隨著房地產行業的不斷發展，房地產開發企業創造高額利潤的同時也帶來了高稅負，稅收作為房地產開發企業外部成本來說，客觀上影響了其經濟收益。土地增值稅就是較大的影響因素，是影響收益較大的稅種之一，如何在土地增值稅清算中有效地降低稅費而保證企業收益，是當前房地產開發企業需要重點思考的問題，因為它關係到自身的生存和發展。本文針對房地產企業土地增值稅的清算展開討論，首先分析了其清算流程，然後點明了土地增值稅清算的具體過程。
一、明確土地增值稅清算的具體要求，優先備好各項材料
土地增值稅是對有償轉讓國有土地使用權及地上建築物和其他附著物產權，取得增值收入的單位和個人徵收的一種稅。參照國家相關的稅務法規，凡是達到以下標準的個人或經濟組織都要參與土地增值稅的繳納：
一是房地產各項目徹底被完成、並已經全部售出；
二是沒有建設完成的項目但是被整個轉讓出去的；
三是直接將土地使用權進行有償轉讓獲得轉讓費用的。
凡是達到了以下條件的，主管稅務機關就應該命令其行為主體承擔增值稅繳納義務：
一是已經建設完畢並被驗收的項目，
二是所轉讓的項目面積達到總體規模的百分之八十五以上，以及尚未達到這一比重，然而，除轉讓後的其他面積已經被出租；
三是已經手持銷售許可證，然而樓盤卻在三年時間內沒能徹底售出的；
四是房產經濟主體已經申請了稅務註冊登記，卻沒有履行增值稅繳納義務的；
五是國家稅務機關規定的其他情況。
對達到清算條件應當進行清算的納稅人，應準備報送清算資料：
《房地產開發項目土地增值稅清算鑑證報告》、國有土地使用權證書、建設用地許可證、建設工程規劃許可證、銷（預）售許可證、詳細規劃總平面圖複印件；取得土地使用權所支付金金額的憑證、項目工程合同結算單、商品房購銷合同統計表、銀行貸款合同及利息結算證明材料、房地產開發項目工程決算及竣工驗收報告、無償提供公共配套設施及無償提供給有關單位的證明材料、財務會計報表等。
二、明確項目收入及其應注意的問題
土地增值稅納稅人轉讓房地產所取得的收入減除規定的扣除項目金額後的餘額，為增值額。準確核算增值額，還需要有準確的房地產轉讓收入及扣除項目的金額。針對這種情況就需要房地產開發商將房地產項目作為清算目標，對每一個項目的各項情況進行全面、細緻、精準地核算。
在確認收入時，以全額的方式，開出房產銷售發票，以發票上面登記的錢數為標準；沒開發票，以及發票尚未以全額的方式開出的，可以將買賣方的交易合約作為參考對象，合約中的交易金額作為交易標準；銷售合同書面上的房產面積不符合現實中所測得的面積的，在清算前房款已經給補還的，必須在增值稅計算時對應做出調整。
現實情況下，房地產開發商一般是將已經轉為銷售收入的預收帳款科目借方金額形成銷售明細表，一般以樓號為單位來製作明細表，其中涵蓋：銷售合同編號、客戶姓名、銷售面積、每平米的價格、房款合計數等等。需要對清算穗項目銷售明細表的金額進行核對，確保同一項目已經結轉的收入金額與銷售合同、銷售發票金額相一致。
對銷售收入加以核對的過程中需要引起注意的收入確定問題：
第一，房產企業把所開發的房產用在員工身上，例如：各種福利待遇等等，以及用來償還外債、或者以各種方式來取得非貨幣性資產等，一旦出現所有權轉移則視作和房產銷售性質相同；
第二，將開發的房產中的一部分為自己所用，例如：租賃他人、或自行開展商業經營活動等等，仍保有自身產權，未被轉讓的，則不納入土地增值稅核算範圍。
在確認收入的同時，合理確定住宅類型，也就是是否為普通住宅，如果是普通住宅則要合法享受普通住宅增值稅優惠政策，國家規定：普通住宅增值額在20%以內的免稅。另外，需要注意誠意金、訂金、退房違約金對土地增值稅清算的影響。
三、確認土地增值稅扣除項目應注意的問題
明確收入後，就需要進一步確認清算項目有關的扣除項目金額。開發商在房地產開發過程中必然會涉及到一系列過程，每一個過程都要獲得或付出一定的資金，但無論哪一個過程都必須出具合法證件，例如：為獲土地使用權的付出、施工建設的費用成本等等。不允許出現雖然持有合法憑證，但卻沒有實際繳納稅款的不良現象，因為這會在很大程度上影響納稅的威嚴。
第一，取得土地使用權所支付的金額，要在符合法定程序的前提下得到有效憑據的支持，也就是要有國土資源部提供的合法證據，與之相對應的契稅也要達到國家的法定標準。
對於拆遷安置問題，房地產企業用建造的本項目房地產安置回遷戶的，要嚴格依照法規與合約規定來將此確認為拆遷補償費。支付給回遷戶的補差價款，計入拆遷補償費；回遷戶支付給房地產開發企業的補差價款應抵減本項目拆遷補償費。
第二，房產開發商在房產開發整個過程中涉及到多道程序，每一道程序都會涉及到一些費用，例如：前期原料籌備費、建設施工費、基礎設施費、開發間接費用應據實扣除，要同具體的文件報告保持一致，這些文件包括：決算文件、施工合約文件、工程結算文件……
工程建設完成並被驗收以後，參照合約內容，需要將工程安裝企業的一部分工程費用扣除，扣除的費用充當項目開發的質量擔保，工程安裝企業憑藉這部分質量擔保金來向房產企業申請發票，土地增值稅要根據發票中的金額數量來進行核算；相反，沒有發票的，扣留的質保金不得計算扣除。開發商由於工程進度落後，導致建設工期超時完工所繳納的土地閒置費不作為增值稅核算項目。房產企業對自身裝潢的房產用於銷售，其中所涉及的裝潢花銷歸入成本範圍。
第三，房產開發上在房屋建設的同時，與之相聯繫建設的各項房產配套設施，例如：交通設備停放場、物業管理單位、幼兒園、等各項公共設施在落成以後，產權為所有業主共同享有，將所建設的房產不收取任何費用上交給國家行政機構、公立事業單位等等用於支持國家非商業事業，其成本、費用可以扣除；所建設房產進行有償轉讓的，則要對收入進行核算，同時要扣除成本、費用。
第四，房產開放商自行建設的房產銷售服務建築、以及一些施工中搭建的樣板房等則要依照具體情況針對性處理：
1、開發商在施工地點建設的暫時性房屋，例如：房屋銷售中心、供工人居住的樣板房等在建設、室內設計過程中出現的花銷要列進房產銷售中扣除。
2、在這些臨時性建築物內進行的室內設計、裝飾等所產生的花銷，在完工後如果發生了有償轉讓，則要將轉讓收入列入土地增值稅開發成本中，予源以扣除。
最後，房地產企業可以按照取得土地使用權所支付的金額與房地產開發成本金額之和的20%予以加計扣除。