藏即含藏，如來藏中含藏如來無盡的功德。一般區分為在纏如來藏與出纏如來藏。
「纏」指纏縛、煩惱。如來藏在煩惱纏縛當中就是業力凡夫的狀況，但在我們無明煩惱、執著分別裡面，如來藏性沒有減少一點。
雖然沒有減少一點，但就像太陽被濃重的烏雲所遮蓋，透不出一點亮光;又比如一面鏡子(大圓鏡智)蒙上了厚重的塵垢，一定要經過磨洗，即修行來對治煩惱，把如來藏性呈現出來，就叫出纏如來藏，即出煩惱的如來藏。
從如來藏的本體來說，它不是八識，它緣起於眾生一念無明妄動，真如自性就建立能所，所謂一念無明生三細，境界為緣長六粗，就形成八識心王、心所的相分、見分錯綜複雜的情況，所以我們要注意這兩種緣起的差別。
娑婆穢土、五濁惡世就是我們染著的八識，即業識的心所緣起的一種境界，如果從如來藏，真如法性緣起的就是佛法界。佛法界之所以清淨，因為它是從實相、真如法性緣起。
如來藏和八識兩者之間有相互滲透的關係，八識的形成離不開真如法性，但它又不等同於真如法性，所以要轉八識成四智，主要從第七識和第六識來轉。
要將第六分別意識轉為妙觀察智，轉第七末那識(我執)為平等性智，這兩個在因地轉，自然你前五識就轉為成所作智，第八識阿賴耶識轉為大圓鏡智。
這時候就叫如來藏，念佛就是在做轉八識成四智的工作，等到能念所念打成一片，得念佛三昧時，眾生的如來藏性就朗然現前。