文章轉載自公眾號：流浪心球
作者：Tom Donoghue
Hello，
這裡是行上行下，我是喵君姐姐~
根據 Tom Donoghue等人整理的公開可用的電生理數據列表，進行了翻譯和整理，數據類型主要有EEG，MEG，ECoG / iEEG和LFP等。此開放列表中所涉及的數據集可對用於科研的用戶提供開放獲取，部分數據最多只需要用戶進行簡單註冊後即可申請獲取資源。
因此，在使用數據前請務必仔細核查您訪問的任何數據的許可證和/或使用協議。
此合集主要包括常用的數據存儲雲平臺、EEG數據、MEG數據、人類顱內數據、動物的LFP數據等5個部分。
第一部分 常用的數據存儲平臺
此部分主要介紹用於核查和檢索相關數據集的存儲平臺、期刊和搜尋引擎等內容。
1.1 常用的數據存儲平臺
1. Zenodo
網址：https://zenodo.org/
Zenodo主要用於個別研究數據集的託管。您可以通過搜索「 eeg」，「 meg」或類似內容，然後選擇搜索頁面左下方的「 Dataset」標籤來找到可用的數據集。
2.Open Science Framework（OSF）
網址：https://osf.io/
OSF是一個支持開放科學的平臺，其除託管特定研究的開放數據集外，還會存儲一些和研究相關的其他內容。因此，儘管其存儲了相應的數據，但不太容易通過數據類型等特徵進行搜索。
3.Figshare
網址：https://figshare.com/
Figshare是用於各種材料的常規存儲庫服務，其中包括數據集。您可以數據類型或其他明顯特徵進行檢索，同時選擇數據類型以查看可用的數據集。
4.Dryad
網址：https://datadryad.org/
Dryad提供用於科學數據集的存儲庫服務，其中包括連結到可搜索的特定論文的數據，並且包括一些EEG / MEG / ECoG數據集。
5.G-Node Open Data
網址：https://doi.gin.g-node.org/
G-Node Open Data是G-Node（the German Neuroinformatics Node）在G-Node data infrastructure services 的基礎上為科學數據集提供的存儲服務。
6.Kaggle
網址：https://www.kaggle.com/
Kaggle是一家託管數據分析競賽的私人公司。這些競賽通常會為我們發布數據集，並且還會維護可用數據集的存儲庫。
1.2 神經科學專用數據存儲平臺
1.OpenNeuro
網址：https://openneuro.org/
OpenNeuro是一個免費且開放的平臺，用於分析和共享神經影像數據。目前，它更專注於MRI數據集，但至少包括一個EEG-fMRI數據集，並且可能會擴展以包含更多的電生理數據。
2.Neurodata Without Borders（NWB）
網址：https://www.nwb.org/
Neurodata Without Borders（NWB）是神經生理學的數據標準，旨在促進存儲，共享和歸檔數據的通用標準。儘管不完全是通用存儲庫，但它們也確實維護了公開發布的NWB數據集列表（https://www.nwb.org/example-datasets/）。
1.3 開放數據發表期刊
主要介紹專門描述公開可用數據集和/或要求公開發布數據的期刊，包括：
1.Scientific Data
網址：https://www.nature.com/sdata/
Scientific Data可發表有關公開可用數據集的簡短報告。此期刊的投稿經驗可查閱：Sci. Data投稿經歷 | 人類企鵝項目數據
2.Data in Brief
網址：https://www.journals.elsevier.com/data-in-brief
Data in Brief可發表有關公開可用數據集的簡短報告。
3.GigaScience
網址：https://academic.oup.com/gigascience
GigaScience發表必須提供所有相關數據的論文，同時需要數據上傳到可被檢索的GigaDB的資料庫（https://gigadb.org/）中。
第二部分 EEG數據
此部分主要介紹公開可用的EEG數據或帶有EEG數據的項目。
2.1 ChildMind Institute
網址：https://childmind.org/
ChildMind Institute是一家非營利性機構，參與發布大型數據集的大型研究項目。其項目主要有：
1 Project: Healthy Brain Networks
該項目包括一個約1000多成人的休息和任務腦電圖數據。
主頁：https://fcon_1000.projects.nitrc.org/indi/cmi_healthy_brain_network/index.html
數據下載：https://fcon_1000.projects.nitrc.org/indi/cmi_healthy_brain_network/sharing_neuro.html#direct-downloads
論文：Alexander, L. M., Escalera, J., Ai, L., Andreotti, C., Febre, K., Mangone, A., ... & Milham, M. P. (2017). An open resource for transdiagnostic research in pediatric mental health and learning disorders. Scientific data, 4(1), 1-26.
2 Project: Multimodal Resource for Studying Information Processing in the Developing Brain (MIPDB)
該項目包括6-44歲（n=126）年輕人群的靜息和任務腦電圖數據。
主頁：https://fcon_1000.projects.nitrc.org/indi/cmi_eeg/index.html
數據下載：https://fcon_1000.projects.nitrc.org/indi/cmi_eeg/eeg.html
論文：Langer, N., Ho, E. J., Alexander, L. M., Xu, H. Y., Jozanovic, R. K., Henin, S., ... & Kelly, S. P. (2017). A resource for assessing information processing in the developing brain using EEG and eye tracking. Scientific data, 4(1), 1-20.
2.2 Physionet
Physionet 是生理數據的存檔，並且在「neuroelectric」標籤下包括一些EEG數據。
主頁：https://physionet.org/
數據下載：https://physionet.org/data/#neuro
論文：Goldberger, A. L., Amaral, L. A., Glass, L., Hausdorff, J. M., Ivanov, P. C., Mark, R. G., ... & Stanley, H. E. (2000). PhysioBank, PhysioToolkit, and PhysioNet: components of a new research resource for complex physiologic signals. circulation, 101(23), e215-e220.
此外，公開可獲取的EEG數據集有：EEG Motor Movement / Imagery (n=109): https://archive.physionet.org/pn4/eegmmidb/ 等。
2.3 Patient Repository for EEG Data + Computational Tools (PREDICT)
PREDICT是EEG數據的存儲庫，專注於患者數據（在研究設置中收集）
主頁：http://predict.cs.unm.edu/
數據下載：http://predict.cs.unm.edu/downloads.php
論文：Cavanagh, J. F., Napolitano, A., Wu, C., & Mueen, A. (2017). The patient repository for EEG data+ computational tools (PRED+ CT). Frontiers in neuroinformatics, 11, 67.
2.4 Temple University Hospital (TUH) Corpus
THU Corpus是臨床情況下記錄的大量腦電圖（醫院數據）。
主頁：https://www.isip.piconepress.com/projects/tuh_eeg/
數據下載：https://www.isip.piconepress.com/projects/tuh_eeg/html/request_access.php
論文：Obeid, I., & Picone, J. (2016). The temple university hospital EEG data corpus. Frontiers in neuroscience, 10, 196.
2.5 EEGbase
EEGbase是電生理數據的資料庫。註：您首先需要註冊，然後網站上有「添加到購物車」和「完整訂單」工作流程，但是數據集是免費的。
主頁：https://eegdatabase.kiv.zcu.cz/
論文列表：http://www.nnw.cz/obsahy12.html#22.016
目前以提供的可用的數據集有：
論文：https://doi.org/10.1186/2047-217X-3-35
（請注意，該數據在GigaDB上也可用）
論文：https://doi.org/10.1038/sdata.2016.121
論文：https://doi.org/10.1093/gigascience/gix002
論文：https://doi.org/10.5220/0006249504410450
2.4 Neuroimaging Tools & Resource Collaboratory (NITRC)
NITRC是用於神經影像工具，資源和數據集的通用存儲庫社區委員會。通常，具有比列出的數據集更多的工具，並且沒有關於EEG的特定信息，但是它確實包含一些可用的EEG數據集。
主頁：https://www.nitrc.org/
論文：Kennedy, D. N., Haselgrove, C., Riehl, J., Preuss, N., & Buccigrossi, R. (2016). The NITRC image repository. NeuroImage, 124, 1069-1073.
可用的數據集包括：
2.5 ERP Core
ERP-CORE（開放資源和實驗綱要）資源包含實驗範例和腳本，ERP的示例數據和示例處理腳本，包括N170，MMN，N2pc，N400，P3，LRP，以及ERN。關於此內容的更多詳情可查閱：ERP CORE：事件相關電位研究的開放資源
主頁：https://osf.io/thsqg/
論文：Kappenman, E. S., Farrens, J. L., Zhang, W., Stewart, A. X., & Luck, S. J. (2021). ERP CORE: An open resource for human event-related potential research. NeuroImage, 225, 117465.
2.6 BNCI Horizon 2020
BNCI Horizon 2020專門收集和BCI相關的EEG數據集。
主頁：http://bnci-horizon-2020.eu/database/data-sets
2.7 Montreal Archive of Sleep Studies (MASS)
MASS是來自醫院睡眠實驗室的大約200名參與者的整夜睡眠記錄的集合。
主頁：https://massdb.herokuapp.com/en/
數據下載：https://massdb.herokuapp.com/en/get-access/
論文：O'reilly, C., Gosselin, N., Carrier, J., & Nielsen, T. (2014). Montreal Archive of Sleep Studies: an open‐access resource for instrument benchmarking and exploratory research. Journal of sleep research, 23(6), 628-635.
2.8 National Sleep Research Resource
NSRR提供大量生理信號的資源，包括來自研究和臨床研究的含EEG的多導睡眠圖記錄。
主頁：https://sleepdata.org/
數據下載：https://sleepdata.org/datasets
論文：Dean, D. A., Goldberger, A. L., Mueller, R., Kim, M., Rueschman, M., Mobley, D., ... & Redline, S. (2016). Scaling up scientific discovery in sleep medicine: the National Sleep Research Resource. Sleep, 39(5), 1151-1164.
2.9 Individual EEG Datasets (Research Systems)
提供來自實驗室研究者收集的EEG數據。
Motor Imagery BCI Data (n=52):
數據：http://gigadb.org/dataset/100295
論文：https://doi.org/10.5524/100295
Simultaneous EEG & NIRS during cognitive tasks (n=26):
數據：https://depositonce.tu-berlin.de//handle/11303/6271.2
論文：https://doi.org/10.1038/sdata.2018.3
EEG during grasp and lift (n=12): Data - Paper
數據：https://doi.org/10.6084/m9.figshare.988376
論文：https://doi.org/10.1038/sdata.2014.47
EEG, MEG & fMRI data with perceptual task (n=19):
數據：https://www.nitrc.org/projects/vep_eeg_raw
論文：https://doi.org/10.1016/j.dib.2017.11.032
EEG data with TMS with visual perception task (n=16):
數據：https://datadryad.org/resource/doi:10.5061/dryad.1nr07
論文：https://doi.org/10.1038/sdata.2016.65
EEG with Motion Capture during treadmill walking (n=8):
數據：https://doi.org/10.6084/m9.figshare.c.3894013.v1
論文：https://doi.org/10.1038/sdata.2018.74
EEG data with a visual working memory task, ERP design (n=104):
數據：https://osf.io/a65xz/
論文：https://doi.org/10.1093/cercor/bhx336
EEG data with a visual working memory task, CDA design (n=76):
數據：https://osf.io/8xuk3
論文：https://doi.org/10.1162/jocn_a_01233
EEG data with a covert visual spatial attention task (n=50):
數據：https://osf.io/m64ue
論文：https://doi.org/10.1177/0956797617699167
OpenMIIR: EEG data during music perception and imagination (n=10):
數據：http://www.ling.uni-potsdam.de/mlcog/OpenMIIR-RawEEG_v1/
主頁：http://www.owenlab.uwo.ca/research/the_openmiir_dataset.html
DEAP: Database for Emotion Analysis, EEG data + video recording, while watching videos (n=32):
數據：http://www.eecs.qmul.ac.uk/mmv/datasets/deap/
論文：https://doi.org/10.1109/T-AFFC.2011.15
A collection of EEG tasks with speech studies (n=84, split across 5 tasks):
數據：https://doi.org/10.5061/dryad.070jc
論文：https://doi.org/10.1016/j.cub.2018.01.080
Multi-modal (EEG, EMG, EOG) recordings during movement tasks (n=25):
數據：http://dx.doi.org/10.5524/100788
論文：https://doi.org/10.1093/gigascience/giaa098
EEG BCI recordings during mental imagery, across sessions & interaction paradigms (n=13):
數據：https://doi.org/10.6084/m9.figshare.c.3917698.v1
論文：https://doi.org/10.1038/sdata.2018.211
EEG resting state data, with MRI anatomical scans (n=12)
數據：https://doi.org/10.5061/dryad.v9f16
論文：https://doi.org/10.1371/journal.pone.0146845
Multi-day, multi band SSVEP dataset for BCI applications (n=30):
數據：https://doi.org/10.5524/100660
論文：https://doi.org/10.1093/gigascience/giz133
Multi-day, dataset from sleep (naps) recorded after visual working memory task (n=22):
數據：https://osf.io/chav7/
論文：https://doi.org/10.1016/j.dib.2018.04.073
EEG dataset from subjects viewing images (n=24):
數據：https://doi.org/10.12751/g-node.bcccab
論文：https://doi.org/10.1016/j.dib.2019.103857
2.10 Individual EEG Datasets (Consumer Systems)
提供收集的關於消費者的EEG數據。
ImageNet of the Brain from MindBigData (n=1 with 70,000 trials):
數據：http://mindbigdata.com/opendb/imagenet.html
2.11 Other lists of EEG Data
還有一些其他可用的EEG數據列表，包括：
第三部分 MEG數據
此部分主要介紹公開可用的MEG數據或帶有MEG數據的項目。
3.1 Open MEG Archive (OMEGA)
OMEGA是MEG數據的開放式存儲庫，研究人員均在其存儲數據。
主頁：https://www.mcgill.ca/bic/resources/omega
論文：Niso, G., Rogers, C., Moreau, J. T., Chen, L. Y., Madjar, C., Das, S., ... & Baillet, S. (2016). OMEGA: the open MEG archive. Neuroimage, 124, 1182-1187.
3.2 Human Connectome Project (HCP)
Human-Connectome項目是一個大型的多站點項目，主要關注MRI，但包含MEG數據的子集。
主頁：https://www.humanconnectome.org/study/hcp-young-adult
3.3 Cambridge Center for Ageing Neuroscience (CAMCAN)
CAMCAN包含來自大型隊列的任務和休息數據，年齡在18-88歲之間（n = 652）。
主頁：https://camcan-archive.mrc-cbu.cam.ac.uk/
3.4 Individual MEG Dataset
數據：https://osf.io/m25n4/
論文：https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005938
數據：https://openneuro.org/datasets/ds000117/versions/1.0.0
論文：https://doi.org/10.1038/sdata.2015.1
數據：http://mhug.disi.unitn.it/wp-content/DECAF/DECAF.html
第四部分 人體顱內數據
本節包含人類參與者的顱內數據（僅在臨床背景下收集），包括腦電圖（ECoG）數據集（有時也稱為顱內EEG（iEEG）或立體腦電圖（sEEG））以及任何可用的人類單項單位數據。
4.1 MNI Open iEEG Atlas
MNI Open iEEG地圖集是來自多中心收集項目（n = 106）的iEEG數據的存儲庫。
主頁：https://mni-open-ieegatlas.research.mcgill.ca/
4.2 iEEG.org
iEEG.org是NIH支持的顱內EEG數據存儲庫。
主頁：https://www.ieeg.org/
4.3 University of Pennsylvania Computational Memory Lab
主頁：https://memory.psych.upenn.edu/Electrophysiological_Data
主頁：https://memory.psych.upenn.edu/RAM
4.4 Stanford Collection of ECoG Data
主頁：https://purl.stanford.edu/zk881ps0522
論文：Miller, K. J., Hermes, D., Pestilli, F., Wig, G. S., & Ojemann, J. G. (2017). Face percept formation in human ventral temporal cortex. Journal of neurophysiology, 118(5), 2614-2627.
4.5 Individual ECoG Datasets
主頁：https://camcan-archive.mrc-cbu.cam.ac.uk/
論文：Nejedly, P., Kremen, V., Sladky, V., Cimbalnik, J., Klimes, P., Plesinger, F., ... & Worrell, G. (2020). Multicenter intracranial EEG dataset for classification of graphoelements and artifactual signals. Scientific data, 7(1), 1-7.
4.6 Human Single Unit Data
主頁：https://osf.io/hv7ja/
分析代碼：https://github.com/rutishauserlab/recogmem-release-NWB
論文：Chandravadia, N., Liang, D., Schjetnan, A. G. P., Carlson, A., Faraut, M., Chung, J. M., ... & Rutishauser, U. (2020). A NWB-based dataset and processing pipeline of human single-neuron activity during a declarative memory task. Scientific data, 7(1), 1-12.
主頁：https://gin.g-node.org/USZ_NCH/Human_MTL_units_scalp_EEG_and_iEEG_verbal_WM
論文：Boran, E., Fedele, T., Klaver, P., Hilfiker, P., Stieglitz, L., Grunwald, T., & Sarnthein, J. (2019). Persistent hippocampal neural firing and hippocampal-cortical coupling predict verbal working memory load. Science advances, 5(3), eaav3687.
第五部分 動物LFP數據
本節包含人類參與者的顱內數據（僅在臨床背景下收集），包括腦電圖（ECoG）數據集（有時也稱為顱內EEG（iEEG）或立體腦電圖（sEEG））以及任何可用的人類單項單位數據。
5.1 NeuroTycho
NeuroTycho主要為大多數猴子ECoG的數據集。
主頁：http://neurotycho.org/
5.2 Collaborative Research in Computational Neuroscience (CRCNS)
主要是動物模型，包括細胞外錄音，以及一些動物模型ECoG和iEEG的數據收集。
主頁：https://www.ieeg.org/
數據下載：https://crcns.org/data-sets/
論文：Teeters, J. L., Harris, K. D., Millman, K. J., Olshausen, B. A., & Sommer, F. T. (2008). Data sharing for computational neuroscience. Neuroinformatics, 6(1), 47-55.
5.3 Buzsáki Lab Webshare
其中包含在Buzsáki實驗室中從齧齒動物收集的電生理數據集。
主頁：https://buzsakilab.com/wp/
數據下載：https://buzsakilab.nyumc.org/datasets/
5.4 Individual LFP Datasets
主頁：https://gin.g-node.org/INT/multielectrode_grasp
論文：Brochier, T., Zehl, L., Hao, Y., Duret, M., Sprenger, J., Denker, M., ... & Riehle, A. (2018). Massively parallel recordings in macaque motor cortex during an instructed delayed reach-to-grasp task. Scientific data, 5(1), 1-23.
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排版：華華
校對：喵君姐姐
作者：Tom Donoghue
文章轉載自公眾號：流浪心球
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