基督教會的分裂
公元1500年左右，西歐只有一個基督教會，它的首腦就是羅馬教皇。這個教會，隨著時間的發展變得越來越世俗化；很多教會頭領越來越關注金錢、奢侈和權勢，而不再是耶穌基督的學說和人的靈魂。教廷也需要大量錢財供日益奢侈的生活開銷，當教皇利奧於十六世紀初要修建一座世界還從未見過的大教堂時，就必須開闢新的財政來源。於是就出現了一個狡猾的計劃：「贖罪券交易」。教皇派出傳教士去告訴人們，只要花錢購買「贖罪券」，一切罪孽就可以得到寬恕，不再受煉獄之火的煎熬。
但這種違反基督教義的交易，卻遭到德國的修士和神學教授馬丁·路德（1483-1546）的堅決反對。1517年10月31日，他發表了《九十五條論綱》，依照聖經的教義指出，推銷贖罪券的傳教士如果不是走上了歧途，那就是有意在說謊。「每一個基督徒，只要對他的罪孽感到悔過和痛苦，他就已經得到了寬恕，不再受懲罰，他所需要的不是贖罪券，而是上帝的慈悲。」他這樣寫道。
很多人都對此感到歡欣鼓舞，終於有人公開指出了天主教教會的弊端，而且是用一種清晰易懂的語言。路德很快就贏得了很多信徒，和他一樣要求對教會進行改革。這當然不會受到教會頭目的歡迎；教皇要求路德「撤回他的錯誤觀點」，否則他將被教會開除。但路德卻毫不動搖。對他來說，聖經中的話比教皇更為重要，他甚至稱教皇為「反基督教徒」。
教皇發出斥責路德的通諭，但被他的信徒在歡呼聲中公開焚毀。教皇的使者當時有這樣的記載：「整個德國都處於動亂之中。十分之九的人在歡呼『路德』，而其他十分之一的人，雖然對路德並不在乎，但至少也在喊『打倒羅馬教廷』。」
為了結束這一場鬥爭，查理五世邀請這個「桀驁不馴的修士」來到烏爾姆斯帝國會議，讓他在世俗和宗教上層人物面前承認錯誤。但路德在這裡卻仍然堅持自己的觀點，如果不是薩克森大選侯把他保護並隱藏起來，他可能會被當作異教徒燒死。
其他一些公侯也站到了路德一邊，離開了天主教會。很快，兩個陣營就進入了不可調和的境地，1546年在他們之間甚至發生了一場戰爭。最後於1555年達成了「奧古斯堡宗教和約」，路德的教派，即新的「抗羅宗」（現稱新教），作為平等的宗教獲得承認。神聖羅馬帝國各個諸侯都可以自行決定，他的領地實行哪種教派。
宗教改革並沒有局限於德國。在瑞士，具有人文主義思想的神甫烏爾利希·茨溫利（1484-1531）和生活在日內瓦的法國人約翰·加爾文（1509-1564）都是促進改革的人物。特別是加爾文還創立了與路德學說不同的獨立理論。他主張「上帝預定說」，即人的生活早已註定；「人並不是在同樣的條件下產生的，對某些人是永恆的生命，而對另一些人則是永恆的詛咒，這一切都是事先註定的。」一個人是否被上帝選定，按照加爾文的理論，在他活著的時候就已可見：誰要是能夠通過勤奮和節儉擴大了自己的財富，他就獲得了永恆的生命；誰要是做不到這些，他就要下地獄。這就是加爾文主義的核心。他主張信徒應有獲取更多利潤的欲望，在今天已被看做是現代資本主義形成的重要動力。
從瑞士越過幾個南德小國，加爾文的學說也在荷蘭、法國 — 這裡的加爾文信徒稱為「胡格諾派」，以及蘇格蘭和英格蘭得以傳播。蘇格蘭和英格蘭的加爾文派自稱為「清教徒」。他們中的很多人後來移民美國，對美國的發展發揮了很大的影響。天主教會用各種方式試圖制止新教的傳播。1545年召開了一次宗教會議，用了18年的時間，最後在特蘭託制定天主教的新學說和新教會。信仰的原則重新加以定義，並同「因信稱義」學說劃清界限。教皇、主教和神甫的權利和義務都詳細確定下來。他們重新成為上帝的僕人，而不再是爭權貪慾的貴族，他們應該更多關注信徒，特別是關注窮人。天主教會想重新贏得人們的信任，並使自己具有吸引力。1534年由西班牙人依納爵·羅耀拉創立的「耶穌會」在其中起了重要作用。耶穌會成員不把自己關在修道院中，而是深入到普通人中間，作為學校和大學的教師，作為諸侯宮廷的顧問和懺悔神甫，作為傳教士，獲得了很大的影響。天主教改革的時代，也被稱為「反宗教改革」。確實，很快就有很多人重新回到了天主教會。
然而，兩個宗教之間還遠沒有和解。在所有天主教和新教同時存在的歐洲國家中，還一再出現爭鬥。在法國，1572年8月24日的巴託羅繆之夜成了慘劇的頂峰。天主教的狂熱分子在這個夜裡屠殺了大約2萬名胡格諾信徒。但即使在這裡，新教也不可能長期受到壓制。1589年亨利·納瓦拉成為法國的第一個胡格諾國王。他雖然必須皈依天主教信仰，但卻在1598年的「南特敕令」中給予胡格諾教派在國內活動的平等權利。