建文元年（1399年），朱棣揮師南下，史稱「靖難之役」。建文帝起用老將耿炳文統兵北伐，又派李景隆繼續討伐，而建文帝也缺乏謀略，致使主力不斷被殲。朱棣適時出擊，靈活運用策略，經幾次大戰消滅南軍主力，最後乘勝進軍，於建文四年（1402年）攻下帝都應天。
攻下南京後，朱棣本來立刻宣稱建文已死，然後拉著所謂「大侄子」的屍體哭得是痛不欲生。哭也哭了，位也篡了，可是朱棣依舊不踏實，為什麼呢？
據史料記載，完顏宗弼（金兀朮）死的時候，給當時的金國皇帝留了一計，如果未來對宋戰爭不利，立徽、欽於北方稱帝。現在來看，這真是個狠招，趙構最怕別人說自己皇位來路不正，要是正統皇帝復位，別管當初多丟人，龍椅一坐，犯嘀咕的肯定大有人在，這還是臉都丟到姥姥家的徽、欽二帝。
到朱棣這，建文帝除了對藩王狠一點，其他方面可沒表現出問題，自己可是結結實實的反賊，現在正主皇帝生死不明，你不找他，鬼知道屁股下面的那張椅子能坐多久。
所以說失蹤才是最麻煩的，朱棣從來就不敢公開宣布建文帝失蹤，當時官方消息就是建文帝死了，和方孝儒的對話中也說了自焚而死，朱棣敢造反就不怕背上弒君的罪名，沒什麼不好說的，造反還不殺原來的皇帝，留著他幹嘛？
退一萬步講，也沒必要非說自己殺的，屍體亮出來告訴建文餘黨死心吧並以君王之禮厚葬，然後隨便找個小兵背鍋，忍著笑罵幾句，明明是國家有奸臣，我來清君側，你小子不長眼把我侄子殺了，皇帝沒了你讓我怎麼辦，然後所有人跪下山呼「國賴長君!!!」，最後朱棣掉幾滴眼淚表示侄子你放心，咱都老朱家的人，江山我替你照看著。對朱棣來說這簡直是最完美的，歷史上這一套演了幾百次，大家都懂。
但失蹤就不一樣，中國古代可是講究禮法的，正統皇帝下落不明，你敢登基嗎？建文作為正統皇帝可是有根基的，你說他沒死，就是失蹤了，然後你登基，怕是屁股還沒坐熱，全國冒出十幾個建文帝算少的，到時候以正統皇帝名號號召勤王，全國就亂成一鍋粥了，要是不登基，朱棣從死人堆裡爬出來可不是為了一個監國的位置。
所以對朱棣來說，建文死了最好，活著先關起來慢慢想辦法，失蹤才是最要命的，所以他一邊宣布建文帝死了，一邊派人秘密尋找，據說鄭和下西洋的另一目的，就是怕建文帝逃到海外去了。
只不過這個秘密被後人發現了而已，當然了，建文確實在亂軍或者大火中死了，屍體無法辯認，誰也不知道他死了也是有可能的，只不過概率比較小。