這個提問很牛，復旦大學醫學院和上海交通大學醫學院還要選一選的，自然是非常有實力的考生，肯定是學霸級的存在 ，高考成績應該是對考取這兩所學校無壓力的。如果不是這樣的話，討論這個問題就沒有什麼意義了。考不上研究這個有什麼用？
首先我的看法是，上海交通大學的臨床醫學、口腔醫學現在比復旦大學更強，復旦大學的基礎醫學、公共衛生與預防醫學、中西醫結合比上海交通大學更強。如果是針對臨床醫學，
現在選擇上海交通大學更好一些
。兩面兩張圖是一些機構對醫學院校的排名，大家可以參考一下。
一、復旦大學上海醫學院
復旦大學的醫學院是來自的上海醫科大學，2000年時，上海醫科大學併入復旦大學，成為復旦大學醫學院。原上海醫科大學是1927年創辦的國立第四中山大學醫學院。1952年改名為上海第一醫學院，1959年被定為16所重點大學之一，1985年更名為上海醫科大學，直到2000年時併入復旦大學。
復旦大學醫學院設有本科專業9個，其中臨床醫學專業有八年制（本博）、五年制、六年制。復旦大學有臨床醫學一級學科碩士、博士學位授予權和博士後科研流動部。教育部第四輪學科評估結果，復旦大學臨床醫學評級為A級，與北京協和醫學院並列第三。教師中有有中國科學院院士5人，中國工程院院士5人。
復旦大學有17所附屬醫院，其中共有8所三甲醫院。17所附屬醫院中有4所正在籌建當中。
二、上海交通大學醫學院
上海交通大學的醫學院來自上海第二醫科大學，前身是由聖約翰大學醫學院、震旦大學醫學院、同德醫學院於1952年合併組建的上海第二醫學院。2005年併入了上海交通大學。
上海交通大學的臨床醫學專業有八年制（授予博士學位）、臨床醫學八年制（口腔醫學方向，授予博士學位）和臨床醫學五年制，有臨床醫學一級學科碩士、博士學位授予權和博士後科研流動部。教育部第四輪學科評估，上海交通大學臨床醫學評級為A+，與浙江大學並列第一。教師隊伍中有中國科學院院士4人，中國工程院院士13人。
上海交通大學有13所附屬醫院，其中有12所是三甲醫院。
這兩個大學的醫學院，在專業水平上的差別非常小，教育部的學科評估結果，也只是並列第一和並列第三的區別。不過要細分出來在兩個學校之間怎麼選擇，還是要找個理由，分出個高低來。其實在我看來，在在高考中拿到那麼高的分數，這兩個醫學院能進入哪一個都是相當好。