人體的腸道內存在大量細菌、病毒和攝取的食物，即是外來的抗原。腸黏膜通過免疫性機制構成「黏膜屏障」，阻止抗原進入體內或控制機體對侵入抗原的免疫反應。
如果這些黏膜屏障作用減弱或喪失，抗原便進入人的體內，激發人體產生主要為ｌｇＥ型的抗體，人體的肥大細胞和嗜鹼粒細胞表面有高親和力受體，能結合ｌｇＥ抗體，一旦暴露於相應抗原後，便引起不同類型的胃腸疾患，臨床上統稱為過敏性腹瀉。
食物過敏症主要是乳蛋白和大豆蛋白過敏，牛奶中至少含有20種抗原性蛋白，健康兒童約0．3％－0．7％對牛奶過敏，而有過敏體質的兒童約30％對牛奶過敏。
臨床上主要表現為腹瀉，大便可呈爛便，也可為暴發性水樣瀉，常帶粘液和血。可早在2個月齡時出現症狀，6個月至14歲患者可出現較嚴重全身症狀，如溼疹、哮喘、過敏性鼻炎、貧血、發育營養障礙。血清中有抗牛奶沉澱性抗體，從飲食中剔除牛奶後症狀立即緩解。大豆蛋白過敏的人常有水樣瀉和便血，診斷在於發現大便中有抗大豆蛋白的抗體，停食大豆後症狀可迅速緩解。
急性出血性壞死性小腸炎新近發現人體腸內有種Ｃ型產氣莢膜桿菌分泌的Ｂ毒素的一種過敏反應，病變主要在空、迴腸處，腸壁出血、壞死和潰瘍。起病急驟、腹痛開始後即有腹瀉，日2－10次不等，糞便初為糊狀，後漸為黃水狀，不久即為血性，無裡急後重。嚴重者發熱和中毒性休克及腸麻痺。治療：早期應完全禁食，除了全身支持、防治感染、抗休克外，可應用胰蛋白酶製劑口服，可分解Ｂ毒素，也可採用色苷酸二鈉穩定肥大細胞，抑制過敏反應。
乳糜瀉本病是對進食小麥、大麥中的麥膠（俗稱麵筋）的一種反應，病理變化在於小腸黏膜絨毛萎縮、變形，實質上是種營養物質吸收不良症候群，臨床上80％－97％的病人有腹瀉，表現為脂肪瀉，糞便色淡、量多、油脂狀，浮於水面，每日大便數次至10餘次。也可有非特異性腹痛、腹脹。從飲食中排除麥膠後症狀可迅速緩解。本病是環境、遺傳和免疫因素相互作用的結果，具有遺傳傾向。確定診斷後，針對病因進行綜合替補療法，避免食用含麥膠飲食，補充各種維生素和糾正水電解質的平衡失調。
嗜酸粒細胞性胃腸炎以胃壁或腸壁嗜酸細胞浸潤為特徵的慢性疾病，80％有胃腸道症狀。臨床上表現為腹瀉、腹痛、貧血、丟失蛋白等腸道病變和吸收不良症候群，嚴重者出現梗阻和腹水，病人常有過敏的個人史和家族史，某些病人攝食某些食物後，血清ｌｇＥ水平升高，提示本病的過敏體質。首選治療是避免引起胃腸過敏的食物，間歇使用糖皮質激素如強的松對本病有良好效果，無效者可用免疫製劑巰唑嘌呤，也可與強的松聯合應用，局限型可手術治療。本病是一種自限性變態反應性疾病，雖可反覆發作，但愈後良好。