引物溶解與稀釋建議

2021-02-21 Molecular BioGeek

本文主要翻譯自IDT:Tips for resuspending and diluting your oligonucleotides。

上一篇引物保存閱讀數量不錯,看來還是實用的小知識比較受歡迎,特此將剩餘的一篇也翻譯於此,希望小夥伴們將其記住,不然就打賞MP。反正不要白來,知識或者金錢,我總歸希望你拿走或留下一種……

引物溶解

如果你收到的是引物乾粉,那麼你需要在使用前進行重懸溶解。大多數引物相對地容易溶解,然而,經過螢光基團或疏水基團修飾的寡核苷酸分子可能需要更多的時間才能溶解。

以下是來自我們的科學家的實用性建議:

在乾燥過程中,寡核苷酸在EP管底部形成白色片狀沉澱。鑑於運輸過程中沉澱會飄起,在打開管蓋之前進行簡短離心這一步驟至關重要。省去這一步可能會導致產量降低,因為不在管底的引物乾粉也許在你打開管蓋那一刻就飛出而損失了。

如果重懸困難,可嘗試在55℃加熱1-5分鐘,然後簡短渦旋震蕩。如果沉澱仍不溶,他們可能是三甲苯基團(片狀)或者位於底部的受控孔玻璃(丸狀,引物在其上開始合成)。這兩者都不會影響引物性能表現,且都能被除去——過一遍Sephadex G-50柱或者轉移上清到一個新管內。

IDT引物通常以乾粉形式運輸(包括DNA和RNA)。但是,你可以要求在運輸前將引物重懸。獲得重懸引物的方法是使用 OligoEntry ordering Tool 中的Normalization下拉菜單。在此我們可以選擇Labready (100uM IDTE,pH8.0),或者提供一個特殊的定製Buffer配方。

不要將引物暴露在高度酸性或者鹼性的環境中。我們建議將引物溶解於TE溶液中,如IDTE,以保持穩定的pH,從而保證引物穩定性。另外可選的是,溶解引物於無核酸酶水中,pH 7.0。

注意,對於長期保存,避免使用DEPC水或者去離子水溶解引物。這類水經常是酸性的(pH最低可達到5),因而可能隨時間的延長造成DNA降解。

稀釋成100uM的儲存濃度:

找到管壁標籤或者引物報告單上的引物合成量(通常XX nmol)

這一數字乘以10

所得結果即為得到100uM濃度引物的所需Buffer體積數(uL),

稀釋成其它的儲存濃度

找到管壁或者合成報告單上的引物合成量信息,通常,這將會以3種形式提供:濃度(OD),物質的量(nMol)或質量(ng)。

輸入一種量形式於Resuspension Calculator的Quantity框內。

在Final concentration框內,輸入你想要的儲存濃度。

點擊Calculate.該工具將會算出達到目的濃度所需的Buffer/水的體積

 

稀釋成使用濃度

從儲存濃度稀釋到使用濃度,非常簡單。(以下幾句話和上文類似,比較簡單,懶得翻譯了)

 

Master P的補充:

大部分國內廠商提供的引物均為乾粉。出於時效性考慮,也有廠商推廣過提供「液體引物」,即稀釋成100uM的引物,但是因為實驗者的固定習慣,並沒有完全地普及。Master P在此想說的是,液體引物普及不了,實驗者習慣當然是一方面的原因,傳統地或者感性的認知中,乾粉要比溶解了的引物更穩定。另一方面是國內案件系統對液體的警惕性要大於固體,液體運輸必然受限——比如不能空運。

DNA和RNA最好保存於接近生理pH範圍內。如之前的核酸嚴謹性的篇章中所述。核苷酸在酸性條件下容易脫嘌呤,尤其是pH低於5.5時特別迅速。而高pH容易造成雙鏈解離。使用NaOH變性DNA的方法相當普及,但對於RNA來說,不要儲存於pH 大於8.6的溶液中,除非你想毀了它!寡核苷酸和基因組DNA或RNA,只是長度不同,化學性質還是一樣的。由此,對於DNA或RNA引物的處理,也可聯繫到DNA或者RNA提取的知識。生物科學實驗者不可不記住這些通識性的知識點呀!

另外一些關於生物計算的可用工具是NEBtools,使用蘋果iOS系統的小夥伴可以在iPhone或者iPad上下載使用(安卓恐怕不好找)。或者直接PC端網頁訪問:http://nebiocalculator.neb.com/#!/ligation

 

參考文獻:

Tips for resuspending and diluting your oligonucleotides:https://sg.idtdna.com/pages/education/decoded/article/tips-for-resuspending-and-diluting-your-oligonucleotides

R.E.Farrell.RNAMethodology,Fifth Editon,2017,Academic Press

註:resuspending一詞,本意是重懸,但是在本文中,部分翻譯為溶解,更符合中文語境。如渴望原汁原味的英文,請根據參考文獻連結訪問。

2019-6-24-12點22分

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