01總分公司的法律關係
民法典第七十四條規定，法人可以依法設立分支機構。法律、行政法規規定分支機構應當登記的，依照其規定。
分支機構以自己的名義從事民事活動，產生的民事責任由法人承擔；也可以先以該分支機構管理的財產承擔，不足以承擔的，由法人承擔。
公司法第十四條規定，公司可以設立分公司。設立分公司，應當向公司登記機關申請登記，領取營業執照。
分公司不具有法人資格，其民事責任由公司承擔。
由此可見，總分公司雖然營業執照不同，但在法律上屬於同一個法人主體，由此就決定了總分公司增值稅方面是兩個納稅人，企業所得稅方面是一個納稅人。
02總分公司增值稅怎麼交？
總分公司是不同的增值稅納稅人，最直觀的表現就是它們擁有各自的納稅人識別號，因此，總分公司納稅人資格不一樣是有可能的，比如說總公司是一般納稅人，分公司是小規模納稅人，或者相反，反正它倆在增值稅方面是各算的，各自計提銷項，各自抵扣進項。
同樣的道理，如果一個總公司下設了很多分公司，各個分公司也都屬於獨立的增值稅納稅人。
一個比較現實的問題是，總分公司之間發生應稅行為是否需要確認增值稅呢？答案是，除個別情況外（如兩個分公司都在同一縣（市），它們之間相互移送貨物用於銷售，無需視同銷售） ，均需作銷售或視同銷售處理，一個做銷項，一個做進項。
比如，總公司向分公司提供了人員、管理等服務，分公司向其按年或者按照產值比例繳納管理費，這顯然就屬於總公司在向分公司提供企業管理服務，應由總公司向分公司開具增值稅發票，分公司可以抵扣進項。
這一點就與沒有辦理工商登記的建築企業項目部之間的關係截然不同，同一個增值稅納稅人下的A項目部將剩餘的鋼材，轉讓給B項目部，儘管在會計和結算上需要進行處理，以明確權責利，但由於銷售並未實現，故無需做增值稅處理。
03總分公司企業所得稅怎麼交
我國企業所得稅實行法人稅制，總分公司既然是一個法人，那它們的所得稅就應當匯總繳納。
總公司本部的應納稅所得額與所有分公司的應納稅所得額合併計算，得出公司整體的應納稅所得額，據以交稅。在實務操作中，根據現行會計制度的規定，總分公司的利潤表需要匯總，如有內部交易還需要抵消，這樣，以公司整體的利潤總額為基礎，通過納稅調整，就可以實現總分公司應納稅所得額的匯總。
顯然，允許總分公司匯總納稅，可以平衡總分公司之間的盈虧，對企業是一件好事。但需要注意的是，根據現行所得稅政策的規定，境外分公司如有虧損，是不能抵減境內盈利的。
總分公司應當匯總納稅，說的是應納稅所得額和應納稅額應當匯總計算，但在實際繳納稅款時，對於總分公司跨省級行政區的，根據國家稅務總局公告2012年57號公告的規定，還需要在預繳和匯繳兩個環節，按照三因素法分配稅款，由總分公司分別進行納稅申報。
但在實務操作中，有些跨省的分公司，是在分公司當地獨立繳納企業所得稅的，出現這種情況可能有兩個原因：
一是，總分公司未辦理企業所得稅匯總納稅納稅信息報告，因此總分公司在稅務系統內未被標註為匯總納稅身份，具體辦理方法請參見《納稅服務規範3.0》之「1.5.10—033 企業所得稅匯總納稅信息報告」。
二是，根據2012年57號公告第二十四條的規定，以總公司名義進行生產經營的分公司，無法提供匯總納稅企業分支機構所得稅分配表，也無法提供相關證據證明其二級及以下分支機構身份的，應視同獨立納稅人計算並就地繳納企業所得稅。
思考一個問題，如果分公司是獨立的企業所得稅納稅人，它能夠單獨適用小型微利企業所得稅優惠條件嗎？
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