十六世紀末，新興的海上強國荷蘭派人來明朝請求通商，由於荷蘭並非明朝傳統朝貢貿易體系中的國家，所以被拒絕。
不死心的荷蘭，在明朝商人李錦的建議下，於萬曆三十二年，出兵佔領澎湖，企圖據此逼迫明朝同意通商請求。
澎湖是漳州和泉州的海上門戶，位置極其重要，元朝時期曾於此設置澎湖巡檢司，管轄澎湖和琉球。
明朝建立後，派部隊駐防澎湖，但由於物資供應和氣候等諸多問題，澎湖的明朝守軍每年僅在春秋二季駐守5個月，其餘時間無一兵一卒。
明朝商人李錦對此心知肚明，在他的出謀劃策之下，荷蘭人在明軍離開之時，趁機佔據。
明朝得知荷蘭人佔據澎湖後，並未同意通商，而是立即派福建都司沈有容率領戰船50艘進攻澎湖。
荷蘭人見明朝船多勢眾，不敢抵抗，立即登船離開，明軍兵不血刃收復澎湖。
天啟二年，荷蘭捲土重來，再次佔據澎湖，築城和修建堡壘，企圖將這裡建立成海上基地。
於此同時，荷蘭人還派出艦隊到福建沿海一帶燒殺搶掠，荷蘭船長威·伊·邦特庫撰寫的《東印度航海記》中詳細描寫了荷蘭在福建沿海燒殺搶掠的情形。
更令人髮指的是，荷蘭人將在沿海抓獲的1000多中國人帶到澎湖，為他們築城做苦力，導致500多人死亡，剩餘的則被東南亞和販賣到其他地方。
囂張跋扈的荷蘭，甚至派艦隊公然封鎖漳州港口，切斷海運。
面對荷蘭的步步緊逼，明朝沒有像後來的清朝一樣卑躬屈膝，割地求和，而是選擇武力收復失地！
儘管當時明朝與後金連年徵戰，大批部隊損失和被牽制在關外，但明熹宗依然以「紅夷狡詐，為患方深」為由，詔令福建巡撫南居益出兵徵討。
天啟四年，福建明軍集中起一萬餘人，搭乘戰船200餘艘，包圍澎湖。
澎湖荷蘭人大約有900餘人，人數雖少，但是船堅炮利，火器先進，遠勝於明朝。
明軍經過幾次攻擊，給荷蘭人造成較大殺傷，到了七月，參與的荷蘭人大部分投降，一小部分乘船逃到臺灣。
至此，被荷蘭人佔據兩年多的澎湖重新回到中國懷抱。明朝人感嘆：復祖宗百年疆土，弘敷遠略，舒廟堂宵旦焦勞，有如今日者哉！
荷蘭軍官高文津被押解到北京，明熹宗下令將其處死，並「傳首各邊，以昭示天下」。
早在此戰之前，明朝已經通過打撈荷蘭沉船的方式，獲得荷蘭先進武器，派人送到北京，進行仿造，澎湖荷蘭軍官高文津為促使明朝同意通商，也曾派人進獻過一些武器。
當時明朝雖然認為荷蘭火器犀利，卻並未在戰場上與其交手，仿造熱情並不高，經過這次戰鬥，荷蘭武器給明軍造成重大損失之後，明朝痛定思痛，開始不遺餘力進行仿造，並不斷改良，最終製造出讓後金聞風喪膽的「紅夷大炮」。
戰後，明朝意識到澎湖的重要性，將守軍增加到2000多人，並且改為全年駐防。
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