新研究為單細胞蛋白質組學定義載體蛋白質組限制

2020-12-16 科學網

新研究為單細胞蛋白質組學定義載體蛋白質組限制

作者：

小柯機器人

發布時間：2020/12/9 13:30:20

美國南加州大學Christopher M. Rose、德國慕尼黑工業大學Bernhard Kuster等研究人員合作為單細胞蛋白質組學定義了載體蛋白質組限制。這一研究成果於2020年12月7日在線發表在國際學術期刊《自然—方法學》上。

研究人員表示，質譜法單細胞蛋白質組學（SCoPE-MS）是最近引入的用於量化多路復用單細胞蛋白質組的方法。儘管這項技術令人興奮，但基礎技術（等壓標記和質譜（MS））存在技術局限性，有可能影響數據質量和生物學解讀。當使用載體蛋白質組（即單細胞蛋白質組量的25-500倍的樣品）進行肽鑑定時，這些限制尤其重要。

研究人員進行了控制實驗，增加了載體蛋白質組的數量，並評估了定量準確性，因為這與質量分析儀的動態範圍、多路復用水平和所採樣離子的數量有關。研究人員證明了增加載體蛋白質組水平需要同時增加採樣離子的數量，從而保持定量精度。

最後，研究人員介紹了單細胞蛋白質組伴侶（SCPCompanion），該軟體工具可以快速評估單細胞蛋白質組數據，並推薦儀器和數據分析參數以提高數據質量。

附：英文原文

Title: Defining the carrier proteome limit for single-cell proteomics

Author: Tommy K. Cheung, Chien-Yun Lee, Florian P. Bayer, Atticus McCoy, Bernhard Kuster, Christopher M. Rose

Issue&Volume: 2020-12-07

Abstract: Single-cell proteomics by mass spectrometry (SCoPE-MS) is a recently introduced method to quantify multiplexed single-cell proteomes. While this technique has generated great excitement, the underlying technologies (isobaric labeling and mass spectrometry (MS)) have technical limitations with the potential to affect data quality and biological interpretation. These limitations are particularly relevant when a carrier proteome, a sample added at 25–500× the amount of a single-cell proteome, is used to enable peptide identifications. Here we perform controlled experiments with increasing carrier proteome amounts and evaluate quantitative accuracy, as it relates to mass analyzer dynamic range, multiplexing level and number of ions sampled. We demonstrate that an increase in carrier proteome level requires a concomitant increase in the number of ions sampled to maintain quantitative accuracy. Lastly, we introduce Single-Cell Proteomics Companion (SCPCompanion), a software tool that enables rapid evaluation of single-cell proteomic data and recommends instrument and data analysis parameters for improved data quality.

DOI: 10.1038/s41592-020-01002-5

Source: https://www.nature.com/articles/s41592-020-01002-5

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