一、房地產項目完工後要進行土地增值稅清算
我國土地增值稅執行的是預徵加清算的制度，即在房地產項目整體竣工銷售完畢前，先按銷售（含預售）額的一定比例（一般為1%到2%）預徵一部分稅，待整體項目竣工銷售完畢再依照稅法規定的計算方法進行全面的清算，多退少補。由於預徵率相對比較低，在項目結束後往往都要補稅，退稅的情況很少。
二、土地增值稅清算以項目為單位
土地增值稅的計算是以政府部門審批規劃的單個項目為單位，如果同一個項目分期進行開發，還要進一步以每一期為清算單位，分別計算其增值額及應交的土地增值稅額。
土地增值稅與企業所得稅不同，企業所得稅是以年為單位，對年度內所有項目的所得進行症候群收。而土地增值稅計算以項目為單位，一個項目跨幾個年度完成，要在項目完成的那個年度進行土地增值稅清算。
三、土地增值稅率是最高的
在房地產企業涉及的所有稅種中，土地增值稅的稅率是最高的。我國現行企業所得稅的稅率是25%,而土地增值稅的稅率按照增值額與扣除項目金額的比率，分別為30%、40%、50%和60%。我國土地增值稅適用的是超率累進稅率。
土地增值稅的稅率
四、土地增值稅的計稅依據是項目的增值額
某項目的應納土地增值稅額=項目增值額*稅率。項目增值額是納稅人轉讓房地產取得的收入減除取得土地使用權所支付的金額、開發土地的成本和費用、新建房及配套設施的成本和費用、與轉讓房地產有關稅金等扣除項目後的餘額。
五、土地增值稅的清算條件
按照《國家稅務總局關於房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》的文件要求，土地增值稅清算條件分為兩種情形，一種情形是企業應該主動申報清算，另一種是由稅務機關通知企業進行申報清算。
符合下列情形之一的，納稅人應主動申報進行土地增值稅的清算：
1.房地產開發項目全部竣工、完成銷售的；
2.整體轉讓未竣工決算房地產開發項目的；
3.直接轉讓土地使用權的。
符合下列情形之一的，主管稅務機關可要求納稅人進行土地增值稅清算：
1.已竣工驗收的房地產開發項目，已轉讓的房地產建築面積佔整個項目可售建築面積的比例在85%以上，或該比例雖未超過85%，但剩餘的可售建築面積已經出租或自用的；
2.取得銷售(預售)許可證滿三年仍未銷售完畢的；
3.納稅人申請註銷稅務登記但未辦理土地增值稅清算手續的。
六、以房抵債等也要視同銷售計入清算收入
以房抵債、拆遷還建等將房產用於非貨幣性交易也要視同銷售計入清算收入
開發商將自己開發的產品抵頂工程款或採用拆遷還建方式對被拆遷人進行實物安置，雖然未取得貨幣收入，但是按照稅法的規定屬於取得了其他形式的經濟利益，也應該視同於取得了貨幣收入繳納土地增值稅。
稅法規定房地產開發企業將開發產品用於職工福利、獎勵、對外投資、分配給股東或投資人、抵償債務、換取其他單位和個人的非貨幣性資產等，發生所有權轉移時應視同銷售房地產,其收入按下列方法和順序確認：
.按本企業在同一地區、同一年度銷售的同類房地產的平均價格確定；
.由主管稅務機關參照當地當年、同類房地產的市場價格或評估價值確定。
七、房地產企業建造普通標準住宅有稅收優惠
為了鼓勵房地產企業積極開發普通標準住宅，國家制定了相應的稅收政策給予房地產企業一定的稅收優惠。
稅法規定納稅人建造普通標準住宅出售，增值額未超過扣除項目金額20%的免徵土地增值稅。但要注意納稅人既建普通標準住宅又搞其他房地產開發的，應分別核算增值額。不分別核算增值額或不能準確核算增值額的，其建造的普通標準住宅不能適用免稅規定。
八、劃分普通標準住宅的三個標準
《國務院辦公廳轉發建設部等部門關於做好穩定住房價格工作意見的通知》規定享受優惠政策的住房原則上應同時滿足以下條件：
住宅小區建築容積率在1.0以上、單套建築面積在120平方米以下、實際成交價格低於同級別土地上住房平均交易價格1.2倍以下。
各省、自治區、直轄市根據實際情況，制定本地區享受優惠政策普通住房的具體標準。允許單套建築面積和價格標準適當浮動，但向上浮動的比例不得超過上述標準的20%。
高級公寓、別墅、度假村等不屬於普通標準住宅。
九、土地成本和開發建設成本可以加計扣除
上世紀90年代在出臺土地增值稅政策之初為了促進經濟發展，鼓勵基礎設施建設，國家在稅收上給予房地產開發企業一定的支持，稅法規定從事房地產開發的納稅人可按取得土地成本和房地產開發建設成本的金額之和，加計百分之二十的扣除。其意義主要在於抑制房地產的炒賣炒賣，但要鼓勵對房地產進行開發建設，此條政策一直延續至今。但是隨著我國經濟形式以及房地產市場的發展，此條政策是否會調整還不得而知，也許會成為下一個土地增值稅政策調整的突破點。
十、房地產開發費用的扣除有比例限制
房地產開發費用包括在房地產項目開發建設過程中發生的與該項目開發建設有關的管理費用、銷售費用和財務費用。房地產開發費用的扣除分兩種情況：
1、財務費用中的利息支出，凡能夠按轉讓房地產項目計算分攤並提供金融機構證明的，允許據實扣除，但最高不能超過按商業銀行同類同期貸款利率計算的金額。其他房地產開發費用，按取得土地成本和房地產開發建設成本計算的金額之和的百分之五以內計算扣除。
2、財務費用中的利息支出凡不能按轉讓房地產項目計算分攤利息支出或不能提供金融機構證明的，房地產開發費用按取得土地成本和房地產開發建設成本計算的金額之和的百分之十以內計算扣除。
十一、並非銷售價格越高項目利潤也越高
土地增值稅採用的是超率累進稅率，項目增值額越高稅率越高，而且稅率級差較大，為10%。當某個房地產項目在增值額在稅率級差的臨界點時，可能收入稍高一點會造成增值額超過臨界點而適用高一級的稅率，直接增加10%的增值稅額，得不償失。所以在項目定價時如果能夠進行周密的測算，可以避免此類事情的發生，最好把土地增值稅的影響也能作為項目定價的參考因素之一。
十二、新房與舊房在計算土地增值稅時方法不同
我國稅法規定轉讓新建房與轉讓舊房計算土地增值稅的方法有區別。新建房轉讓按照新建房的土地成本、開發建設成本、費用、稅金以開發建設單位帳面成本為基礎逐項扣除。而轉讓舊房的，應按房屋及建築物的評估價格、取得土地使用權所支付的地價款和按國家統一規定交納的有關費用以及在轉讓環節繳納的稅金作為扣除項目金額計徵土地增值稅。
在轉讓舊房時由政府批准設立的房地產評估機構評定的重置成本價乘以成新度折扣率確定評估價格。評估價格須經當地稅務機關確認。
新建房是指建成後未使用的房產。凡是已使用一定時間或達到一定磨損程度的房產均屬舊房。
十三、土地增值稅也可以定稅
房地產開發企業有下列情形之一的，稅務機關可以參照與其開發規模和收入水平相近的當地企業的土地增值稅稅負情況，按不低於預徵率的徵收率核定徵收土地增值稅：
(一)依照法律、行政法規的規定應當設置但未設置帳簿的；
(二)擅自銷毀帳簿或者拒不提供納稅資料的；
(三)雖設置帳簿，但帳目混亂或者成本資料、收入憑證、費用憑證殘缺不全，難以確定轉讓收入或扣除項目金額的；
(四)符合土地增值稅清算條件，未按照規定的期限辦理清算手續，經稅務機關責令限期清算，逾期仍不清算的；
(五)申報的計稅依據明顯偏低，又無正當理由的。
由於土地增值稅是地方稅種，地方政府根據本地情況規定的核定徵收率差異很大。目前核定徵收率最低的是吉林省，普通標準住宅的是0.5%，非普通標準住宅是1%-3%；核定徵收率最高的是大連市，普通標準住宅的是6%；非普通標準住宅是8%-9%。
十四、開發產品轉為自用或出租不徵土地增值稅
我國稅法規定轉讓國有土地使用權、地上的建築物及其附著物並取得收入的單位和個人，為土地增值稅的納稅義務人，應當繳納土地增值稅。轉讓國有土地使用權、地上的建築物及其附著物並取得收入，是指以出售或者其他方式有償轉讓房地產的行為。
房地產開發企業將開發的部分房地產轉為企業自用或用於出租等商業用途時，如果產權未發生轉移，不徵收土地增值稅，在稅款清算時不列收入，不扣除相應的成本和費用。
為了減輕土地增值稅的壓力，一些開發商根據項目情況經過測算已經轉變了經營策略，變出售為出租。
十五、公共配套設施有不同的處理方法
房地產開發企業開發建造的與清算項目配套的居委會和派出所用房、會所、停車場(庫)、物業管理場所、變電站、熱力站、水廠、文體場館、學校、幼兒園、託兒所、醫院、郵電通訊等公共設施，按以下原則處理：
1.建成後產權屬於全體業主所有的，其成本、費用可以扣除；
2.建成後無償移交給政府、公用事業單位用於非營利性社會公共事業的，其成本、費用可以扣除；
3.建成後有償轉讓的，應計算收入，並準予扣除成本、費用。
十六、代收費用如何處理
對於縣級及縣級以上人民政府要求房地產開發企業在售房時代收的各項費用，如果代收費用是計入房價中向購買方一併收取的，可作為轉讓房地產所取得的收入計稅；如果代收費用未計入房價中，而是在房價之外單獨收取的，可以不作為轉讓房地產的收入。
對於代收費用作為轉讓收入計稅的，在計算扣除項目金額時，可予以扣除，但不允許作為加計２０％扣除的基數；對於代收費用未作為轉讓房地產的收入計稅的，在計算增值額時不允許扣除代收費用。
十七、扣除憑證很重要
土地增值稅清算文件規定，扣除取得土地使用權所支付的金額、房地產開發成本、費用及與轉讓房地產有關稅金，須提供合法有效憑證；不能提供合法有效憑證的，不予扣除。
由於土地增值稅是以轉讓房地產取得的收入減去扣除項目後的差額為計稅依據的，扣除項目大小直接影響了應納土地增值稅的多少，所以作為扣除項目依據證明的扣除憑證就顯得非常重要。各地方稅務機關非常重視扣除憑證的重要性，根據各地情況紛紛細化了對扣除憑證的要求。
十八、四項建安成本項目有定額
為了防止房地產開發公司利用虛列支出、抬高成本來逃避土地增值稅，一些地方規定了部分開發成本項目的造價參考標準。如北京、大連等地規定清算項目中的前期工程費、建築安裝工程費、基礎設施費、開發間接費用的每平方米建安成本扣除額，明顯高於當地地方稅務局制定的《分類房產單位面積建安造價表》中公布的每平方米工程造價金額，又無正當理由的，按照《分類房產單位面積建安造價表》中核定的每平方米建安成本扣除。
十九、轉讓房地產不辦理產權證也要繳納土地增值稅
有些人在轉讓房地產時籤訂君子協定，約定房地產實質轉讓，但不變更產權證或推遲辦理，以為這樣可以逃避土地增值稅，這樣理解是錯誤的。
《國家稅務總局關於未辦理土地使用權證轉讓土地有關稅收問題的批覆》文件規定土地使用者轉讓、抵押或置換土地，無論其是否取得了該土地的使用權屬證書，無論其在轉讓、抵押或置換土地過程中是否與對方當事人辦理了土地使用權屬證書變更登記手續，只要土地使用者享有佔有、使用、收益或處分該土地的權利，且有合同等證據表明其實質轉讓、抵押或置換了土地並取得了相應的經濟利益，土地使用者及其對方當事人應當依照稅法規定繳納營業稅、土地增值稅和契稅等相關稅收。
二十、會計核算對土地增值稅具有很大影響
土地增值稅清算文件要求在計算土地增值稅時對普通標準住宅和非普通標準住宅要分別核算。在分別核算時，對於收入分別核算比較容易實現，但對於成本費用分別核算卻比較難於操作。一般情況下非普通標準住宅的售價要高於普通標準住宅，但同時非普通標準住宅的成本也會高於普通標準住宅，而且建造普通標準住宅出售，增值額未超過扣除項目金額20%的免徵土地增值稅。所以能夠合理準確的分別核算普通標準住宅和非普通標準住宅的成本將直接決定土地增值稅的多少。
結束語
從以上內容來看土地增值稅確實是房地產行業涉及的非常重要的稅種，由於其稅負高、計算複雜、政策性強、變化快，一般企業難於掌握，現在很多房地產開發企業已經認識到土地增值稅的重要性，紛紛委託專業機構進行策劃，北京的致通振業稅務顧問公司還專門研製了模擬土地增值稅清算服務體系，使房地產企業在稅務機關正式土地增值稅清算之前自我摸底測試，進行及時的補救和安排。房地產企業管理者更應該運籌帷幄、合理決策，使企業減少不必要的損失，獲取最大的稅務權益。