據《史記·秦始皇本紀》載：「侯生盧生相與謀曰：『始皇為人，天性剛戾自用…以為自古莫及己。專任獄吏，獄吏得親幸。博士雖七十人，特備員弗用。…秦法，不得兼方不驗，輒死。』」
為秦始皇求取仙藥的兩個方士侯生和盧生莫名其妙有一天聚在一起討論秦始皇的為人問題。說秦始皇剛愎自用，認為從古至今沒有超越自己的。放任獄吏，獄吏都得到親近。博士雖然有七十個人，但卻不能得到重用。按照秦國法律，方術不能得到驗證，就要死。然後他們接著討論：「天下之事無小大皆決於上，上至以衡石量書，日夜有呈，不中呈不得休息。貪於權勢至如此，未可為求仙藥。」意思就是說，天下大事不論大小都要取決於秦始皇本人，他用秤來稱量竹簡，白天黑夜都要呈送公文，不看完不能休息。這樣的人不能為他求取仙藥。說完就逃亡了。「
始皇說：盧生等人我對待很好，今天卻誹謗我。我使人調查了留在鹹陽的方士儒生，有的卻在民間散布不和諧言論。秦始皇的措施也是十分果斷，「於是使御史悉案問諸生，諸生傳相告引，乃自除」。
以李斯主張的郡縣制獲勝，而儒生主張的分封制失敗並慘遭焚書而告終。這個時候，侯生和盧生卻又暗暗引出行分封制之說。犯了前不久才頒布的「以古非今者族」這一條。其次，秦始皇任用獄吏，也大概是從商鞅變法之後就沿襲了百年的傳統，並不為過。況且，最近頒布的新法令「以吏為師」也支撐了秦國將要大量啟用法律人才即獄吏的說法。侯生盧生說這個，又相當於是非議了李斯新法。再次，方術不能應驗就要被處死，他們的方術能否應驗，他們是心知肚明的。這又犯了秦法「不得兼方不驗，輒死」這一條。最後，他們把秦始皇的努力說成是貪戀權勢，這個大概可以算作是對秦始皇的「誹謗」。因此又犯了秦律「誹謗者族」這條。由此可以見得，就他們這幾句談話，就觸犯了數條秦國律法，而且尤其觸犯最新頒布幾條法律，似乎是在與李斯新法對著幹。秦始皇當然要下令追查了。
然而秦始皇下令御史審問諸生之後，諸生竟然自相告發其他人的犯罪事實從而擺脫自己的干係。侯生盧生的事沒查出來，卻查出來諸生違反秦國法律的人就有四百多，所以便對這些人進行坑殺處罰。所謂坑「儒」，本只是對方士和犯禁的諸生的一次坑殺。當然不能說被殺的四百六十餘人中沒有儒生，但是由其代表人物可推知，被殺者也有儒生，但被殺的主體應該是方士。司馬遷在《史記·儒林列傳》中也有明言：「及至秦之季世，焚詩書，坑術士。」
這時候我們再回頭來看最初的問題，坑了哪些人？也就有很明確的答案了。坑的是以犯法方士為主，以犯法儒生為輔的犯法諸生共四百六十人。那麼兩千年來為什麼對於「焚書坑儒」都是罵聲一片呢？我分析主要是董仲舒「罷黜百家，獨尊儒術」後，儒術在2000多年的封建統治中處於主導地位。治亂世用法家，治理太平社會用愚民的儒術，你方唱罷，我登場！統治者選擇的結果 更是兩種學說你死我活的較量！