庚子賠款又稱為辛丑條約賠款。辛丑條約是八國聯軍攻入北京後，清政府與西方列強籤訂的一個喪權辱國的條約，是中國近代史上賠款數額最龐大、主權喪失最嚴重的不平等條約。清政府共賠款4.5億兩白銀，年息4釐，本息共計9.82億兩白銀，相當於清政府年財政收入的12倍，美國是主要籤約國之一。
1908年7月11日，美國駐華公使柔克義發布聲明，稱把庚子賠款所得半數金額，共1160餘萬美元，退還中國作為資助留美學生之用。1911年初，用退還庚款所建的清華留美預備學校成立。這樣的大手筆曾讓部分國人對其心生好感，讚頌其有善心、真心幫助中國。事實真是如此嗎？歷史的真相，往往讓人不寒而慄。
美國把它侵略中國花費的戰爭費用高算了好幾倍，1904年中國駐美公使梁誠發現了這個「浮報冒報」的問題，在美國四處遊說，據理力爭，要求美國退還不實賠款，弄得美國很沒有面子。1905年上海爆發反美運動，許多城市紛紛響應，抵制美貨，美國對華出口受到沉重打擊。為此美國部分「有志之士」認為，改變中國人的價值觀、世界觀才是徵服中國的關鍵。
1906年3月6日，美傳教士明恩溥拜謁羅斯福，首次提出退還一部分庚子賠款，開辦或補貼在中國所開辦的學校，以「避免將來中國再次發生類似1900年的義和團運動、1905年的抵制美貨運動」，他認為「隨著每年大批中國學生從美國各大學畢業，美國將最終贏得一批既熟悉美國，又與美國精神相一致的朋友和夥伴。沒有任何其他方式，能如此有效地把中國與美國在經濟、政治上聯繫在一起。」
美國伊裡諾大學校長詹姆士1906年也給羅斯福發了一份備忘錄，說：「哪一個國家能夠做到教育影響這一代中國青年人，哪一個國家就能由於這方面的付出，獲取最大的收益」，「商業追隨精神上的支配更為可靠」。他敦促美國政府採取措施通過吸引中國留學生，造就一批能夠讓美國從知識和精神上支配中國的新領袖。當時，因為日本通過明治維新迅速崛起，吸引了大量中國留學生奔赴日本學習，僅1905年、1906年就達8000多人。詹姆士認為，這不利於美國長遠利益。他敦促美國政府採取措施，通過吸引中國留學生的方法，造就一批為美國從知識、精神上支配中國的精英群體。
於是美國國會1908年通過羅斯福諮文，答應將美國所得「庚子賠款」的半數退還給中國，作為資助留美學生之用。剩餘的半數為「實應賠償」不予退還，作為美國侵略中國的軍費及美在華商人與傳教士的損失賠償。
從1909年起，美國所攤虛報部分本利開始退回，充作留美學習基金，從1909年到1917年8年間，共退還616萬美元，平均每年退還中國77萬美元。1924年，美國國會通過第二次（即最後一次）退還庚款法案，至同年6月，共退回餘款本利1250餘萬美元（美國所得庚子賠款數額為3200多萬兩白銀，折合美元2400多萬）作為中國教育文化基金，其中的相當部分成了清華基金（存放於美國），清華基金利息主要用於補貼教授薪水和發放學生獎學金。
1909年6月，北京設立了遊美學務處，這就是清華大學的雛形。1909年8月，內務府將皇室賜園-清華園，撥給學務處，作為遊美肆業館的館址，學務處在史家胡同招考了第一批學生，從630名考生中，錄取了47人，於10月份赴美，這就是後來庚款留美學生的由來。