東晉太和元年(366)，莫高窟就已開鑿。魏晉以來，經過千年的積累，這塊彈丸之地竟開鑿了400多座石窟。石窟中有精美的佛像、瑰麗的窟簷裝飾、豐富多彩的壁畫，由於沙漠特有的乾燥氣候，至今保存如初，成為世界歷史上罕見的文化藝術寶庫。
大約在1049年以後，敦煌處在西夏王朝統治下，莫高窟的和尚把歷代寶藏、經卷、絹畫、織繡、雜書等集中放在一個洞窟的復室裡，外面築上一道牆封閉起來，畫上菩薩像。這樣大批的文化典籍被秘密珍藏起來，這就是後來令世界矚目的敦煌藏經洞。
光緒二十六年(1900）五月二十六日，敦煌莫高窟道士王圓籙在清理今編第16窟的積沙時，偶然發現了藏經洞(即今第17窟)，裡面堆滿了寫本經卷、文書、織繡、繪畫和畫著佛像的絹幡、印花織物、拓本、寫本和印本的圖書絲織物、儒家經典、地理志、通俗詩詞歌曲、契約、信札、帳單、銅像等大約5萬件左右的文物。這些文物，涵蓋了中國及中亞古代歷史、地理、宗教、經濟、政治、民族、語言、文學、藝術、科技等方面的內容，是極為豐富珍貴的資料，被譽為「中古時代的百科全書」、「古代學術的海洋」，這是中華文明史上的重要發現，是世界人類文化的寶貴遺產。
發現敦煌藏經洞以後，王圓籙撿出一些精美的絹畫和完整的寫經，作為古董送給敦煌縣衙的官吏和當地名流。光緒二十八年(1902)，甘肅學臺葉昌熾從敦煌縣令汪宗翰手裡得到了在藏經洞發現的幾種唐碑拓片、絹畫和寫經，又從另一個文人王宗海手裡得到一些絹畫和寫經。葉昌熾是位金石學家，深知這些絹畫和經卷的重要價值，立刻建議省府把所有經卷送省城蘭州保管。但是省政府竟然捨不得出運費，僅在光緒三十年(1904)一月下令由敦煌縣衙清點，並責成王道土就地封存，暫為保管。
敦煌發現藏經洞的消息傳出後，外國探險家蜂擁而至，肆意擄掠，其中規模大者有以下幾次。
光緒三十一年(1905)、俄國人勃奧魯切夫僅以6包俄國日用品為代價，就從王道士手中騙去一批文書經卷。
第二年，英籍匈牙利人馬克·奧利爾·斯坦因來到中國。斯坦因畢業於德國杜賓根大學，曾於倫敦牛津大學從事東方語言和考古學研究一年，具有測量地形和繪製地圖的技能，後在英屬印度政府供職。斯坦因富有語言天賦，不僅懂得匈、德、英法、希臘、拉丁、波斯、梵文和克什米爾、突厥語還略懂漢語。他從土耳其商人那裡聽說敦煌王道士手裡有古書，便假借考古之名竄到敦煌，以一筆數量很少的「功德錢」買通了王道士。隨後斯坦因用7晝夜的時間，恣意挑選了3000多卷保存完好的經卷，500幅以上的繪畫，裝在29個大木箱裡，悄悄地離開了敦煌。
16個月後，這些珍寶到達倫敦大英博物館，震動了整個歐洲，斯坦因的發現被列為20世紀最偉大的發現之一。隨後斯坦因從光緒三十三年(1907)起，又先後5次去莫高窟，以幾乎同樣的手法騙取了大量的文物。據統計，他先後竊走織繡品150餘方，繪畫500餘幅，圖書、經卷、印本、寫本等6500餘卷。所有這些文物都被運至大英博物館珍藏，為此他獲得了英國政府授予的金質獎章。
繼斯坦因之後，法、日、俄、美等國迅速組織探險隊從不同的方向趕往敦煌。
光緒三十四年(1908)六月，法國漢學家伯希和來到莫高窟。他以500兩銀子賄賂買通石窟管理人員，憑著漢學功底，把斯坦因忽視的更為珍貴的經卷和在語言學、考古學上極有價值的6000多卷寫本及一些畫卷，裝了10大車。伯希和將這些文物運往巴黎，寫本部分入藏法國國立圖書館東方寫本部，絹畫、絲織品等入藏集美博物館。伯希和還拍攝了全部洞窟的壁畫，並給各個洞窟編了號。
宣統三年(1911)八月，由日本人橘瑞超和吉川小一郎組織的兩支探險隊在敦煌相會，他們從王道士的密室中取走近600份經卷，還獲得了約700件吐魯番文書和木簡、壁畫、雕像、絲織品等。
1914年，俄國人鄂登堡來到敦煌。
1914-1915年，鄂登堡盜去寫經3000件以上，另有絲織藝術精品150餘方，壁畫500餘幅。
所有盜寶者中，美國華爾納的手段最為卑劣。他於1923年到達莫高窟，當時石窟文物已空，他把預先制好的特殊化學膠布貼在選好的壁畫上，粘去了26方珍貴的唐代壁畫，共計32006平方釐米。他還用利刃鏟去了其他幾方壁畫，並搬走了幾尊神採飛揚的唐代塑像。後來華爾納計劃再次來華盜寶，遭到了中外人土的一致遺責而未能得逞。
幾經劫掠，敦煌文物絕大部分不幸流散，分藏於英、法、俄、日等國的眾多公私收藏機構，僅有少部分保存於國內，造成中國文化史上的空前浩劫。