微生物實驗室良好的通風是關鍵，必要時更應配備抽風機。接種、分離及鑑定致病菌等操作應在生物安全櫃中進行，為了防止交叉汙染，保護工作人員健康，實驗室應至少劃分成3個區。
準備室
準備室用於配製培養基和樣品處理等。室內設有試劑櫃、存放器具或材料的專櫃、實驗臺、電爐、冰箱和上下水道、電源等。
洗滌室
洗滌室用於洗刷器皿等。由於使用過的器皿已被微生物汙染，有時還會存在病原微生物。因此，在條件允許的情況下，最好設置洗滌室。室內應備有加熱器、蒸鍋，洗刷器皿用的盆、桶等，還應有各種瓶刷、去汙粉、肥皂、洗衣粉等。
滅菌室
滅菌室主要用於培養基的滅菌和各種器具的滅菌，室內應備有高壓蒸汽滅菌器、烘箱等滅菌設備及設施。
無菌室
無菌室也稱接種室，是系統接種、純化菌種等無菌操作的專用實驗室。在微生物中，菌種的接種移植是一項主要操作，這項操作的特點就是要保證菌種純種，防止雜菌的汙染。在一般環境的空氣中，由於存在許多塵埃和雜菌，很易造成汙染，對接種工作幹擾很大。
1.無菌室的設置
無菌室應根據既經濟又科學的原則來設置。其基本要求有以下幾點：
無菌室應有內、外兩間，內間是無菌室，外間是緩衝室。房間容積不宜過大，以便於空氣滅菌。最小內間面積2×2.5＝5m2，外間面積1×2＝2m2，高以2.5m以下為宜，都應有天花板。
內間應當設拉門，以減少空氣的波動，門應設在離工作檯最遠的位置上；外間的門最好也用拉門，要設在距內間最遠的位置上。
在分隔內間與外間的牆壁或「隔扇」上，應開一個小窗，作接種過程中必要的內外傳遞物品的通道，以減少人員進出內間的次數，降低汙染程度。小窗寬60cm、高40cm、厚30cm，內外都掛對拉的窗扇。
無菌室容積小而嚴密，使用一段時間後，室內溫度很高，故應設置通氣窗。通氣窗應設在內室進門處的頂棚上（即離工作檯最遠的位置），最好為雙層結構，外層為百葉窗，內層可用抽板式窗扇。通氣窗可在內室使用後、滅菌前開啟，以流通空氣。有條件可安裝恆溫恆溼機。
2.無菌室內設備和用具
無菌室內的工作檯，不論是什麼材質、用途的，都要求表面光滑和臺面水平。
在內室和外室各安裝一個紫外燈（多為30W）。內室的紫外線燈應安裝在經常工作的座位正上方，離地面2m，外室的紫外線燈可安裝在外室中央。
外室應有專用的工作服、鞋、帽、口罩、盛有來蘇兒水的瓷盆和毛巾、手持噴霧器和5%石炭酸溶液等。
內室應有酒精燈、常用接種工具、不鏽鋼製的刀、剪、鑷子、70%的酒精棉球、工業酒精、載玻璃片、特種蠟筆、記錄本、鉛筆、標籤紙、膠水、廢物筐等。
3.無菌室的滅菌消毒
薰蒸：這是無菌室徹底滅菌的措施。無菌室使用了較長時間，汙染比較嚴重時，應進行薰蒸滅菌。可用甲醛、乳酸或硫磺薰蒸。
噴霧：在每次使用無菌室前進行。噴霧可促使空氣中微粒及微生物沉降，防止桌面、地面上的微塵飛場，並有殺菌作用。可用5%石炭酸噴霧。
紫外線照射：在每次使用無菌室前進行。紫外線有較好的殺菌效果。通常應開啟紫外線燈照射30～60min。
4.無菌室工作規程
無菌室滅菌。每次使用前開啟紫外線燈照射30min以上，或在使用前30min，對內外室用5%石炭酸噴霧。
用肥皂洗手後，把所需器材搬入外室；在外室換上已滅菌的工作服、工作帽和工作鞋，戴好口罩，然後用2%煤酚皂液將手浸洗2分鐘。
將各種需用物品搬進內室清點、就位，用5%石炭酸在工作檯面上方和操作員站位空間噴霧，返回外室，5～10min後再進內室工作。
接種操作前，用70%酒精棉球擦手；進行無菌操作時，動作要輕緩，儘量減少空氣波動和地面揚塵。
工作中應注意安全。如遇棉塞著火，用手緊握或用溼布包裹熄滅，切勿用嘴吹，以免擴大燃燒；如遇有菌培養物灑落或打碎有菌容器時，浸潤5%石炭酸的抹布包裹後，並用浸潤5%石炭酸的抹布擦拭臺面或地面，用酒精棉球擦手後再繼續操作。
工作結束，立即將臺面收拾乾淨，將不應在無菌室存放的物品和廢棄物全部拿出無菌室後，對無菌室用5%石炭酸噴霧，或開紫外線燈照射30min。
恆溫培養室
1.培養室的設置
培養室應有內、外兩間，內室是培養室，外室是緩衝室。房間容積不宜大，以利於空氣滅菌，內室面積在3.2×4.4＝14m2左右，外室面積在3.2×1.8＝6m2左右，高以2.5m左右為宜，都應有天花板。
分隔內室與外室的牆壁上部應設帶空氣過濾裝置的通風口。
為滿足微生物對溫度的需要，需安裝恆溫恆溼機。
內外室都應在室中央安裝紫外線燈，以供滅菌用。
2.培養室內設備及用具
內室通常配備培養架和搖瓶機（搖床）。常用的搖瓶機有旋轉式、往復式兩種。
外室應有專用的工作服、鞋、帽、口罩、手持噴霧器和5%石炭酸溶液、70%酒精棉球等。
3.培養室的滅菌消毒
同無菌室的滅菌、消毒措施。
小規模的培養可不啟用恆溫培養室，而在恆溫培養箱中進行。
普通實驗室
進行微生物的觀察、計數和生理生化測定工作的場所。室內的陳設因工作側重點不同而有很大的差異。一般均配備實驗臺、顯微鏡、柜子及凳子。實驗臺要求平整、光滑，實驗櫃要足以容納日常使用的用具及藥品等。
清潔區