任何與各國出自不同門第的自由思想家有過許多接觸的人，肯定都會對天主教出身的自由思想家與新教出身的自由思想家之間顯著的區別有深刻的印象，不管他們是在多大的程度上認為自己已經拋棄了年輕時所學的神學。新教徒與天主教徒之間的區別，在自由思想家中間就像在信徒中間一樣明顯；的確，本質的區別也許比較容易發現，因為它們並不是潛藏在教條的公開分歧背後。
當然，這裡有一個困難，那就是：大多數新教無神論者是英國人或德國人，而大多數天主教無神論者是法國人。那些像吉本那樣與法國思想有過親密接觸的英國人，儘管他們是新教出身，卻習得了天主教自由思想家的特點。然而，廣泛的區別則依然存在，而努力找出這種區別之所在，可能是饒有樂趣的。
人們可以把約翰·斯圖亞特·穆勒的自傳中所描寫的他的父親詹姆斯·穆勒看作是一個極其典型的新教自由思想家。約翰·斯圖亞特·穆勒寫道：「我的父親受過蘇格蘭長老會信條的教育，很早就通過自己的研究和思考，不僅拒絕相信啟示，而且也拒絕相信通常被稱作自然宗教的那種崇拜的根據。我父親拒斥一切被稱作宗教信仰的東西，他的這種拒斥並不像許多人可能猜想的那樣主要是邏輯和證據的問題：他拒斥的理由與其說是理智上的，倒不如說是道德上的。他覺得，人們不可能相信如此充滿邪惡的世界，是既擁有無限的權力又具有完美的善和正義的造物主的作品……。
在通常附著於宗教這個詞的意義上，他對宗教的厭惡與盧克萊修對宗教的厭惡是同一類型的厭惡：他懷著不是因純粹心理上的妄想，而是因道德上的大惡而產生的那種感情看待宗教。假如允許我獲得與我父親關於宗教的堅定信念和感情相反的印象，那就會與他的責任觀念完全不符：他從一開始就要我牢記，世界形成的方式是人們一無所知的課題。」然而，毫無疑問，詹姆斯·穆勒依然是個新教徒。「他告誡我對宗教改革運動要有最強烈的興趣，因為它是反對教士專制、爭取思想自由的偉大而具有決定性意義的鬥爭。」
在所有這一切上，詹姆斯·穆勒只是在貫徹約翰·諾克斯的精神。他是個非國教教徒，但卻屬於一個極端教派，並且依然保持著他的先驅們所特有的道德上的認真和對神學的興趣。從一開始，新教徒就因他們所不相信的東西而有別於反對他們的人；因此，再拋棄一條教義，只不過是使這個運動又向前推進一個階段而已。道德熱情是問題的本質。這只是新教道德與天主教道德之間的特殊區別之一。
對新教徒來說，特別好的人就是反對權威和被普遍接受的學說的人，比如沃爾姆斯議會中的路德。新教徒關於善的概念就是關於某種個人的和孤立的東西的概念。新教中令我印象最深的經句之一是：「不可隨眾行惡。」我感覺到，這一經句至今仍影響著我最重要的行動。天主教徒關於美德的概念則完全不同：他認為，一切美德中都有馴服的因素，不但要順從啟示於良知中的上帝的聲音，而且還要順從作為啟示儲藏室的教會的權威。這使天主教徒關於美德的概念的社會性遠遠超過新教徒的這一概念的社會性，並且在天主教徒與其教會斷絕關係時產生大得多的痛苦。