目前乳酸菌、丁酸梭菌與嗜酸乳桿菌在水產應用中非常多，而許多養殖戶經常把乳酸菌與丁酸梭菌混為一談，認為丁酸梭菌與乳酸菌是一樣的作用，那麼究竟它們有什麼區別呢？
乳酸菌：
乳酸菌是一類能利用可發酵碳水化合物產生大量乳酸的細菌的統稱。這類細菌在自然界分布極為廣泛，具有豐富的物種多樣性，至少包含18個屬，共200多種。 除極少數外，其絕大部分都是人體內必不可少的、且具有重要生理功能的菌群，廣泛存在於人體的腸道中。
乳酸菌不僅是研究分類、生化、遺傳、分子生物學和基因工程的理想材料（在理論上具有重要的學術價值），而且在工業、農牧業、食品和醫藥等與人類生活密切相關的重要領域具有極高的應用價值。
1、調節腸道菌群平衡
乳酸菌具體改善腸道有益菌的生存環境，切斷了病毒傳染的途徑，抑制有害細菌在腸道中的生長。
2、促進營養轉化
乳酸菌在水生動物體內可以繁殖產生乳酸，使水生動物的腸道環境偏酸性，並產生一系列的消化酶，有利於物質的分解，促進水生動物的營養吸收。
3、提高採食量
乳酸菌可以促進水生動物腸道消化，降低料比，提高飼料的利用率，增加能量消耗，提高水生動物的生長速度。
4、調節水生動物免疫功能
乳酸菌能夠刺激異性免疫應答，促進T/B淋巴細胞的增值，加強細胞免疫，增強水生動物的免疫能力。
5、淨化水質
乳酸菌發酵潑水可以抑制水體中的有害物質，分解水體中的殘餌，改善水體環境，抑制有害菌的生長，淨化水質。
6、調節水體PH值
乳酸菌在水體是呈現酸性的，潑水可以快速降解水體中的PH.
丁酸梭菌：
丁酸梭菌又名酪酸菌，丁酸梭狀芽孢桿菌，丁酸菌。是1933 年由日本千葉醫科大學宮入近治博士首先發現並報告的，因此又名宮入菌。分類歸屬於梭菌屬，為革蘭氏陽性厭氧桿菌。
1、腸道定植時間較長
丁酸梭菌在水生動物體內定植的時間長達72小時，可以粘附在腸道中不被腸蠕動衝走，並且參與其與致病菌之間生存與繁殖，限制致病菌群的生存繁殖。
2、調節腸道微生態平衡
腸道菌群失衡會導致各種疾病的發生，丁酸梭菌具有防止病原菌及腐敗菌在腸道內的 異常增殖和促進腸道有益菌群增殖、發育的雙重作用，從而糾正腸道菌群紊亂，減少腸毒素的產生。
3、存活時間長，耐高溫
丁酸梭菌可以在室溫下可保存三年以上不失效，在90度高溫下仍可存活10分鐘。
4、修復腸道黏膜
丁酸梭菌的主要代謝產物是丁酸，而丁酸是主要使腸道的上皮細胞再生和修復的重要物質。
5、提高營養免疫、提高飼料利用率
6、提高水生動物的免疫能力
丁酸梭菌可以激活巨噬細胞和NK細胞的作用，增加血清中IgA 和IgM 含量。
7、對抗生素有較強的抗性
丁酸梭菌有較強的耐藥性，可以與某些抗生素同時使用，不幹擾其他細菌感染的治療。只對新生黴素、先鋒黴素、萬古黴素和四環素等少數幾種抗生素敏感。
8、調節PH值、淨化水質