南陽武侯祠在老百姓口中一直被稱做諸葛亮庵。諸葛亮庵曾經長期被道士託管。民國25年，主持南陽玄妙觀的道長名叫李宗陽，他嫌玄妙觀事務繁雜，辭去玄妙觀主事，來到臥龍崗武侯祠修養身心。我們千萬別小看了這位道士，他和國民黨元老于右任是好友，1928年馮玉祥要拆玄妙觀辦學，結果李宗陽率眾抗議，並且打贏了官司。
1936年，李宗陽到諸葛亮庵主持事務，1939年病逝。
就在李宗陽病重的時候，中日隨棗會戰，戰事正緊，戰場就在臥龍崗數十裡之外，大炮和飛機的轟鳴聲，讓臥龍崗的鳥兒盤旋不敢棲落。第二年春暖花開，李宗陽的墳墓旁邊立了一座漢白玉紀念碑——「新唐抗戰勝利紀念碑」。這座碑的意義重大，它是由于右任親書，揭碑儀式非常隆重，李宗仁、湯恩伯、孫連仲都到場了。
1941年春天，日本鬼子端著刺刀闖入武侯祠。
1945年3月，日軍再次大舉進攻南陽，企圖打通西南通道，南壓重慶，北窺西安。第五戰區司令李宗仁命國民黨第68軍黃樵松143師固守南陽。28日拂曉，日軍偷襲臥龍崗，佔領武侯祠。143師429團2連1排奮起反擊，將據點奪回。
日軍又增調300餘人把武侯祠團團圍住，在機槍大炮的掩護下發起猛攻。守軍在排長趙新芳指揮下頑強抵抗，擊斃日軍百人。後來一發炮彈落在寧願樓上，將屋頂炸塌，趙新芳犧牲。
從上午一直打到下午3點多，一排守軍只剩下5名傷兵。日軍最終衝入武侯祠，殺死道長張宗建和避難的百姓。5名傷病被道士藏入半月臺下老龍洞內，倖免於難。
日本人這次佔領武侯祠，並沒有進行大肆破壞。他們殺完人後，竟也在諸葛亮神像前肅立致敬。
另外，奇怪的是，那通新唐抗戰勝利紀念碑，也沒有被破壞。但是，這通碑在文化大革命中被推倒。1967年，鄭州大學南陽的學友將此碑運到鄭州，試圖將內容改掉，幸而沒有找到雕刻工。1980年，南陽市博物館將此碑運回，立在原處。
南陽武侯祠幾度經歷戰火，竟然巋然不動，就連日本鐵蹄，也沒有將它焚毀，實屬奇蹟。這裡邊恐怕是因為諸葛亮的人格精神超越了一切。諸葛亮是忠武的化身，一個忠字，一個武字，讓他成為兵匪的共同神祗，享受著世人共同的歌唱。
——據殷德傑《我們的彼岸》