《四庫提要》問題如此之多，學者級有異議，但由於是「欽定」的，不敢糾謬。乾、嘉以後，學者以「讀書記」、「藏書志」、「筆記」、「日記」等方式糾謬補缺者不少。周中孚《鄭堂讀書記》評介圖四千餘種，考辨其內容、優劣、真偽、版本。對《四庫》已收之書，多刪去《提要》的「欽定」評論。對《四庫》未收或新出之書，都撰寫《提要》。有1959年商務印書館版本。阮元為《四庫》未收之書一百七十四種作《提要》，原編在他的《研經室集》之後，脫誤既多，又不分類，不便尋檢。
1882年，傅以禮重編為經、史、子、集四卷，附註所見新舊版本。又從《浪洲筆談》中增書一種，補脫文二十一字，成為此書最好的本子。1955年商務印書館據此本重印為《四庫未收書目提要》，附有索引。1965年中華書局版《四庫提要》後，附《四庫撤毀書提要》，是四庫館當年已撰而被撤出的李清、周亮工、潘怪章、吳其貞等九種《提要》，後有索引。今人胡玉珊、王欣夫輯錄諸家對《提要》糾謬補缺之文，依《提要》次序，作《四庫全書總目提要補正》六十卷，《未收書目提要補正》二卷，共補正古籍二千三百餘種。有中華書局版。北京通學齋書店老經理孫股起，以其數十年經手目睹所作記錄.包括書名、卷數、作者、刻印年代，皆《四庫總目》聽未錄，或雖已著錄而版本、卷數不同者，只錄單刻本，或叢書中的初刊單行本、抽印本，大抵都是清人著作或抗日戰爭前的著作，名曰《販書偶記》。後來雷夢水有《續編》，此二書實際是《四庫全書總目》的續編。餘嘉錫以畢生之力，作《四庫提要辨證》，較系統、全面地考辨古籍近五百種，為學術界所重視。1958年科學出版社出版。
1925年，日本以退還「庚子賠款為經費，續修《四庫全書提要》，擬定書目二萬七千餘種。1934年，由日本人橋川時雄主持，聘請巾國學者柯肋齊、昊承仕、餘紹宋、楊樹達、孫人和、向達、謝國禎、王重民、t康、趙萬裡、馮承鈞、昊廷燮、傅增湘、羅振玉、瞿兌之、江瀚、胡玉招、王照、江庸、王樹褲、尚秉和、班書閣、傅惜華等八十五人撰寫提要，共收20世紀30年代以前，海內外各類著作一萬零八十種。太平洋戰爭爆發後停。抗戰勝利，原稿及所收購之書.由中國學者沈兼士接收。1972年.臺灣商務印書館據日本油印本排印出版《續修四庫全書提要》十三冊，僅及原《提要稿》種數三萬一千餘篇的三分之一。由於整理倉捽，又無原稿校對，所以油印原件，訛謬甚多。
《續修四庫全書總目提要》原稿，現藏中國科學院圖書館。它按撰稿人分冊裝訂，共二百零七函，大部分曾經油印或列印。除去重複，共計三萬一千餘篇，比之《四庫提要》，種數三倍之，字數五倍之。此稿為學術研究所必需。1980年，科學院圖書館開始整理、分類。1986年起，由中華書局分期出版。其未撰提要之書，尚有八千種左右。