此把它作為認定活佛轉世靈童的重要參考依據，也是尋訪工作中的重要環節。
靈童出生時所出現的各種奇異的徵兆和夢
藏傳佛教認為，一位高僧活佛出生時，必然有一些異常的自然現象顯現。因此，在尋訪過程中，尋訪者要向被尋訪者的家屬和周圍的人們詢問靈童出生前後所出現的各種預兆。十三世達賴出生時，據說一個酥油包突然脹裂，酥油四溢，這象徵吉祥，在門前的幾株梨樹中的一棵大樹開滿了鮮花，他家的房頂上，彩虹像支起的帳篷。甘南活佛噶桑土丹旺曲於1836年出生在四川德格，他出生前父母的夢境中出現過一些吉兆，當他出生時，大地動搖，房頂上出現瑞氣彩虹，房子附近開出了前所未有的各種鮮花。
讓靈童辯認前世所用之遺物
藏傳佛教認為靈童不僅是前世活佛精神的延續，還繼承了前世之靈性，因此，他出生後能記憶前世的一切，也可辯認前世用過的物品。在尋訪的過程中，尋訪者往往帶一些前世活佛的遺物和仿造品同時擺在被尋訪者的面前，讓他辯認，如果辯認準確無誤，即被認定為轉世靈童。尋訪六世班禪靈童時，共有四個「靈童」候選，扎什倫布寺派出六世班禪的近侍蘇本堪布前往四個靈童的家庭進行明察暗訪，並拿出六世班禪曾經用過的茶杯、鈴、杵、念珠等，讓靈童自己逃選，結果只有日喀則白朗縣吉雄奚卡的靈童拿的東西全是六世班禪的。於是蘇本堪布肯定這個小孩是六世班禪的轉世靈童。