「一隻蝴蝶在巴西扇動翅膀，有可能會在美國的德克薩斯引起一場龍捲風。」30年前，美國氣象學家洛倫茲（Lorenz）這樣介紹混沌理論。30年後，全球氣候變暖扇動的蝴蝶翅膀，可能導致40年後，人們就沒有巧克力吃了。
提出這個結論的是加利福尼亞大學伯克利分校的科學家們。他們認為，全球變暖的趨勢和日益乾燥的氣候，造成了可可原料的短缺，並最終可能導致這一農作物消失。
來自美國國家海洋和大氣管理局的數據顯示，全球變暖將引發未來30年溫度上升2.1攝氏度，土壤和植物中的水汽被擠出，降雨量的增加卻不足以抵消水分損失。乾旱將成為促使可可滅絕的主要原因。
可可樹本身的生存區域非常有限，它只能生長在南緯20度到北緯20度之間和赤道附近。並且發育緩慢，種植5至7年後才能產出可可豆，25年後達到最高產量，之後便逐漸退化。
西非國家象牙海岸和加納是可可豆的兩大重要產地，全球一半以上的巧克力產自這兩個國家。但自2009年起，西非就已經陷入了持續乾旱的境地。 預計到2050年，超過290個可可種植地點中的將近90％，將無法維持可可種植。
此外，來自粉蚧所引起的枝條瘤腫病和真菌導致的角果黑腐病，以及可可種植技術的落後，也威脅著可可樹的生長。
倫敦研究公司Hardman Agribusiness的道格·霍金斯（Doug Hawkins）認為，「其他喬木作物得益於現代高產栽培品種和作物管理技術的發展，種植方式和產量都有巨大轉變，但與之不同的是可可，全球超過90％的可可作物是由自給農場的小農生產的，效率低下，種植材料在幾百年間也沒有改善。」
可可樹生存危機造成的原料不足，直接影響著全球巧克力生產企業的未來。
早在2014年，兩大巧克力巨頭百樂嘉利寶（Barry Callebaut）和瑪氏（Mars）公司就曾預估，到2020年巧克力產量缺口將高達一百萬噸。實際上，2016年7月從全球最大的可可生產國——象牙海岸聖佩德羅港口出口的可可豆數量已經同比上年減少了 35%。原料不足也致使近年來的巧克力價格一直處於上漲趨勢中。
當然，巧克力生產企業也在採取積極的應對措施。
2010年，以瑪氏首席科學家霍華德-雅娜·夏皮羅（Howard-Yana Shapiro）博士為首的團隊，對可可樹基因進行了測序並於2010年公布了完整的可可樹基因圖譜，幫助傳統育種提高了質量和效率。
老的傳統育種方式原本需要等到可可樹生長、結果之後才能看到它的性狀並進行育種工作；而現在，有了可可基因測序工作的研究成果，通過分析發芽的可可即可判斷其成熟後的性狀結果，因此很大程度上提高了傳統育種的速度、可可的質量和生產效率。
「基因測序無法預防疾病，它最直接的效益，是幫助相關的植物學家或其它科學家，更快更好地做出一系列決定，以獲得更高產量、更有抗性、環境適應性更好的作物。」夏皮羅此前在接受界面採訪時說。
為了保證全球的可可產地都有專業人才，瑪氏和美國農業局合作，培訓非洲和東南亞的植物學家。夏皮羅和他率領的科學家團隊也會到種植地去觀察農戶的實際種植狀態，跟農戶一起了解採用新的樹苗、技術後，可可樹的生長過程，最終作為產量有多少增長，又能給農戶的收入帶去多少變化。
據夏皮羅介紹，在象牙海岸，藉助基因測序技術，每個農場產量可以達到七倍增長，達到3噸每公頃。在印度尼西亞，在基因測序圖譜的幫助下，有四個新作物被推到相關的種植區域，產量比原來提高了二至三倍。
2012年，加州大學伯克利分校的科學家Jennifer Doudna發明了基因編輯技術CRISPR。瑪氏也跟加州大學的科學家們合作，試圖利用基因編輯技術CRISPR，讓可可樹能夠在氣溫更高，更乾旱的地區存活下來。
與此同時，人們也在尋找可可的替代品。
此前，英國Bangor大學的科學家們曾宣布從一種野生芒果中提取出的野生芒果脂（wild mango butter，WMB），可以起到替代可可脂（cocoa butter）的作用。可可脂是全球巧克力工業的主要原料，它也是唯一商業化的富含飽和和單不飽和脂肪酸的天然脂肪。其它找到的可可脂的替代品，還有代可可脂（CBRs）、以及來自牛油果、藤黃果、娑羅樹等果實和作物的可可脂等同物（CBEs）等。