日出雪蹬滑，山枯林葉空。
徐尋屈曲徑，竟上最高峰。
村市沉雲底，江帆走樹中。
海門潮正湧，我欲挽強弓。
——宋教仁 登南高峰
1913年3月2日
「先生之死，天下惜之。先生之行，天下知之，吾又何紀，為直筆乎？直筆人戮。為曲筆乎？曲筆天誅。嗟嗟九泉之淚，天下之血，老友之筆，賊人之鐵。勒之空山，期之良史，銘諸心肝，質諸天地。嗚呼！」
——于右任
1913年3月20日晚10時45分，滬寧鐵路車站的三聲槍響擊殺了正欲問鼎民國政壇的國民黨領袖宋教仁。暗殺激起的二次革命及隨後的政治壓制，宣告了中國歷史上第一個共和國的失敗。民初鼎沸的議會政治與政黨活動，如曇花一現，終歸於沉寂。
宋教仁遇刺，成為了民初政治的一個轉折點，從此往後十幾年間，是所謂軍閥的時代，袁世凱之後，原本在表面上還算是被捆縛在一起的大大小小諸多軍閥，一躍成為中國政壇的主角，互相攻伐以爭權勢，國家四分五裂，政治保守無為，外交仰人鼻息。中國近代政治，走入最為混亂黑暗的一節。北洋軍閥時代的終結，要等到十四年後國民黨與共產黨聯合北伐。但軍閥，並未隨之而去。整個民國，北洋軍閥時代培植並成長起來的軍閥與及新崛起的軍閥，猶如青天白日之下的幽魂，始終沒有散去。
1912—1913年年初，宋教仁與新創立的國民黨曾有一段努力，期望在《臨時約法》等法律體系的前提之下，將北洋軍閥這頭實力巨獸捆住。宋與其同仁相信，通過議會——責任內閣制，能夠解決國家分裂對抗、排除強人政治；通過政黨政治，能夠實現政權和平禪遞，實現政治的螺旋上升。但1913年3月20日晚的沉悶槍聲，宣告了這些期望終究只是想像，第一共和國對自我的政治期許，破滅了。由此，宋教仁遇刺案也成為民初共和政治失敗的一個關鍵性轉折。刺宋案之後，國內政治形勢急轉直下。以宋教仁為代表的國民黨穩健派與北洋系的合作空間不復存在。國民中的激進派主張「二次革命」，最終國家進入內戰狀態。
1913年刺殺宋教仁案，被認為是百年懸案。原因在於案情涉及人事關係，相當之複雜，同時案情本身，又顯得撲朔迷離，並且，宋案因為牽涉當日政治最高層，使得案件的審理無法按照正常的程序進行。種種緣故，使得宋案最終成了懸案。但也因為這一案件本身極為重要，所以它長久地吸引人們的注意。儘管宋案的解釋頗多，國民黨一方的看法，應當說至今仍是主流意見。
革命黨認為，宋教仁遇刺，乃是受國務總理趙秉鈞與臨時大總統袁世凱指使。其依據，是根據當時在應夔丞（共進會黨魁）家查抄出的函電。這些函電，是應夔丞與內務部秘書洪述祖、國務總理趙秉鈞往來的信函，甚至在信函中還提到了「極峰」（即袁世凱）。在1913年3月13日一條北京洪述祖發給應夔丞的電文中，洪述祖明確提出了「毀宋酬勳位」的說法。而此後，應夔丞策劃了暗殺行動。
一直為國民黨宋教仁派喉舌的《民立報》對秘電的解讀，就相當具有代表性。《民立報》在對應夔丞與洪述祖往來函電（二月八日電）的解釋中，將案件的邏輯說得很清楚：
袁、趙蓄謀傾陷宋先生，無時或忘。至應犯一再遷延，乃知宋先生的名譽無術毀壞，不得不毀壞宋先生之身命。故宋先生之死，袁、趙死之，非洪、應與武死之也。
也就是說，《民立報》認為，應夔丞殺宋教仁，並非意外，而是在長期策劃毀壞宋教仁名譽無法得逞之後，出了殺人滅口的下策。
《民立報》的解釋，實際上被日後大多數歷史學家所承襲。李劍農《中國近百年政治史》說「我們看了前面的證據，不惟可以斷定趙秉鈞是謀殺的嫌疑犯，就是袁世凱也不能不被認為謀殺嫌疑犯之一，參以後來應桂馨與趙秉鈞暴死的經過，袁之為謀殺犯，尤很明白。」陳旭麓、何澤福所著《宋教仁傳》，稱，「袁世凱在秘密下達暗殺命令的同時，公開致電宋教仁，要他迅速赴京，共商國事」。在汪向陽等著的《宋教仁與民國初年的議會政治》一書中，論者也認為「堅持獨裁的袁世凱絕不肯容忍其權利受到威脅」，「就在宋教仁滿懷政治抱負地赴京組織國民黨內閣時，袁世凱派人於3月20日夜將其刺殺於上海的滬寧車站」。具有官修史書色彩的中國社科院近代史所《中華民國史》二編一卷稱「證據的公布，暴露了袁世凱的元兇面目」。