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基因轉錄調控:共激活因子的多樣性及調控機制
Roeder教授首先發現了真核生物RNA聚合酶I、II、III,從而開創了真核生物轉錄調控領域。隨後Roeder實驗室採用生物化學方法建立了體外轉錄系統,並利用該系統分離和鑑定了眾多關鍵轉錄調控因子,其中包括第一個真核轉錄因子TFIIIA、中介體複合物(mediator)以及多種通用轉錄因子(GTFs),並且揭示了染色質結構(包括組蛋白修飾)在表觀遺傳水平對基因轉錄的影響。
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Nat Immunol:轉錄因子BATF3改善CD8+ T細胞存活和免疫記憶
2020年10月6日訊/生物谷BIOON/---當人體受到病原體感染後,它通常會啟動一連串的反應,其中免疫系統中稱為T細胞的特定細胞會在淋巴結中被激活,隨後發生分裂和增殖。與此同時,這些細胞將獲得某些使得它們能夠摧毀其他細胞(比如被病毒感染的細胞)的功能。此外,它們還能產生某些蛋白,即所謂的細胞因子,從而阻止病原體的繁殖。
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日本團隊:僅激活8個基因,小鼠幹細胞直接轉為可受精細胞
只要激活8個基因來產生基因控制蛋白,就足以將小鼠幹細胞直接轉化為類卵細胞,這些細胞成熟後甚至可以像卵細胞一樣受精。生命科學史上科學家認為操縱它們的一個典型例子就是體細胞克隆,將體細胞的細胞核注入去除遺傳物質的卵子(這一過程被稱為體細胞核轉移(SCNT)),通過人工方法激活後再移植到代孕母體,就可以產生一個新的生命,著名的「多莉」羊就是這樣誕生。
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三篇Science揭示相分離與基因轉錄存在密切關聯
2018年7月29日/生物谷BIOON/---DNA結合轉錄因子(TF)是真核基因表達的典型調節因子。針對轉錄因子的早期研究揭示出它們的結構良好的DNA結合結構域(DNA binding domain, DBD)並鑑定出轉錄所需的功能上至關重要的激活結構域(activation domain, AD)。
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基因表達的噪音如何影響細胞命運?
這種名為VarID的方法可以在非常相似或相關的細胞狀態間測量基因表達的噪音,幫助研究人員更好地了解生物噪音對細胞發育調節,甚至是細胞分化的必要程度。相關論文發表在《自然方法》雜誌上。細胞是生命的基石,為了更深入地了解不同的細胞類型及其分子過程,科學家們會使用單細胞RNA測序(scRNA-seq)技術來測量單個細胞中活躍基因產生的mRNA分子數量。
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Nat Chem Biol:利用轉錄因子誘餌激活沉默的生物合成基因簇
鑑於許多抗生素、抗癌藥物和其他藥物來源於鏈黴菌中易於表達的基因,這些研究人員希望,之前未在實驗室中表達過的基因將會在尋找新的抗菌藥中產生新的候選物。Zhao說,「有很多未被發現的天然產物在基因組中沒有表達出來。我們認為它們是細胞的暗物質。抗菌劑耐藥性已成為一項全球性挑戰,因此顯然迫切需要有助於發現新型天然產物的工具。
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從結構上揭示基因特異性轉錄激活蛋白工作機制
2016年6月13日/生物谷BIOON/--在一項新的研究中,來自美國羅格斯大學的研究人員發現一種基因特異性轉錄激活複合物的三維結構,並且首次在結構上和機制上描述了細胞用來開啟或者說激活特異性基因以應對細胞形狀、發育狀態和環境的變化的過程
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真核基因表達以正性調控為主導
換言之,真核基因表達以正性調控為主導,真核生物基因大部分是正調節機制的主要原因是染色質內儲存的DNA使大部分啟動子具有不可接觸性,因此,在其他調節作用不在的時候基因總是沉默的。另些採收正調節的原因是真核基因組太大及正調節作用更同單,高效。
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基因表達調控
3.轉錄激活調節的基本要素是什麼?4.真核基因表達調控的特點是什麼?5.簡述真核基因啟動子、增強子及轉錄因子的概念、結構和功能。6.RNAi是在什麼水平上對基因表達進行調控的?這類基因在--個生物個體的幾乎所有細胞中持續表達,稱為管家基因。3.乳糖操縱子lac operon大腸桿菌中與乳糖代謝功能相關的基因成簇地串聯在一起共同組成一個轉錄單位即乳糖操縱子,包括:Z、Y及A三個結構基因,一個操縱序列O,一個啟動序列Р及一個調節基因I。4.順式作用元件 cis-acting element指可影響自身基因表達活性的DNA序列。
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揭示反義長鏈非編碼RNA順式調控基因轉錄的新模式
沈曉驊課題組在《細胞幹細胞》發表論文揭示反義長鏈非編碼RNA順式調控基因轉錄的新模式 清華新聞網3月18日電 3月17日,清華大學醫學院沈曉驊課題組在《細胞幹細胞》(Cell Stem Cell)在線發表了題為《反義長鏈非編碼RNA調控基因表達和多能幹細胞分化
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基因的分子生物學筆記-原核生物的基因表達調控(全章重點)
這些調控蛋⽩通常都是DNA結合蛋⽩,它們識別受其控制的基因上的或基因附近的特異位點。活化⼦增強受控基因的轉錄,抑制⼦降低或消除相應基因的轉錄。持家基因(Housekeeping gene):參與西部⽣⻓和複製等必需的基本⽣命過程的基因稱為持家基因,這些基因在細胞中組成性地表達(expressed constitutively)。
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NBT|數百種人類轉錄因子可直接誘導細胞分化
一種方案的思路是模擬細胞在胚胎中的實際發育過程。但特異的發育環境是不容易複製的,其中有許多複雜因素需要調控,如細胞的時空位置,細胞數量等等。這使得大批量生產變得困難。同時,有些實驗方案還依賴於溶劑或壓力等外界信號刺激,進一步限制了在同一培養中分化出多種細胞的可能。另一種思路是通過激活某種或某些轉錄因子直接誘導細胞分化。
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第十六章 基因表達調控
空間特異性:在個體生長、發育過程中,一種基因產物在個體的不同組織或器官中表達,即在個體的不同空間中出現;(例子:胰島素、胰蛋白) d. 細胞特異性或組織特異性:基因表達伴隨時間或階段順序所表現出的這種空間分布的差異,實際上是由細胞在器官的分布決定的。 e.基因表達譜:基因表達的種類和強度。③在某一特定時期或生長階段,基因組只有小部分基因出於表達狀態。
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Nature Plants | 劍橋大學科學家發現異聚體轉錄因子模塊控制基因在擬南芥維管束鞘中特異表達
為了更好的利用好C4途徑的高光合作用率,了解基因在維管束鞘細胞和葉肉細胞中特異性表達的機制十分重要。① 科研思路上的創新:C4途徑是利用C3途徑的現有分子機制,從C3途徑中進化而來的。所以為了研究細胞特異性的表達機制,作者使用C3植物擬南芥作為模型。MYB76是一個被報導在維管束鞘中特異性表達的基因,參與植物的硫代代謝和硫代葡萄糖酸鹽的生物合成。
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文獻解讀│潰瘍性結腸炎中結腸CD8 + T細胞的單細胞圖譜
2.轉錄調控網絡主導UC結腸CD8+細胞的可塑性,TCR profiling揭示不同CD8+細胞亞群之間的聯繫基因共表達分析共鑑定到273個轉錄因子活性相關的基因表達模塊。EGR1和EGR2所在的一類基因模塊,它們的活性處於TRM向GZMK+效應細胞轉換的區域,與炎症因子IFNG、TNF和早期反應轉錄因子共表達,暗示CD8+ T結腸細胞中,分泌EGR的T細胞能迅速被激活並對大多數致病性TNF做出反應的機制。UC中富集的GZMK+效應細胞和IL26+細胞具有T細胞耗竭的特徵,標誌著CD8+ T細胞的腫瘤浸潤。
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基因表達是基因經過轉錄、翻譯,產生有生物活性的蛋白質的過程
基因表達(gene expression)是指儲存遺傳信息的基因經過一系列步驟表現出其生物功能的整個過程。典型的基因表達是基因經過轉錄、翻譯,產生有生物活性的蛋白質的過程。rRNA或tRNA的基因經轉錄和轉錄後加工產生成熟的rRNA或tRNA,也是rRNA或tRNA的基因表達,因為rRNA或tRNA就具有在蛋白質翻譯方面的功能。
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清華生命學院戚益軍研究組揭示植物AGO1促進基因轉錄新功能
清華生命學院戚益軍研究組揭示植物AGO1促進基因轉錄新功能清華新聞網1月2日電 清華大學生命學院戚益軍研究組在《發育細胞》期刊(Developmental Cell)發表了題為《擬南芥ARGNAUTE1在植物響應激素和脅迫過程中結合染色質並促進基因表達》(Arabidopsis
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哺乳動物合子基因組激活過程中RNA聚合酶參與轉錄起始的調控機理
合子基因組是如何激活的是發育生物學中重要的科學問題之一。之前的研究表明,幾乎所有已研究的物種的成熟卵母細胞均處於轉錄沉默狀態。受精後,基因組仍然在一段時間內保持沉默,而在受精卵分裂到一定時期後(比如小鼠在2細胞晚期,人在8細胞時期),基因組迅速激活並完成,同時母源積累的RNA逐漸降解,最終完成從母源轉錄組向合子轉錄組的轉變。合子基因組的激活通常經歷兩個階段,即初級ZGA(minor ZGA,ZGA,zygotic genome activation)與主要ZGA(major ZGA)。
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...揭示靜息態基因的染色質結構特徵並提出預測基因轉錄潛能的新方法
因此細胞基因組特定的染色質結構決定了細胞特定的基因轉錄譜和轉錄模式,從而決定細胞的組織特異性和細胞命運。基於染色質表觀遺傳標誌以及染色質結合蛋白,染色質狀態可以被分為許多不同的類型,如活躍狀態(active)、抑制狀態(repressive)以及靜息態(poised)等等。
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人造卵細胞成為現實:使用轉錄因子重建卵母細胞轉錄網絡
個體進入青春期發育階段後,原始卵泡被激活,一旦卵母細胞生長被觸發,大量的母體RNA和蛋白質就會合成並儲存在細胞質中。由此看來,卵母細胞的生長發生在從原始卵泡到初級卵泡的轉變過程中,且伴隨著基因表達的動態變化,但遺憾的是,迄今為止,科學家們對控制卵母細胞生長的基因調控網絡仍知之甚少。