滿清入主中原後，於順治二年（1645），改明南直隸為江南省，治江寧府。順治十八年以江南省面積過大，分置左右二布政使司，以安慶、徽州、寧國、池州、太平、廬州、鳳陽、淮安、揚州九府和徐州、滁州、和州、廣德等直隸州，屬左布政使司，駐江寧，以江寧、蘇州、松江、常州、鎮江等五府屬右布政使司，駐蘇州。康熙五年（1666）劃左布政使司淮安、揚州兩府和徐州直隸州歸右布政使司。康熙六年，改左布政使司為安徽布政使司，仍駐江寧；改右布政使司為江蘇布政使司，仍駐蘇州。此為江蘇建省之始，時尚依布政使轄區劃分省份。江蘇省名以兩江總督駐地江寧府和江蘇巡撫治所蘇州府的首字為名，簡稱蘇，或江，或吳。乾隆二十五（1760）年江蘇一省分設江寧、江蘇二布政使司，前者治江寧，後者治蘇州。江寧布政使司領江寧、淮安、揚州、徐州四府，通州、海州兩直隸州，海門一直隸廳；江蘇布政使司領蘇州、松江、常州、鎮江四府和太倉一直隸州。此時依照巡撫轄區劃分省份，江蘇境內雖有兩布政使司，但統受一巡撫領導，遂為一省。
由於兩江總督、江寧布政使司駐江寧，江蘇巡撫、江蘇布政使司駐蘇州，因此有清一代，江蘇實際上有兩個「省會」，一為江寧（南京），另一為蘇州。
此外，鹹豐三年（1853）至同治三年（1864），太平天國建都南京（天京）。曾在蘇州、常州、松江三府設蘇福省，省會蘇州，在江浦縣設天浦省，以天京為中心設天京省。光緒三十一年（1905）一月，朝廷頒旨要將江蘇拆成兩個省，以長江為界，北為江淮省，南是江蘇省。江淮省省名取江寧、淮安兩府首字得名。江蘇省省會仍為蘇州，新建江淮省省會清江浦。原江寧布政使改為江淮布政使，仍駐江寧。但光緒三十一年三月十七日(1905年4月21日）發布裁撤江淮省上諭，江淮省旋即廢。
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