第二師前身是山東渤海軍區教導旅。
1946年8月底，中國人民解放軍三五九旅返回陝甘寧解放區，經過南下北返，中原突圍的連續 作戰，消耗很大，兵力嚴重不足。王震同志請求黨中央從三五九旅派一批幹部去物產富饒、人煙稠密的山東老解放區組建一個旅。黨中央很快批准，任弼時同志還親 自給華東野戰軍司令員兼政委陳毅同志寫了信。1946年冬，張仲瀚、曾滌、賀盛桂、熊晃等帶八路軍一二 0 師三五九旅和晉綏軍區的 321 名骨幹，一路風塵，來到山東振華、商河、匡吾、臨邑等縣組建新軍。1947年 2 月25日，新軍舉行建軍典禮，部隊番號渤海軍區教導旅。同年 11 月部隊歸入西北野戰軍建制，改稱中國人民解放軍西北野戰軍第二縱隊獨立第六旅。
1949年 2 月，中央軍委將獨立第六旅統編為中國人民解放軍第一野戰軍二軍步兵第六師。
在彭德懷、王震將軍的指揮下，這支英雄之師轉戰於西北戰場，先後參加了運安、宜瓦等十大戰 役；而後揮師隴東，挺進河湟，相繼解放了安邑、鹹陽、天水、臨夏等16座城市。1949年9月，大軍陳兵嘉峪關，促使新疆和平起義。10月10日，步兵第 六師由甘肅張掖出發，進抵酒泉、玉門、敦煌一線集結待命。不久王震命令師長張仲瀚迅速組成一支先遣隊，於11月4日抵達新疆南北疆分界處的天山咽喉焉耆、 庫爾勒地區進行踏勘布點，受到各族人民的熱烈歡迎。1953 年 2 月，步兵第六師集體就地轉業，執行農墾任務。
同年6月 5 日，新疆軍區轉發中央軍委命令，步兵第六師改稱中國人民解放軍新疆軍區農業建設第二師，所轄十六團、十七團、十八團依次更名為農業建設第四團、第五團、第 六團。師部駐焉耆。1954年10月，新疆軍區生產建設兵團（以下簡稱兵團）成立後，第二師歸屬兵團建制，成為少數幾個比兵團成立還早的師。
1960 年 9 月師部移駐庫爾勒。1975年 3 月，兵團建制撤銷， 5 月第二師併入巴州，組建農墾局，歸巴州領導。1981年 12 月，中央恢復兵團體制。 1982 年 4 月 1 日，農墾局撤銷，恢復了第二師的番號。
俯視中國的版圖，從山東渤海灣到新疆的天山，地勢圖上由綠變黃的徵途，恰好似搭建了一條由東 海岸邊到西部沙漠的長橋。當年那些曾經是普通農民的戰士，他們擎著延安的火炬，翻越祁連山，橫跨天山，將掬來的蔚藍色海水，播灑到邊塞的黃沙大漠裡，再經 過軍墾戰士熱血與汗水的化合與分解，在這片「兔子不拉屎」的荒涼戈壁上調和出美麗和諧的生命之綠色，這支曾經馳騁戰場的部隊，在新疆大漠邊先後開發出焉 耆、庫爾勒、塔裡木、若且四大墾區。
【四大墾區】
焉耆墾區 地處巴州北部山間盆地，是第二師最早開發的墾區之一，分布有二十一團、二十二團、二十三團、二十四團、二十五團、二十六團、二十七團、綠源糖廠、焉耆醫 院。焉耆墾區南瀕全國最大的內陸淡水湖--博斯騰湖，緊依美麗的巴音布魯克大草原。氣候溫和溼潤，適宜種植小麥、辣椒、番茄、甜菜、啤酒花，是全國重要的 辣椒交易集散地之一，每年有3萬噸辣椒的交易。墾區自然景觀壯麗，是旅遊避暑的好去處。
庫爾勒墾區 位於塔克拉瑪幹大沙漠東北邊緣和天山南麓霍拉山衝積扇上，分布有二十八團、二十九團、三十團，也是永興公司、冠農公司的倉儲集散地。二師新建鐵門關 市、庫西工業園區即位於此地。墾區內有王震將軍親自命名的十八團大渠引來孔雀河水，將兩岸孕育成「稻花香裡說豐年」的綠洲。庫爾勒墾區是水稻、香梨、紅棗 的主要產區之一，出產的「庫爾勒香梨」是飲譽中外的特產。1984年原英國首相柴契爾夫人成為世界上第一位食用第二師二十八團香梨的外國首相。這裡也是第 二師新型工業化發展的基地。
塔裡木墾區 依傍在塔克拉瑪幹大沙漠東北邊緣。分布有三十一團、三十二團、三十三團、三十四團、三十五團。是軍墾將士於1956年沿塔裡木河揮師南下，在亙古荒原上開 闢出的棉花高產區。由於光照充足，墾區內最適宜種植棉花、水稻、瓜果等喜溫作物，是第二師高產棉基地。墾區對塔裡木馬鹿的馴養、培育已有近50年的歷史， 積累了豐富的實踐經驗。墾區內三十二團蛭石礦儲量居世界第二位。
由於地處沙漠之緣，為解決墾區灌溉用水的季節性供求矛盾，自二十世紀七十年代起，第二師在墾 區內興建水庫、修乾渠，並先後實施改擴建工程，緩解缺水矛盾，提高水利用率，達到節水擴灌的目的。2000年啟動的耗資6個億的塔河綜合治理工程，為塔裡 木墾區可持續發展，奠定了堅實的基礎。
若且墾區 分布於崑崙山、阿爾金山北麓的若羌、且末兩縣境內，二十世紀六十年代始開發。分布有三十六團、三十八團和且末支隊。適宜種植小麥、棉花、紅棗、桃、梨等作 物。墾區境內阿爾金山礦藏資源豐富，其中石棉礦產品位高，儲量為300-500萬噸。2005年10月27日，第二師正式啟動在且末躍進開發區建設2萬畝 生態林的計劃。2006年，開始籌建三十八團。
隨著國家對口援疆工作的全面開展，師黨委積極落實各項政策，提出跨越式發展和長治久安的發展 目標，經濟發展逐步進入又好又快、穩中求進的新時期。各個墾區根據自身優勢已形成荒漠開發區、林果示範區、工業園區、生態旅遊開發區、綠色農業示範區。不 但實現了第二師幾代軍墾人所憧憬的「戈壁水長流，谷滿稻花香」的夢想，也逐步。
【交通發展】
20世紀末，貫穿塔裡木墾區的218國道是全國最有名的「三跳路」國道，即：「車在路上跳、 人在車上跳、心在肚裡跳」。去過塔裡木的人可能都無法忘記，從庫爾勒到「風之頭、水之尾」的三十五團，僅220多公裡的路程，班車要走十幾個小時。班車由 於長期在搓板路上顛簸，又髒又破到處灌風。車過尉犁縣城後，全是砂石路、土路，從車的縫隙處灌進來的浮土嗆得人喘不過氣，一不留神頭又撞到車頂。汽車駛過 之處，浮塵飛揚，遮天蔽日，像一條滾動的黃色長龍，人在車中就像坐在風浪中行駛的小船上一樣，時而波谷，時而浪尖，顛得簡直散了架。等到下車時，一個個像 個「灰老鼠」，除了兩隻眼睛，已是面目全「灰」。
進入新世紀，第二師的交通情況早已今非昔比。第二師師部所在的巴州交通四通八達。民航有庫爾勒、且末兩個機場，國際新機場即將竣工。庫爾勒航班經烏魯木齊可直達北京、上海、西安、成都、廣州等地。庫爾勒還是南疆鐵路的中樞，可直達西安、成都、烏魯木齊、喀什、阿克蘇。
第二師的公路建設、團場客運及客運網絡化也發生了翻天覆地的變化。平坦寬闊的218國道將焉 耆墾區、庫爾勒墾區、塔裡木墾區和且若墾區貫穿成一條綠色珠鏈，北上可達省府烏魯木齊，南下至315國道後，可東至青海，西達伊犁州。315國道又把三十 六團、且末支隊連成一線。和庫高速路從巴州和碩縣起至庫爾勒市止，是縱貫新疆南疆314國道的重要組成部分，全長92.4公裡，建設標準為全封閉、全立 交。它途經第二師二十四團和二十七團。
如今，由師至團場，團場至連隊，100%實現了柏油路面路路通，部分示範小區還實現了硬質路 面戶戶通，職工開始告別「雨天一身水，出門一腳泥」的歷史。路修好了，車就多了，客運線路網絡覆蓋全師各農牧團場，全部實現了直通車。現在，從庫爾勒到三 十五團僅兩個多小時就可到達，條條平坦整潔的柏油路成為職工踏上小康生活的致富路，也成為愛好邊塞風光的旅遊探險者的方便之路。
【兵地共建】
第二師19個農牧團場及工礦企業遍布巴州境內。自20世紀50年代起，第二師廣大幹部職工與 地方各族群眾共同建設巴州，發展了巴州的政治、經濟、文化。各民族之間互相信賴，互相尊重，互相支持，互相學習，互相諒解，形成了水乳交融、密不可分的相 互依存的關係。第二師發揚戰鬥隊、工作隊、生產隊的光榮傳統，積極支援地方建設。第二師前進的每一步，都離不開巴州黨委、政府和各族人民的大力支持。各行 各業湧現出一大批民族團結、兵地團結模範單位和模範個人。每到農忙季節，地方各族群眾主動幫助團場拾棉花、挖甜菜、摘酒花；農閒時，團場派技術人員到地方 鄉村培訓人員，規劃農田，興修水利，巡回醫療，極大地促進了民族團結、兵地團結和軍民團結。2005年自治區成立50周年之際，中共中央政治局委員、國務 院副總理回良玉代表中央慰問團向第二師贈送了慰問品。2009年，第二師結束對陽霞鄉的對口扶貧工作後，正式開展對且末縣奧依亞依拉克鄉的幫扶，幾年裡， 投入資金給鄉村修建了文化中心，配置活動設施；對村民進行農業技術及物資幫扶。2011年，河北省在對口支援巴州的同時，正式啟動對第二師對口援建工作。
隨著西部大開發的實施，時代給巴州、第二師更多的挑戰機遇和發展空間。巴州與第二師進一步發展融合經濟，實現兵團和地方「邊疆同守、資源共享、優勢互補、共同繁榮」。
【城鎮建設】
很多20世紀50年代進疆的軍墾戰士，都住過一種一半在地下，一半在地上用泥草蓋的房子—— 地窩子，進房子時要下「樓梯」。還有更多的戰士，喝過渠水、塘水、澤地裡的水。寒冬臘月天，到外面撿一塊冰回來化掉洗臉。隨著經濟的發展，自營經濟的快速 延伸，第二師把提高職工生活質量的「六合一」工程作為實行「三個代表」重要思想的民心工程，並已取得顯著成效。
二十一團、二十九團、三十三團是兵團確定的38個首批建設小城鎮項目中的一部分，總投資 8138.9萬元。三個小城鎮的道路、供熱、給水、排水等基礎設施基本竣工。巍然屹立的團辦公大樓，寬闊平坦的城市化街道，古色古香的六角涼亭，曲徑通幽 的文化走廊和富有朝氣的群眾健身廣場在夜晚閃爍的星光和燈光的照耀下，透露出不斷發展的時代氣息。
1999—2003年，第二師黨委加快了危舊住房的改造工程。兵團下達第二師危舊住房改造計劃2792戶，師黨委從加快改善職工住宅狀況出發，又追加1000戶危房改造投資。
新世紀，第二師在做好水利為農田灌溉的各項服務外，更注重做好水資源開發利用和保護、飲用水 安全、生態建設等一系列可持續發展的工作。2004年，全師職工飲水改造攻堅工程開始實施，總投資4700萬元，工程惠及16萬人，實現飲用水到家入戶。 2005年，師重點強化了農村飲水安全項目，進一步提高了墾區職工生活質量。2003年，第二師以二十一團、二十五團為試點開始沼氣工程建設。當年底建成 897座沼氣池，以解決職工生活、採暖問題，從而形成良性循環的綠色通道。
2011年，第二師堅持城市帶動戰略，以新建鐵門關市為龍頭，強力推進全師城鎮化建設，促進 人口向城鎮集中，產業向園區聚集。師黨委牢牢抓住中央和自治區支持兵團加快城鎮化進程的重大歷史機遇，按照「師建城市，團場建鎮」的要求，加強構建「一主 （擬建鐵門關市）、兩翼（焉耆城鎮區、塔裡木城鎮區）、四驅（二十二團、三十三團、三十六團、三十八團）」的師域城鎮體系布局，實現從「屯墾戍邊」向「建 城戍邊」轉變。
【文化教育與科研衛生】
教育：1952年3月，在焉耆縣組建了第一所「八一子弟學校」，隨後，陸續有大批知識分子、知識青年高唱著《送你一束沙棗花》踏上絲綢之路，奔赴第二師各個軍墾農場，並像歌中的沙棗花一樣自願紮根邊疆。
第二師在制定教育發展目標時，注重鞏固提高基礎教育，加強品德教育，強化學前教育和九年義務 教育的師資達標和培訓力度。同時，保證團場學校整體實現從平房向樓房的跨越，從軟體和硬體兩方面保證基礎教育一直走在全兵團的前列。師直屬中學華山中學已 載入《中國名校》（中學卷）一書，又被國家教育部授予「現代教育技術實驗學校」。師屬綜合性學校八一中學被兵團列為「兵團重點高級中學」。快速發展的華山 職業技術學校大力開展各種職業技術培訓，為巴州、第二師、庫爾勒市的發展提供了大量的專業技術人才，促進了經濟的發展。
科學：於1951年即組織農事試驗組，鑑定當地的農作物品種，研究作物栽培技術。20世紀 60年代初，先後組建農業機械化研究室、細毛羊育種站、焉耆馬育種站，從事專項研究工作。20世紀80年代中期，各團場相繼成立了農科站（或稱良種繁育 站），分擔研究課題。2005年焉耆墾區二十一團移動式首部滴灌技術在全兵團得到推廣。至2011年末，全師擁有各類科研機構19個，從事科技活動人員和 技術人員已達1767人。全年研究與實驗發展經費支出達5263.5萬元，其中師自籌4050萬元。組織實施各類科技研究、開發、推廣項目108個，其中 承擔國家和兵團科技項目32個。在全師初步建立了棉花、辣椒、番茄、香梨、馬鹿、奶牛科技示範基地，加強了農業新技術的集成與示範推廣工作；廣泛運用了溫 室育苗移栽、水果豐產栽培技術示範、馬鹿繁育、水果蔬菜深加工產品的開發、工藝技術研究和創新等新技術。
文化：有著豐厚文化積澱的第二師，其文化藝術事業是在解放戰爭時期軍隊文藝的基礎上發展起來 的。1947年，渤海軍區教導旅西進時，即組織了文工團。又先後組建了戰鼓劇團、秦劇團、曲劇團、呂劇團。1951年，第二師政治部文化科編輯出版油印刊 物《連隊文娛》。20世紀50年代末，全民文藝創作活動興起，農墾職工白天參加各種形式的突擊競賽；晚上，在田間地頭建築工地燃起篝火舉行賽詩活動。改革 開放以來，第二師著手開闢文化活動場所，組建起了文學藝術工作者聯合會，恢復了師報《綠原報》，開展了文學、美術、音樂、書法、攝影的創作競賽活動。隨著 廣播電視事業不斷發展，全師電視綜合人口覆蓋率已達100%。
衛生：1949年春，步兵第六師衛生部接收原國民黨聯勤部「二五一」醫院。各團在戰時衛生隊 的基礎上建立了休養所，挖地窩子作病房，因陋就簡，自力更生，發展衛生事業。1962年，組建了塔裡木醫院。時隔30年後，全師共有師、團兩級醫院28 所，師直門診部1所，衛生防疫站23個，營連衛生所、室380個，職工衛生中專學校1所。隨著衛生事業健康發展，醫療條件不斷得到改善，廣大職工群眾的健 康意識不斷增強。2011年末，全師擁有各類衛生機構454個，其中醫院24所，衛生所（室）273所，疾病預防控制中心14個。焉耆中心血站、師衛生監 督所各1個。近幾年，墾區各團場以團部所在鎮為中心，匯集郵政營業網點、銀行儲蓄代辦點。電話、電報、快遞、電視電話會議、網際網路通訊業務服務均已進入團 場。中國移動、中國聯通CDMA網絡覆蓋各墾區團場連隊，手機信號暢通無阻。購物超市、集貿市場遍布團部連隊。
時光荏苒，第二師黨委繼續發揚尊重科學、尊重人才的光榮傳統，並將其與現代社會緊密結合，創新思維，優化環境，逐步形成自己獨特的發展優勢。
【庫西工業園】
2005年夏季，巴州、第二師聯合決定建立庫西開發區，規劃面積67.5平方公裡，地址位於 二十九團轄區小城鎮東側。成立了第二師庫西工業園區管理委員會。工業園區採取「一區三園」的發展模式，對庫西經濟工業園-庫爾勒冠農工業園-焉耆工業園實 行統一管理、統一政策的管理體制。按照「產業集聚、資源集約」的原則，建成第二師新型工業化建設的主戰場。以農副產品精深加工、綠色食品開發為支柱產業， 走融合型經濟發展和特色產品產業發展之路。建設目標是成為南疆最大的農業產業化龍頭工業園區、農業高新技術產業化發展園區和生態型可持續發展示範園區。根 據國家產業政策和新疆的實際情況，園區確定重點發展棉紡、棉漿粕為主的紡織產業；果品蔬菜、乳製品、保健品加工為主的綠色食品和保健品加工業；生物製藥、 食品飲料、生態農業配套技術為主的高新技術產業；農林牧業服務的綜合加工業；以鐵路、公路聯運為基礎的倉儲物流服務等產業。園區實行「誰投資、誰建設、誰 經營、誰受益」的原則，鼓勵外商、企業、社會、個人投資，並且前5年減免稅收。
【屯墾精神】
在第二師有一座僅250平方米的展館。雖小，卻濃縮了第二師近六十年的歷史。館內大量的歷史 實物真實地再現了二師將士渤海建軍、屯墾戍邊、生產建設、再創輝煌同時段的創業歷程。展館先後接待了區內外老幹部、老軍墾、黨員幹部、職工群眾、部隊軍 人、在校學生以及區內外文化名人。
在新的發展起點上，第二師黨委緊緊圍繞跨越式發展和長治久安兩大目標，全面落實兵團黨委的戰 略部署，以科學發展為主題，繼續傳承這種艱苦奮鬥、勇於進取、敢於開拓的兵團精神，以加快轉變經濟發展方式為主線，以改革開放、科技進步為動力，以推進城 鎮化、新型工業化、農業現代化「三化」建設為路徑，以改善民生為出發點和落腳點，正確處理好屯墾與戍邊、特殊管理體制與市場機制、兵團與地方「三大關 系」，緊緊抓住發展機遇，克服不利因素，努力實現工業的跨躍式發展和經濟社會的全面進步，計劃「十二五」時期全師生產總值年均增長19%，到2015年確保達到120億元，力爭達到140億元，在師黨委的正確領導下，第二師這方熱土逐步成為經濟發展、環境優美、人民富裕、民風淳樸的塞外樂園。